Batı kapısında bulunan inşa kitâbesine göre Şevval 776'da (Mart 1375) Aydınoğlu Îsâ Bey tarafından mimar Ali b. Müşeymeş ed-Dımaşkī'ye yaptırılmıştır. Aydınoğlu Îsâ Bey'in düzenlediği vakfiyesi günümüzde mevcut olmadığından caminin tarihçesine dair eski seyahatnamelerden bilgi edinilmektedir. Evliya Çelebi, ziyaret ettiği yapıyı anlatarak içindeki tezyinattan bahsedip kitâbesini kaydetmiştir (Seyahatnâme, IX, 138-141). Selçuk'un (Ayasuluk) Osmanlı hâkimiyetine girmesinden sonra giderek önemini kaybetmesi Îsâ Bey Camii'nin kendi kaderine terkedilmesine sebep olmuştur. Zamanla harap olan yapı, XIX. yüzyılın sonlarında kubbelerine varıncaya kadar etrafını otlar sarmış olup çok bakımsız bir durumdaydı. Yapı, XIX. yüzyılın ikinci yarısında bir süre kervansaray olarak da kullanılmıştır. Bu sırada binada birtakım değişiklikler yapılmış ve tahribat meydana gelmiştir. Nitekim güney duvarındaki mihrap sökülmüş, burada bir kapı açılmıştır. Yine bu dönemde doğu ve kuzey kapılarından kitâbeleriyle çeşitli mimari parçaları sökülerek alınmıştır. Böylece yapı, hem çok harap hem de özgün karakterini bazı yerlerde önemli ölçüde kaybetmiş olarak günümüze ulaşmıştır.
1895'te Avusturya Arkeoloji Enstitüsü'nün Efes'te yürüttüğü çalışmalar çerçevesinde G. Niemann başkanlığındaki ekip tarafından incelemeye tâbi tutulan cami, aynı zamanda özellikle avlu içinde yürütülen düzenleme ve temizlik çalışmalarıyla basit de olsa bir müdahale görmüştür. Maarif Vekâleti ve İzmir Vakıflar Müdürlüğü'nün iş birliğiyle 1934 yılında restorasyona alınan yapı, bu tarihten sonra da değişik zamanlarda Vakıflar Genel Müdürlüğü tarafından restore edilmiştir. Bu çalışmalar öncelikle yapının iç ve dış kısımlarının temizliğine yönelik olmuş, ardından uzun süredir açık bulunan yan neflerin üzeri örtülmüştür. Yapı 1988 yılında Vakıflar Genel Müdürlüğü'nce yeniden restore edilmiş olup avlusunun içi de kısmen düzenlenmiştir.
Enine gelişen iki nefli bir harimle buna kuzeyden bitişen revaklı bir avludan oluşan Îsâ Bey Camii, Selçuk ilçesine hâkim tepenin batı yamacında kurulmuştur. Tarih içinde çok eski yerleşimlere sahne olan ve hem İlkçağ'da hem de Bizans döneminde VI. yüzyılda önemli dinî yapıların inşasıyla dinî bir merkez durumuna gelen bu alan, Aydınoğulları devrinde de Îsâ Bey Camii'nin etrafında gelişen yoğun bir yapılaşmaya merkez olmuştur.
Üzerinde kurulduğu arazinin bir yamaç eteği olması camide mimari açıdan elverişsiz bir durum meydana getirmiş, yamaç kısmının tam üzerine gelen kuzey ve doğu cephelerinde belirgin bir rol oynamıştır. Nitekim kuzey ve doğu cephelerinde az sayıda pencere açılmıştır. Fakat bu cephelerde gerçekleştirilemeyen mimari kompozisyon ve âbidevî tesire düz bir arazi üzerine oturan güney ve batı cephelerinde ulaşılmıştır. Bütün cephelerden karakter ve işçilik olarak ayrılan batı cephesinde ise diğer üç cephedeki kesme taş, kireç taşı ve devşirme malzemeden meydana gelen ve fazla özenli olmayan duvar örgüsünün tamamen terkedildiği, bütün yüzeyin çok düzgün devşirme bloklarla kaplandığı dikkati çeker. Süsleme özellikleri açısından yine ayrıcalıklı bir karakter gösteren bu cephe yapının ana cephesidir. Ovaya ve denize dönük olan cephede cami ve aynı yönde devam eden avlu duvarlarının bir bütünlük içinde ele alınıp düzenlendiği açıkça görülür.
