Rektörlerin ziyareti üzerine, 14 Eylül 2003'te, Yüksek Öğretim Kanunu'nda yapılan değişikliklere karşı Genelkurmay'dan şöyle bir uyarı notu çıkmıştı: "Milli eğitim sistemimize ilişkin gelişmelerin, Türk Silâhlı Kuvvetleri tarafından da dikkatle ve yakinen izlenmesi doğaldır. TSK, Anayasamızın 42'nci maddesinde de açıkça ifade edildiği gibi, Türkiye'de 'eğitim ve öğretim, Atatürk ilkeleri ve inkılapları doğrultusunda, çağdaş bilim ve eğitim esaslarına göre devletin gözetim ve denetimi altında yapılır' temel ilkesini yürekten benimsemektedir."
Zaten o bildiriden sonra tasarı rafa kaldırıldı.