Nedim Şener ve Ahmet Şık'ın tahliyesini, 7 Şubat'taki MİT olayının bir yansıması gibi değerlendirenler var. O tarihte, savcılık, içlerinde Hakan Fidan'ın da bulunduğu 5 MİT mensubunu şüpheli sıfatıyla ifade vermeye çağırmıştı. Bu hadiseden sonra siyasi iktidarın, özel yetkili mahkemeleri eleştirmesi, dengelerin değiştiğinin bir işareti sayılıyor. Şener-Şık tahliyesiyle, söz konusu mahkemelerin, artık "operasyon/ tutuklama" sürecinden vazgeçtikleri ileri sürülüyor. Hatta bir adım ötesi, gelişmeleri "Cemaat- iktidar çatışması" ekseninde görenler bile var.
Oysa özel yetkili mahkemelerin hep tutuklama kararı verdiği kamuoyunda yerleşmiş yanlış bir algı. Meselâ Ergenekon davasını yürüten 13. Ağır Ceza Mahkemesi (Silivri), 257 Ergenekon sanığından sadece 65'ini tutuklu yargılıyor. Bir başka özel yetkili mahkeme, 12. Ağır Ceza Mahkemesi, 2 bin 600 sanığı yargılıyor; bunlardan yalnız 542'si tutuklu. Bu mahkemelerin, çok sanıklı ve örgütlü suçları ağır ceza talepleriyle yargıladığı düşünüldüğünde, yüksek tutukluluk oranından söz edilemez. Demem o ki, Ergenekon sürecini ve davaların görüldüğü mahkemeleri yıpratmak için uydurulan lâflara kanmayın. "Polis operasyon yapıyor; özel yetkili mahkemeler de, insanları hemen hapse atıyor; herkesi tutukluyor" gibi iddialar gerçeği yansıtmıyor.