Son operasyon, tutuklama isteyen Savcı Zekeriya Öz etrafında yeni bir tartışma başlattı. Zaten çok sayıda şikâyet mevcuttu. Üstüne bir de, mesleklerinde temayüz etmiş iki gazetecinin hedef alınması eklendi. Öz'ün isminin, tartışmanın odağına gelmesinin ana sebeplerinden biri, hükümeti suçlamak. AK Parti iktidarı talimat veriyor, o da muhalifleri tutuklatıyor.
2007'de Zekeriya Öz'ün, AK Partililerin hedefinde olduğunu söylersem, ne yaparsınız? O tarihte, Eyüp'te bir kişiyi kaçırarak, alıkoydukları iddia edilen 14 şüpheli, Organize Suçlarla Mücadele'nin yürüttüğü operasyon sonucunda yakalandı. İstanbul Cumhuriyet Savcısı Zekeriya Öz, aralarında Eyüp Belediye Başkanı Ahmet Genç'in yeğeni Esat Genç'in de bulunduğu 14 kişinin ifadesini aldı. "Suç işlemek için örgüt kurma" ve "adam kaldırma" şüphesiyle tutuklanmalarını istedi. Sorgulanan şüphelilerden 9'u tutuklanarak, cezaevine gönderildi. İşte o tarihte, Zekeriya Öz, AK Parti'nin hedefindeydi. 2007'de, Öz'ün Beyoğlu'na düz savcı olarak atanmasına ilişkin kararname taslağı Adalet Bakanı tarafından hazırlandı ve HSYK'ya sunuldu. HSYK ise, Öz'ün mevcut dosyalarda kalmasına karar verdi. Sonuçta, Öz, özel yetkili savcı olarak görevini sürdürdü. 13 Haziran 2007'deki Ümraniye baskınından sonra, ilişkili dosya, incelemesi için Zekeriya Öz'e verildi. Öz, dört elle olaya sarıldı ve Ergenekon örgütünün peşine düştü. Aynı HSYK, bu defa, onu görevden almak için çok uğraştı. AK Partili Adalet Bakanı ise, tam aksi bir tavırla, Zekeriya Öz'e, bu sefer sahip çıktı.
Bu örneğe baktığımızda, HSYK'nın da, Adalet Bakanı'nın da tavrını "siyasi" olarak değerlendiriyoruz.