Haçlı seferleri Müslümanlar üzerine yapıldı olarak bilinir, Ancak Avrupalılar'ın 1096'da başlayan Haçlı seferlerinde Müslümanlar'ın yanısıra Ortodoks Hıristiyanlar ve Yahudiler de büyük katliamlara maruz kalmışlardı.
Selahaddin Eyyubi'nin 1187'de Kudüs'ü geri alması üzerine yapılan III. Haçlı seferi başarısız olunca, Papa III. Innocentius, 1202'de bütün Avrupa'yı Haçlı seferine çağırdı. Yola çıkan Haçlı ordusu Kudüs yerine İstanbul'u kuşattı. 1204'te Haçlılar tarafından işgal edilen İstanbul büyük bir yağma ve tahribata maruz kaldı. Haçlı yağma ve tahribatından Ayasofya gibi kiliseler bile kendini kurtaramamışlardı. 1261'e kadar sürecek Haçlı işgali şehrin bütün ihtişamını yoketti.
AYASOFYA'DA REZALET
Önder Kaya, bir makalesinde Bizans tarihlerini kullanarak Ayasofya'nın başına gelenleri şöyle anlatır: "Şehrin yağmalanmasına bizzat şahit olan Bizanslı tarihçi Niketas, zamanında Müslümanlar'ın da Kudüs'ü Bizans'tan aldığını ancak burada yaşayan halka çok iyi muamele ederek Hazreti İsa'nın mezarına rahatsızlık vermediklerini, halbuki dindaşları olan Haçlılar'ın yaptıklarının bağışlanabilir bir tarafı olmadığını dile getiriyor ve şu cümleleri sarfediyordu: "Hıristiyan topraklarında kan dökmeden geçip gideceklerine, sadece Müslümanlar'ın üzerine yürüyeceklerine yemin edenler İstanbul'da katliamın en dehşetlisini yaptılar. Haçı omuzlarında taşıdıkları sürece evlenmeyeceklerine yemin edenler kendilerini Tanrı'ya adayan rahibelerimize tecavüz ettiler. Kudüs'teki Kutsal Mezar'ın intikamını almak bahanesi ile harekete geçenler altın ve gümüş uğruna haçın üzerinde tepinmekten çekinmediler".
Katolik mezhebinden olan Haçlılar'ın yaptığı vahşet ve saygısızlığın haddi hesabı yoktu. Bizans'ın en büyük mabedi olan Ayasofya'yı yağmalamak amacıyla kiliseye atlarıyla giren Haçlılar, beraberlerinde getirdikleri katırlara kilisenin değerli eşyalarını yüklediler. Hayvanların yük altında kalarak ezilmesi ve yere yığılması üzerine de kılıçlarıyla hayvanları öldürüp kiliseyi kirletmekte hiçbir sakınca görmediler fakat Tarihçi Niketas'ın en içerlediği sahne bir fahişenin patriğin vaaz verdiği kürsüye oturarak açık saçık dans edip şarkılar söylemesi olmuştu.
KUTSALLARI GÖTÜRDÜLER
İstanbul'un işgali sonrasında servetlerini sakladıkları gerekçesiyle pekçok Bizanslı'ya işkence edildi. Haçlıların asilleri, saraylarda ve kiliselerde bulunan en değerli eşyaları kendilerine ayırırken, askerlere hamam tasları, bakır çanaklar gibi basit eşyaları bırakıyorlardı. Bu yüzden sıradan askerlerin Bizans halkına yaptığı zulmün dozu arttı. Soylulardan gizli olarak sokaklara dağılan askerler bulabildikleri her şeyi yağmalamaya başladılar fakat bu yağmadan en çok nasibini alan kilise ve manastırlardaki Hazreti İsa'nın havarilerinin, Hazreti Meryem'in veya başka büyük peygamberlere ait olduğuna inanılan kutsal eşyalar oldu.
Yağmalanan bu eşyaların büyük bir kısmı İtalya ve Fransa gibi ülkelerde dindarlara fahiş fiyatlarla satıldı ve zaman içinde ortadan kaybolurken, bir kısmı da Vatikan'da veya diğer büyük dini merkezlerde koruma altına alındı".