Fatih, Ayasofya'ya girdiğinde kilisede korku ile bekleşen Rumlar'ın evlerine götürülmelerini söyledi. Ulemadan birisi ezan okudu. Fatih, namaz kıldıktan sonra bu büyük zaferi için dua edip, ardından Ayasofya'yı gezdi. Ayasofya'nın kubbesine çıkıp şehri seyreden padişahın şu mısraları söylediği duyulmuştu: "Kisranın sarayında örümcek perdedârlık ediyor, Efrasiyab'ın kalesinde baykuş nevbet vuruyor."
Fatih daha sonra kilisenin namaz kılınacak hâle getirilmesini emretti. Türkİslâm geleneğinde fethedilen bir yerin en büyük mabedinin camiye çevrilmesi esastı. Bu İslâm'ın zaferinin gücünü simgeliyordu. Ayasofya, 1 Haziran 1453'te ilk hutbeyi Akşemseddin'in okuduğu ve Fatih'in de katıldığı cuma namazıyla camiye çevrildi. Müzeye çevrildiği 1934'e kadar, 481 yıl namaz kılındı.