Yüksek Askeri Şûra'da (YAŞ) uzlaşma sağlanması, kimi çevrelerde "Siyaset taviz verdi" diye değerlendirildi. Ama zaten hükümet ısrar etse dahi, YAŞ'tan karar çıkmadıkça, tutuklu bulunan askerler emekli edilemezdi. (Emeklilik, YAŞ kararıyla oluyor ve cumhurbaşkanının onayına sunuluyor) Buna mukabil, YAŞ'ın, rütbe bekleme sürelerini 1 yıl uzatabilmesi için cumhurbaşkanının onayına ihtiyaç vardı.
Peki hükümet ne yapabilirdi? Bu kişilerin hakkında 5 yıldan daha fazla bir ceza talebiyle dava sürdüğü için, Milli Savunma Bakanlığı ve İçişleri Bakanlığı söz konusu askerleri TSK Personel Kanunu'na dayanarak açığa alabilirdi. Bu kanunun 65. maddesine göre, haklarında tutuklama kararı bulunan ya da tahliye edilseler dahi davaları süren askerler zaten terfi edemez.
Demek, a) Emeklilik için YAŞ kararı gerekiyor. YAŞ'ta çoğunluk askerlerde. b) Hem emeklilik, hem de rütbede bekleme süresinin uzatılması (temdit) cumhurbaşkanının onayına bağlı. c) Milli Savunma ya da İçişleri bakanları askeri açığa alabilir. d) Tutuklu asker zaten terfi edemez.
Uzlaşma, biraz da bu dengeler yüzünden sağlandı. Meselâ, Abdullah Gül yerine, cumhurbaşkanı Ahmet Necdet Sezer olsaydı, siyasi irade kolayca devreden çıkarılıp, hiçbir müzakereye gerek duyulmadan, Ergenekon ya da Balyoz tutuklusu askerlerin rütbede bekleme süreleri uzatılabilirdi. Kavga büyürdü... Çankaya'da Abdullah Gül gibi, askerin sivil denetimin altına girmesini isteyen bir cumhurbaşkanının bulunması şanstır.