2003 ve 2004 yıllarında, AK Parti hükûmeti, hem rektör ve dekanların seçilme şartlarını değiştirmek, hem YÖK'ü yeniden düzenlemek, hem de meslek liseleriyle, düz liseler arasındaki katsayı eşitsizliğini gidermek amacıyla, kanun tasarıları hazırlamıştı. Ülkede kıyamet koptu.
2003 Eylül'ünde, bazı rektörler, Genelkurmay Başkanı Hilmi Özkök ve Kara Kuvvetleri Komutanı Aytaç Yalman'ı ziyaret edip, endişelerini dile getirirken, bazıları da, 19 Eylül 2003'te, daha sonra darbe hazırlığı içinde olduğunu öğrendiğimiz, Jandarma Genel Komutanı Şener Eruygur ile gizli bir toplantıya katılmıştı.
Şener Eruygur başkanlığında gerçekleşen bu toplantıya, Kurmay Başkanı, Denetleme Başkanı, Harekât Başkanı, İstihbarat Başkanı, Okullar Komutanı gibi askerler iştirak etmişti. O gizli toplantının zabıtları, bilahare ele geçirildi ve Ergenekon dosyasına girdi. Söz konusu toplantıda şu tesbitler yapılmıştı. Özetle:
Rektörler Kubilay olmaya hazır * Devletin alt kademeleri 28 Şubat'ın anlam ve önemini tam olarak kavrayamadı. * Asker, üniversite ve sivil toplum kuruluşları güç birliği yapmalı.
25 Ekim'de öğretim üyeleri cüppeleriyle Anıtkabir'e yürüyecek. * Genelkurmay Başkanı, Türk Silâhlı Kuvvetleri'nin cumhuriyetin temel niteliklerini koruyacağını ve yoluna devam edeceğini açıklamalı. * Merkez sağda lider olabilecek kişilerle irtibata geçilmeli. * AK Parti içindeki mücadele izlenmeli.
19 Eylül'de Jandarma Genel Komutanlığı'ndaki toplantıda kararlaştırıldığı gibi, yasa tasarısını protesto için, bazı rektörler Anıt Kabir'e çıktılar. İşte, Kemal Gürüz ve Kemal Alemdaroğlu'nun burnunun dibinde açılan "Ordu göreve" pankartı burada görüntülendi. Protestolar karşısında, hükûmet, kanunu geri çekmek zorunda kaldı.
Aynı sahneler, Mayıs 2004'te tekrarlandı. Çünkü hükûmet, mevcut YÖK'ü feshederek yenisini oluşturuyordu. Ayrıca kanun tasarısının 5. maddesinde, bazı alanlarda meslek liselilere katsayı eşitliği getiriyordu. Tepkiler gecikmedi; AK Parti 2004'te de geri adım atmak zorunda kaldı.