Batı cephesinde cami ile avlu duvarlarının birleşme noktasında âbidevî karakteriyle dikkat çeken bir taçkapı yer alır. Kapının iki yanındaki zemin kısmı bir dizi halinde sıralanan nişlere ayrılmıştır. Günümüzde birer camekânla örtülü olan bu nişlerin, zamanında abdest almak için kullanılan çeşmeler olduğu anlaşılmaktadır. Nişlerin hemen üstünden başlayan pencereler iki sıra halinde cepheyi bölmektedir. Böylece alt sıradaki nişlerden itibaren cephede yatay düzlemde üçlü bir bölünme görülmektedir. Bu durum, âbidevî cepheye doğrudan doğruya çok katlılık etkisi kazandırmaktadır. Yine burada, iki yandan merdivenlerle çıkılan ve zeminden hayli yükseltilmiş, cephe gibi tamamen mermerden taçkapı yer alır. Üst kısmında bugün şerefeden yukarısı yıkık olan bir minare yükselmektedir. Bu minarenin bir simetriği doğu kapısının üzerindeydi. Günümüze ulaşmayan doğudaki bu minarenin XVII. yüzyılda da mevcut olmadığı gravürlerden anlaşılmaktadır. Ancak bu minarenin varlığı bizi, Beylikler dönemi mimarisinde Niğde Sungur Bey Camii'nden sonra ikinci bir çifte minare uygulamasıyla karşı karşıya bırakmaktadır. Avluya batı taçkapısının yanı sıra doğu ve kuzey cephelerindeki kapılarla üç farklı yönden girilmektedir. Avluya merdivenlerle bağlanan doğu girişi taçkapının tam simetriğindedir. Aynı şekilde zeminden merdivenlerle yükseltilmiş olan kuzey kapısı cephenin tam ortasında olup örüldüğü için günümüzde kullanılmamaktadır.
Yapıda, yatık dikdörtgen bir plan gösteren ortası sekizgen havuzlu avluyu üç yönden bir revakın kuşattığı kalan izlerden anlaşılmaktadır. Buna ilişkin en önemli iz bugün mevcut on iki sütundur. Antik yapılardan devşirilmiş olan bu sütunların geniş kemerlerle birbirine bağlanarak tesbit edilemeyen bir üst örtü sistemini taşıdığı kabul edilmektedir. Günümüzde duvarlar üzerinde altı yerde görülen konsollar, hâlâ taşıdıkları tuğla kemer izleriyle bu konuda en önemli delil sayılmaktadır. Avlu duvarlarının orijinal yüksekliğinin bilinmemesi gibi bazı belirsizlikler, ahşap olan çatının düz bir şeklin yanında eğimli de olabileceğini düşündürmektedir. Avludan camiye iki sütuna oturan üç kemerli bir açıklıktan girilmektedir. Bu üçlü açıklığın iki yanında harime geçit veren ikişer kemerli açıklık daha vardır. Yandaki bu açıklıklarla birlikte caminin bütün kuzey cephesinin bölümlenerek giriş için ayrıldığı dikkat çekmektedir. Günümüzde tamamı camekânla kapatıldığından bunlardan giriş için yalnızca üçlü kemerin orta gözü kullanılmaktadır.
