Bölgenin Antikçağ'da Hitit, Frig, Med, Pers, Pontus, Grek ve Roma idareleri altına girdiği, daha sonra Doğu Roma idaresine geçtiği belirtilir. Pontus Krallığı döneminde Kaberia (Cabira) adıyla anılan Niksar, Mithridates'in müstahkem başşehirlerinden biri olarak zikredilmiştir. Romalılar devrinde General Pompeius (m.ö. 66-62) şehri yeniden inşa ederek adını Diaspolis olarak değiştirmiştir. İmparator Tiberius zamanında (m.s. 14-37) şehre Neo-Caesarea (yeni Kayseriye) denmiştir. Bizanslılar döneminde Neo-Caesarea'nın yanı sıra Harsanisiya adı da kullanılmıştır. Dânişmendnâme'de hem Harsanosiyye hem de Niksar adlarıyla kaydedilmiştir. Anadolu Selçukluları döneminde Niksar (Nekîsâr) şehrinin unvanı "Dârülikbâl" idi.
Türkler 1068 yılında Anadolu'ya gerçekleştirdikleri akınlar sırasında Niksar önlerine kadar gelmişler, hatta bazı tarihçilere göre şehri ele geçirip yağma etmişlerdir (Yinanç, s. 65). Malazgirt Savaşı'nın hemen ardından Dânişmendli Türkleri tarafından Bizans'tan alınan Niksar onların merkezi oldu. Bizans kuvvetleri zaman zaman şehri ele geçirmek için hücuma geçtilerse de başarılı olamadılar. Dânişmendli Beyi Gümüştegin Gazi 1100'de Antakya Haçlı Prinkepsi Bohemund'u esir alarak Niksar Kalesi'ne kapattı. 1101 yılı Haçlı seferine katılan Başpiskopos Anselm'in idaresindeki Lombard ordusu İstanbul'a geldiğinde esir düştüğünü öğrendikleri Bohemund'u kurtarmak amacıyla Niksar üzerine yürümeye karar verdiler. Ancak I. Kılıcarslan, Gümüştegin Gazi, Harran Emîri Karaca ve Halep Selçuklu Meliki Rıdvan'ın kumandasındaki 20.000 kişilik Türk ordusu tarafından Amasya yakınlarında bozguna uğratıldılar (Ağustos 1101). Bohemund 1103 yazında fidye karşılığında serbest bırakıldı. II. Ioannes Komnenos kumandasındaki Bizans ordusu 1140 yılı kış aylarında Dânişmendli Melik Muhammed tarafından takviye edilmiş olan Niksar'a saldırmış, ancak netice alamadan geri dönmüştü. Sultan I. Mesud'un son zamanlarında Niksar kendisine tâbi olan damadı Nizâmeddin Yağıbasan'ın elindeydi (İbn Bîbî, I, 13). 570'ten (1175) sonra Niksar Selçuklular'ın eline geçti. Anadolu Selçuklu Sultanı II. Kılıcarslan ülkeyi oğulları arasında taksim edince Niksar'ı Nâsırüddin Berkyaruk Şah'a verdi (a.g.e., I, 40). Ancak 593'te (1196) Anadolu Selçuklu tahtını ele geçiren II. Süleyman Şah burayı da topraklarına kattı. Muînüddin Süleyman Pervâne, 656 (1258) yılında Moğollar'la iş birliği yaparak Hülâgû'nun kendisine verdiği 10.000 kişilik kuvvetle harekete geçip Erzincan'a geldi ve burada bulunan Sultan IV. Kılıcarslan'ı yanına alarak II. Keykâvus'un hâkimiyetindeki Niksar'ı bir gün içerisinde zaptetti. Niksar ileri gelenleri onu törenle karşılayıp şehre götürdüler ve orada tahta çıkardılar. IV. Kılıcarslan, Niksar serleşkerliğini İbn Bîbî'nin kaleme aldığı bir menşurla Muînüddin Pervâne'ye verdi. Ardından şehir 675-707 (1277-1308) yılları arasında Moğollar'ın baskısına mâruz kaldı. İrencin Noyan, Niksar'ı kışlak tutup şehrin bütün vergi ve gelirlerine çeşitli bahanelerle el koydu, yaptığı zulüm ve haksızlıklar yüzünden mülkiyet sahipleri mülklerinden vazgeçmek zorunda kaldılar ve şehir büyük bir yıkıma uğradı (Aksarâyî, s. 250). Bu arada 666'da (1268) vuku bulan deprem ve 688'de (1289) geçirdiği büyük bir sel felâketi sonucu tahribata uğradığı anlaşılan Niksar'ı Hamdullah el-Müstevfî orta büyüklükte bir şehir olarak anar (Nüzhetü'l-ḳulûb, s. 99).
