İrtica ile Mücadele Eylem Planı Taraf'ta yayınlandığı gün (12 Haziran), sabah 4.30 itibariyle, Genelkurmay, İletişim Daire Başkanlığı vasıtasıyla olayı öğrenmiştir. İstihbarata Karşı Koyma ve Güvenlik Dairesi Başkanı Tümgeneral Mutlu Arıkan, bir binbaşıyla, Bilgi Destek Dairesi Başkanlığı'na geldiğinde, Çiçek haricindeki 2 şube müdürünün mesai saatinden önce bilgi ve belge temizliği yaptığına şahit olmuştur. Askeri savcı olaya el koymadan, ilk temizlik yapılmış, bilahare, sivil savcılığın devreye gireceği anlaşılınca, Çiçek'in bilgisayarı ve ilgili şubedeki bütün bilgisayarlar ile server alınarak, özel programlarla 35 kez geri getirilmeyecek şekilde silinmiştir. Bu işlemler de, 19, 20, 21 Haziran 2009, cuma, cumartesi ve pazar gerçekleşmiştir.