Caminin ana mekânı yatık dikdörtgen bir plan göstermektedir. Mekânı tam ortadan dört sütun üzerine oturan enine kemerler iki eşit nefe ayırmaktadır. Nefler mihrap yönünde dik bir nefle (transept) kesilmiş ve ortaya çıkan iki eş boyutlu mekân birer kubbe ile örtülmüştür. Sekizgen kasnak üzerine oturan kubbelerden ilkine Türk üçgenleri, ikincisine pandantiflerle geçilmiştir. Mekânda tuğladan sivri kemerleri taşıyan devâsâ sütunların, "Büyük Gymnasium" olarak tanınan Lysimakhos'un şehrindeki limanın yanında bulunan hamamdan getirilmiş olması kuvvetle muhtemeldir. Yapıda yan neflerin üzeri dik, çift meyilli çatılarla örtülmüştür. Bu çatılar içten ahşap bir konstrüksiyona sahiptir. Mevcut kalıntılara dayanılarak restore edilen bu dik çatıların, yapının gerçekte olması gereken orijinal çatı sistemiyle bağlantısı yoktur. Buna en açık delil, bugün çatı şeklinde olan transept kubbelerinin kasnaklarındaki pencerelerle birlikte bütünüyle bir kesikliğe uğramasıdır. Orijinal durumunda çatının bu tür bir kesikliğe meydan vermeyecek şekilde düz veya hafif eğimli bir tarzda olması gerekmektedir.
Îsâ Bey Camii, âbidevî mimarisi ve plan şeması ile olduğu kadar süsleme özellikleriyle de dikkat çeken bir yapıdır. Batı cephesindeki pencereler ve taçkapı üzerinde renkli ve zengin taş süsleme örnekleriyle karşılaşılır. Pencerelerde değişik kama taşı geçme örnekleriyle düğümlü geçme kompozisyonları birlikte uygulanmıştır. Cephenin avlu tarafındaki pencerelerinde simetrik bir düzene gidilerek eş kompozisyonlara yönelinmiştir. Buna karşılık aynı uygulamadan cami duvarında özellikle kaçınılarak pencereler farklı boyut ve süsleme özellikleri içinde verilmiştir. Orijinal bir tasarımın ürünü olan âbidevî ölçülerdeki taçkapı, süsleme özellikleri ve işçilik olarak pencereleri tekrarlamaktadır. Yine burada da renkli taş ve mermerin birlikte kullanımıyla elde edilen zengin ve çok renkli bir taş işçiliği göze çarpmaktadır. İki renk kama taşı geçmelerin yanı sıra düğümlü bir geçme kompozisyonu, ana süsleme elemanı olarak kavsara kuşatma kemerinin üzerindeki yüzeyde kullanılmıştır. Kapının üstünü taçlandıran mazgallardan ise yalnızca yere dökülmüş olan bazı kalıntılar günümüze ulaşmıştır. Yapının doğu, güney ve kuzey cephelerinde süsleme özelliğine rastlanmamaktadır. Sadece doğu ve kuzey cephelerindeki kapıların zamanında ilginç süslemelere sahip olduğuna dair bilgi bulunmaktadır. Eski çizimlerden ve mevcut izlerden, bu süslemelerin renkli taş kakma ve kabartma tekniğinde olduğu, yalın, ancak orijinal bir karaktere sahip bulunduğu anlaşılmaktadır. Bugün önemli bir kısmı sökülmüş olan kapılarda bunlara ilişkin pek az bir iz kalmıştır. Her iki kapıda bulunması gereken kitâbeler de XIX. yüzyıl sonlarında sökülerek alınmıştır. Bu kitâbeler İzmir'e götürülmüş olup doğu kapısından alınan kitâbe Çorapkapı Camii'nde mihrabın üstüne, kuzey kapısından alınan kitâbe ise Kestanepazarı Camii'nde son cemaat yeri penceresinin üzerine yerleştirilmiştir.