Anadolu'da Moğol baskısı kalktıktan sonra kısa bir müddet Tâceddinoğulları Beyliği'nin hâkimiyetine giren şehir onların merkezi oldu. 781'de (1379), Eretna Devleti'ne vergi verme yükümlülüğünü yerine getirmeyen Tâceddin Bey'i cezalandırmak için Eretna Emîri Ali Bey ve veziri Kadı Burhâneddin'in buraya düzenlediği sefer başarısızlıkla neticelendi. 796 (1394) yılında Kadı Burhaneddin, Osmanlı Devleti'ne temayül eden Tâceddinoğulları Beyliği'nin Niksar bölgesindeki hâkimiyetine son verdiyse de bu durum kısa sürdü. Yeniden Niksar'ı ele geçiren Tâceddinoğulları 800'de (1398) Osmanlılar'ın hâkimiyetini kabul etti. Ankara Savaşı'nın ardından Timur'un himayesine giren Niksar, Alparslanoğlu Hüsâmeddin Hasan Bey'in idaresine geçti.
II. Murad döneminde Amasya beylerbeyi olan Yörgüç Paşa'nın faaliyetleri karşısında zor duruma düşen Hüsâmeddin Hasan Bey ülkesinin anahtarlarını 830 (1427) yılında ona teslim etti, böylece Tâceddinoğulları'nın Niksar ve çevresindeki hâkimiyeti sona erdi. XV. yüzyılın ortalarına kadar Osmanlı-Akkoyunlu devletlerinin sınır bölgesinde yer alan şehir, 1473'te Otlukbeli Meydan Savaşı'nın ardından Osmanlı toprakları içinde kaldı ve sınır bölgesi olmaktan kurtuldu. II. Bayezid devrinin sonlarına doğru (917/1511-12) Safevî taraftarlarınca yağma ve tahrip edildi.
Şehrin Osmanlı idaresi altına girdiği sırada burası özellikle son derece müstahkem kalesiyle öne çıkmıştı. Roma döneminde bir akropol olan, zamanla Bizanslılar ve Türkler döneminde genişleyen kale üç kısımdan oluşuyordu. İç kalede bir cami, medrese ve hamam bulunmaktaydı. Bu durum ilk iskânın burada toplandığını gösterir. Orta kale varoşu oluşturuyordu. Yamaca doğru uzanan bu kesimde bir kilise harabesi ve hamam kalıntısının mevcudiyeti hıristiyan unsurların varoşta yaşamakta olduğuna işaret eder. Daha alt kesimdeki kısım ise Türk iskânının genişlemesiyle meydana gelmişti ve burada da bir cami kalıntısı vardı. Dışkale sur dışı sahayı teşkil ediyordu. Burada ulucami, Dânişmend Gazi Türbesi ve Zâviyesi, Aşağı Çarşı ve zâviyelerin yer alması kasabanın genişlemesiyle ve iskânın yönlendirilmesiyle ilgilidir.
Niksar'ın fizikî durumu ve nüfusu konusunda bilgi veren en eski tahrir kaydı 859 (1455) yılına aittir. Buna göre kasabada on dokuz mahalle mevcuttu; bunların on yedisi Türkler'e, biri Ermeniler'e, biri de Rumlar'a aitti. Müslüman mahallelerinde yaklaşık 2000 kişi ikamet ederken hıristiyanların nüfusu 200 dolayındaydı. 1455 yılı tahrir verilerine göre şehirde mevcut on dokuz mahalleden dördünün (Kemal, Kadı Seydioğlu, Hacı Eskici ve Yâkub Şah Mescidi) adlarını burada bulunan mescidden ve birinin de kiliseden aldığı görülmektedir. Şehirdeki Melik Dânişmend, Ahî Pehlivan, Ahî Şâhin ve Hankah mahalleleri ise adlarını zâviyelerden almıştır. 921 (1515) yılı tahrir sonuçlarına göre şehirdeki mahalle sayısının on dörde düştüğü, nüfusun da yaklaşık % 45 oranında azaldığı (1200 dolayında müslüman, 300 hıristiyan olmak üzere 1500 kişi) dikkati çeker. Bu durum Niksar'ın 1455'ten sonra Akkoyunlu sınır hattında kalması ve sık sık tahribata uğraması, ayrıca Safevîler'in 1511-1512 yıllarındaki yağma ve tahribatı ile ilgili olabilir. Ayrıca 862 (1458), 1482 ve 1498 yıllarındaki depremlerin bölgede büyük yıkıma yol açtığı bilinmektedir. Söz konusu tahribatın izleri 859'da (1455) kaydedilen on dokuz mahalleden on üçünün adına 1515, 1520 ve 1574 tarihli tahrirlerde bir daha rastlanmamasıyla ortaya çıkar. On üç mahallenin yerine daha sonraki yıllarda on farklı mahalle kurulmuştur. Bunlar Kutbüddin, Sinan Bey Mescidi, Hatib, Ali Fakih, Hacı Seydi, Ellibaş, Yûsuf Şah, Hacı Yahya, Mübârek Şah ve Bazarlı adını taşıyordu. 926 (1520) yılına ait kayıtlar 921 (921) yılı rakamlarıyla benzerlik gösterir; ancak nüfusta düşüşün sürdüğü (% 11) anlaşılır (219 hâne müslüman, 39 hâne hıristiyan).
