Moğolların en fazla zarar verdikleri kesim Müslüman devletler oldu. Tarihçiler, Moğol istilasının İslam dünyasındaki ilmi ve kültürel gelişmeyi sona erdirdiği ve Müslümanların kendi kabuklarına çekilmelerine neden olduğunu söylerler. Gerçekten de Moğollar, özellikle yerleşik Müslüman devletlere büyük zarar vererek, Maveraünnehir ve Bağdat gibi yerlerdeki medeniyetin ortadan kalkmasına sebep oldular. Moğollar işgal ettikleri yerlerdeki insanların çoğunu öldürdüler, camileri, medreseleri, kütüphaneleri tahrip ettiler, şehirleri yakıp, yıktılar.
Bir tarihçinin şu sözleri Moğol istilasını özetlemektedir; "Geldiler, yaktılar, yıktılar, katliam yaptılar, yağmaladılar ve çekip gittiler". Meşhur Arap tarihçisi İbnü'l-Esir, Moğolların henüz istila etmedikleri ülkelerde yaşayanların gecelerini, ya oraya da gelirlerse diye korku içerisinde geçirdiklerini yazmaktadır.
Bağdat'ı işgal eden İlhanlı hükümdarı Hülagu, halifeyi bir çuvala koyup, Moğol atlılarının ayakları altında çiğneterek öldürttü. Bağdat'ın işgalinden sonra günlerce ırmaklar kan ve mürekkep aktı. İstiladan önce Bağdat, İslam dünyasında entelektüel faaliyetlerin sürdürüldüğü, bilim ve sanatla iç içe olan bir şehirdi. İslam medeniyeti Moğol istilasının meydana getirdiği yıkımdan kendini kurtarıp, önceki yıllardaki parlak dönemlerine bir daha dönemedi. Kendi içine çekilerek, eski dinamikliğini ve parlaklığını kaybetti.