Avlu içinde ancak belirli noktalarda yoğunlaşan süsleme özelliklerinin en önemlisi, hiç şüphesiz batı duvarındaki düğümlü geçme kompozisyonunun yer aldığı iki eş mermer penceredir. Cami mekânı ise yapıda süslemenin ağırlıklı olarak yoğunlaştığı kısımdır. Fakat bugün özgün karakterini büyük ölçüde kaybetmiş olan bu kısım, süslemesinin gerçek zenginliğini tam olarak yansıtmaktan uzaktır. Eski çizimlerden ve seyahatnâmelerden son derece etkileyici bir görünüm taşıdığı anlaşılan iç mekânda mihrap ve minber iki önemli süsleme unsurudur. XIX. yüzyılın sonlarında kırılıp parçalanan mihrabın üst kısmı sökülerek İzmir Kestanepazarı Camii'ne götürülmüş ve burada mihrap üzerine yerleştirilmiştir. Mihrabın üstündeki geniş kitâbe frizi de aynı dönemde İzmir'e nakledilmiştir. Bugün Agora'da görülen parçalar bu kitâbeye aittir. Minber de mihrap gibi kırılarak parçalanmıştır. Her ikisine ait bazı parçalar günümüzde cami içinde bulunmaktadır. Yine mevcut çizimlerden zengin süsleme özellikleri taşıdığı farkedilen mermer mihrapta çok renkli taş işçiliği sürdürülmüş, ana kemeri kuşatarak yukarı doğru devam eden alanda da değişik bir düğümlü geçme kompozisyona yer verilmiştir. Minberin ise geometrik geçmeli levhaların oluşturduğu zengin bir taş işçiliğine sahip olduğu anlaşılmaktadır. İç mekânda üstünde önemle durulması gereken bir süsleme unsuru da mihrap önü kubbesinin mozaik-çinili pandantifleridir. Fîrûze, kahverengi ve koyu mavi renkteki çinilerle, aralarda tuğlanın kullanılmasıyla altı köşeli yıldızlarla çevrelenen altıgenlerden meydana gelen geometrik bir kompozisyon oluşmuştur. Kubbe kasnağındaki mukarnas dolgular ise yeşil levha çinilerle kaplıdır.
Îsâ Bey Camii, yalnız Aydınoğulları Beyliği'nin değil Beylikler dönemi mimarisinin de en önemli yapılarından biridir. Yapının enine gelişen cami mekânı ve buna kuzeyden bitişen revaklı avlusu, plan şeması olarak Anadolu Türk mimarisinde birkaç örnek dışında pek kullanılmayan fakat Osmanlı selâtin camii mimarisinin bir bakma öncüsü olan farklı bir uygulamayı gösterir. Ait olduğu dönemden başlayarak Anadolu Türk mimarisinde önemli etkileri görülecek olan bu yeni plan şemasının esasları Suriye'deki İslâm mimarisine dayanmakta olup Şam Emeviyye Camii'ne kadar inen eski bir geçmişe sahiptir. Suriye mimarisinde değişik şekillerde uzun zaman uygulanmış olan bu şema, Şamlı mimar aracılığıyla Îsâ Bey Camii'nde yeni bir anlayışla denenmiştir. Bu uygulamanın mimari açıdan getirdiği en önemli yenilik ise cami bünyesi içine katılan revaklı avlu olmuştur. Ayrıca yapı, mimarisiyle olduğu kadar süslemeleriyle de Anadolu dışından bağlantılı olduğu çevreleri yansıtmaktadır. Süslemelerin işçilik ve kompozisyon özelliklerinde Zengî ve çağdaş Memlük dönemi sanatından alınan tesirler açık biçimde görülür. Değişik çevrelerin etkilerini bir sentez halinde bünyesinde birleştiren mâbed, revaklı avlu ve cephe mimarisiyle Osmanlı mimarisine değişik açılardan kaynak oluşturması bakımından son derece önemli yapılardan biridir.
Kaynak: Türkiye Diyanet Vakfı İslam Ansiklopedisi