Şehrin bu durumu XVI. yüzyılın son çeyreğine doğru (1574) değişti. Aradan geçen 50 yıllık süre içerisinde mahalle sayısı on beşe çıkarken toplam nüfus 3700'ü aştı. Bunun 3000 kadarını Türkler, 500'ünü Ermeniler, 200 kadarını Rumlar oluşturuyordu. Niksar XV ve XVI. yüzyıllarda ekonomik bakımdan da faal bir merkez konumundaydı. 1455'te burada küçük bir sanayi işletmesi olarak bir boyahâne mevcuttu. XVI. yüzyılın başlarında ise yetmiş sekiz dükkân, iki bozahâne, üç dibekhâne, birer boyahâne, tabakhâne ve başhâne varken yüzyılın son çeyreğinde tabakhâne ve boyahâne sayısı üçe çıkmış, bir bedesten, kervansaray ve hanın bulunduğu kaydedilmiştir. XVII. yüzyılda Evliya Çelebi, Niksar Kalesi ve şehri hakkında ayrıntılı bilgiler verir. Ona göre Niksar Kalesi surlarının çevrelediği alanda 300, esas yerleşimin olduğu kale dışındaki yerleşim alanında toplam kırk üç mahallede 2700 ev mevcuttur. Burada özellikle XVI. yüzyıl verilerine göre mahalle sayısındaki artış kale-şehrin fizikî açıdan genişlediğine işaret eder ve ev sayısından hareketle bu sıralarda nüfusun 10.000'e ulaştığı tahmin edilebilir. Evliya Çelebi ayrıca dükkân sayısını 500 olarak kaydeder.
XV-XVII. yüzyıllar arasında şehirde fizikî gelişmenin durumunu tarihî eserlerin mevcudiyeti de gösterir. 1455'te beş mescid, on bir hankah, dört medrese varken 1515-1520'de bir cami, bir mescid, beş zâviye, iki hamam, bir mektep kaydedilmişti. Bu rakamlar, 1455 ile 1515 yılları arasında şehirde büyük yapısal değişikliklerin olduğunu ortaya koyar. 1574'te on zâviye, bir kalenderhâne, on bir mescid, iki cami, bir medrese, bir muallimhâne, iki hamam ve üç çeşme; XVII. yüzyılın ortalarında dokuz cami, elli bir mescid, üç hamam, kırk beş saray hamamı, yedi tekke ve yetmiş kadar mektep mevcuttu.
