4 Mayıs 2004'te, Yüksek Öğretim Kanunu'yla ilgili tasarıyı hükûmet Meclis'e sundu. 6 Mayıs'ta Genelkurmay Başkanlığı şu açıklamayı yaptı: "Milli Eğitim Temel Kanunu ve Tevhidi Tedrisat Kanunu ile tesis edilen sistemin dışına çıkacak uygulamaların, söz konusu maddelerin amaçladığı 'öğrenim birliği' ve 'laik eğitim ilkelerini' zedeleyeceği açıktır. Bu nedenle, cumhuriyetin temel niteliklerine bağlılığı şüphesiz olan kesim ve kurumların bu değişiklik tasarısını benimsemesi beklenemez. 2003 Ekim ayında meslek liselerine ilişkin bir kanun tasarısı TBMM'ye sunulmuş, ancak kamuoyunda oluşan tepkiler üzerine gündemden düşürülmüşken, yaklaşık altı ay sonra, ne değişmiştir ki aynı kapsamda bir kanun tasarısı, birçok kurum ve kesimin karşı çıkmasına rağmen yeniden gündeme getirilmiştir. Bu tavrı görmezden gelmek mümkün değildir. TSK'nın cumhuriyetin demokratik, laik ve sosyal bir hukuk devleti nitelikleriyle ilgili düşünceleri ve tavrı dün ne ise bugün de aynıdır ve yarın da aynı olacaktır. Hiç kimsenin, TSK'nın bu düşünce ve tavrı üzerinde şüphe ve yanılgı içinde olması düşünülemez."
Genelkurmay Başkanlığı'ndan yapılan açıklamaya paralel olarak aynı gün, YÖK de yasayı eleştiren bir bildiri yayınladı. YÖK Başkanı Erdoğan Teziç, "Asıl amaç İmam Hatipler, diğerleri dolgu. YÖK'ü tasfiye ederek, kendi hedeflerine engel gördükleri yapıyı kaldırmayı planlıyorlar" dedi. Deniz Baykal da, "İktidar meslek lisesi kavgası ardından kendi arka bahçesinin kavgasını yürütüyor" diye konuştu. Zaten, cumhurbaşkanı Ahmet Necdet Sezer de, Meclis'ten geçen kanunun, en önemli maddelerini veto ederek, askerüniversite- muhalefet üçgenindeki "destek konumunun" gereğini yerine getiriverdi.