XIX. yüzyılda Niksar şehrinin fizikî ve demografik yapısında bazı gelişmeler oldu. 1256 (1840) tarihli Temettuât Defteri'ne göre Niksar'da yirmi dokuz mahallede toplam 855 hâne bulunuyordu. Şehrin tahminî nüfusu 4325 kişiydi ve büyük bir bölümü müslümanlardan oluşmaktaydı. Az sayıda gayri müslim nüfus Matori, Koz ve Kazgancı / Kazancı mahallelerinde oturuyordu. XIX. yüzyıl ortalarında Niksar şehrindeki yirmi dokuz mahalleden ikisinin XV. yüzyıl ve diğer ikisinin XVI. yüzyılda görülüp geriye kalan yirmi beş mahallenin adına rastlanmamış olması önemli fizikî değişikliklerin bir göstergesidir. Bu sayımlara göre şehrin merkez mahallelerinde esnaflık ve ticaret, kenar mahallelerde ise tarımsal faaliyetin söz konusu olduğu dikkati çeker. Şehirde dericilik, süpürgecilik, demircilik, dikicilik ve odunculuk önemli iş kollarındandır. Esnaf kolları içinde manav, berber, semerci, terzi, attar, bükücü, kahveci, nalbant, yemenici, bezzâz, saraç, eskici, tütüncü, ekmekçi, urgancı, sığırcı ve koyuncular vardır. XIX. yüzyılın sonlarında şehirde 280 dükkân, iki han, dört hamam, yedi sekiz değirmen, beş pirinç ve beş çam kabuğu dinkhânesi bulunmaktaydı. 1890 yılı Sivas Salnâmesi'ne göre Niksar şehrinde 720 hâneden oluşan yaklaşık 3600 kişi; 1901'de 3330 Türk, 1900 Ermeni ve 250 Rum olmak üzere yaklaşık 5500 kişi; 1916'da toplam yirmi üç mahallede 7798 kişi (4916'sı müslüman, 2398'i Ermeni ve 484'ü de Rum) yaşıyordu. Benek, Bengiler Elekçileri ve Derebağ mahalleleri 1840'lardan sonra kurulmuştu. Hıristiyanlar Bengiler, Cedîd, Koz, Kazancı, Kaleiçi ve Matori mahallelerinde müslümanlarla birlikte yaşamaktaydı. Derebağ mahallesinin nüfusu yalnız Rumlar'dan oluşmaktaydı. Bengiler Elekçileri mahallesinde de yalnız Kıptîler bulunmaktaydı.
Şehrin fizikî yapısının değişmesinde 1873, 1875, 1890 ve 1913'teki depremlerin yanı sıra Kırım ve Doksanüç harplerinin sonucunda Kafkasya ve Balkanlar'dan gelen göçmenlerin etkisinin olduğu düşünülmektedir. Niksar, I. Dünya Savaşı sonrasında işgale uğramayan sınırlı sayıdaki yerlerden biridir. Bu dönemde de özellikle Ruslar'ın zulmünden kaçarak Kafkasya'dan gelen göçmenlerin iskân merkezi oldu. 1917'de Kosova'dan göçmek zorunda kalan Türkler'in bir bölümü Niksar'a yerleştirildi. 1924'te yapılan mübadelede Selânik'ten gelen Türkler'in bir kısmı Niksar'da Rumlar'ın boşalttıkları köylere iskân edildi. Millî Mücadele döneminde İzmir'in işgali üzerine Niksar'da Redd-i İlhak Cemiyeti kurulduğu, cemiyetin 20 Haziran 1919'da Niksar'da büyük bir protesto mitingi düzenlediği bilinmektedir.
Osmanlı idaresi döneminde Sivas sancağına bağlı bir kaza merkezi konumunda olan, 1870-1880 yıllarında Canik'e, 1881'de Tokat sancağına bağlanan Niksar bugün Tokat ilinin bir ilçe merkezi durumundadır. 1927'de yapılan sayıma göre şehrin nüfusu 6373 iken 1960'ta 10.000'i geçmiştir (10.534). 2000 yılı sonuçlarına göre şehrin nüfusu 44.808'dir. Günümüzde yirmi iki mahalleden oluşan Niksar'ın yirmi bir mahallesi Kelkit ırmağının sağ yakasında, sadece bir mahallesi Kelkit'in sol yakasındadır (Hamidiye mahallesi). Şehrin kaleye yakın olan Yusufşah, Melikgazi, Kılıcarslan, Çepni gibi mahalleleri en eski mahallelerdir. Ovaya doğru düzlükte gelişen mahallelerden bazıları 1950'den (Bağlar mahallesi gibi), bazıları 1970'ten (Bahçelievler mahallesi) sonrasına aittir. Son yıllarda mekân üzerinde genişlemeye devam eden Niksar'da 1980, hatta 1990'dan sonra gelişen mahalleler de vardır (Ayvaz ve Akpınar mahalleleri gibi). Niksar'da sanayi alanında da önemli ilerlemeler sağlanmıştır. Özellikle gıda, konfeksiyon, dokuma ve ağaç işleme sanayiinde gelişmeler olmuştur. Bugüne ulaşan tarihî eserler içinde öncelikle harap haldeki kalesi, Dânişmendliler'den kalma Melik Gazi Camii adıyla da anılan ulucami (540/1145), Yağıbasan Medresesi, Cin Camii (555/1160), Çöreğibüyük Camii, Melik Ahmed Dânişmend Gazi Türbesi, XIII. yüzyıla ait Kırkkızlar Türbesi, Kulak Kümbeti, Işık Tekkesi, Akyapı Kümbeti sayılabilir.
Kaynak: TÜRKİYE DİYANET VAKFI İSLAM ANSİKLOPEDİSİ