| Tarih | 1519 | 1550 | 1573 |
| Müslüman hâne | 201 | 259 | 449 |
| Hıristiyan hâne | 323 | 271 | 264 |
| Yahudi hâne | 15 | 41 | 23 |
| Toplam hâne | 539 | 571 | 734 |
| Müslüman oranı | % 37 | % 45 | % 61 |
XVI. yüzyılın başlarından itibaren şehrin kesin şekilde müslüman karakterini kazanmaya başlaması, Kanûnî Sultan Süleyman döneminde Rumeli subaşısı olan Hüsâmeddin Paşa'nın cami, kervansaray ve zâviye inşa ettirdiği tarihlere tekabül etmektedir. Bu cami günümüzde halen ayakta olup Makedonya'daki en âbidevî Osmanlı eseri konumundadır (bk. HÜSÂMEDDİN PAŞA CAMİİ). 1531 tarihli Tahrir Defteri'ndeki bilgiler caminin o tarihte açık olduğunu göstermektedir (BA, TD, nr. 167, s. 202). 1573 tarihli Tahrir Defteri'nde (TK, TD, nr. 85, vr. 249a) daha önceki tahrirde olmayan Hüsâmeddin Paşa Camii mahallesi (Mahalle-i Câmi-i Şerîf-i Hüsâmeddin Paşa) kaydedilmekte, ardından "Mahalle-i Zâviye-i Merhûm Hüsâmeddin Paşa" şeklinde devam edilmektedir. Hüsâm[eddin] az bilinmekte ve Sicill-i Osmânî'de de zikredilmemektedir. Bu zatın, kendi kasabasında İslâmî hayatı geliştirmek isteyen İştipli bir müslüman olması muhtemeldir. Bir süre sonra sağlam taştan inşa edilen ve bugün hâlâ ayakta olan İştip Bedesteni şehrin o dönemlerdeki iktisadî gelişmesinin bir göstergesidir. İştip'teki diğer önemli vakıf kurucuları bir cami, kervansaray ve hamam inşa ettiren Kadı Nûreddin ile bir medrese, bir kervansaray ve küçük bir kütüphane tesis eden onun oğlu ve halefi Mevlânâ İştibîzâde Mehmed'dir (BA, TD, nr. 167, s. 202). Bu vakıfların hiçbiri günümüze ulaşmamıştır.
Evliya Çelebi, İştip'in XVII. yüzyıldaki (1072/1661-62) durumunu tasvir etmiş, şehirde 2240 hânenin, yirmi dört cami ve mescidi olan yirmi dört mahallenin, iki hamam, bir medrese, yedi han ve yedi tekkenin bulunduğunu belirtmiştir. 1689 savaşında Avusturya ordularının kısa bir müddet İştip'i işgal ettikleri, geri çekilmeden önce şehri yakıp yıktıkları bilinmektedir. Bu olaydan sonra şehir uzun süre kendini toparlayamadı. Ancak XVIII. yüzyıl sonlarından XIX. yüzyıl ortalarına kadar bir sanat ve ticaret merkezi olarak yeniden süratli bir gelişme kaydetti. Bu dönemin başlarında şehir nüfusunun 4000'e ulaştığı söylenmektedir. Osmanlı topraklarında da araştırmalar yapan Avusturyalı jeolog Ami Boué 1836'da nüfusun 15-20.000 civarında olduğunu belirtir. 1873'te Selânik'ten Kosova'ya Vardar vadisi üzerinden demiryolu hattı döşendiğinde eski Üsküp-İştip-Serez-Selânik yolu önemini kaybetmiş ve şehrin ticareti bu sebeple çok gerilemişti. Kısa bir süre varlığını devam ettirebilen Prizren vilâyetine ait 1874 tarihli salnâmede yer alan bilgilere göre İştip'te dokuz cami, yedi tekke ve 250 dükkân bulunuyordu. Kāmûsü'l-a'lâm'da verilen bilgiler şehrin XIX. yüzyılın sonundaki durumunu yansıtmaktadır. Buna göre İştip'te on üç cami, iki kilise, bir sinagog, üç medrese, bir rüşdiye, üç ibtidâiye, iki hıristiyan mektebi, 900 dükkân ve mağaza bulunmaktadır. Bregalnitsa üzerine Mehmed Kâhya Bey tarafından muhteşem bir taş köprü inşa edilmişti. Şehrin nüfusunun ekseriyeti Türkçe konuşan hıristiyanlardan ibaretti ve bunların çoğu Bulgar'dı. Schultze-Jena 1912'den biraz önce şehrin nüfusunu 20.900 olarak vermektedir.
1912 Ekimi sonunda Osmanlılar Kumanova Savaşı'nda mağlûp olunca Sırp ordusu şehri işgal etti. I. Dünya Savaşı'nda İştip Bulgarlar tarafından ele geçirildi; fakat hemen ardından daha sonra Yugoslavya'yı oluşturacak olan Sırp Krallığı'na dahil edildi. Bu arada müslüman nüfusun hemen hemen tamamı şehri terketti ve 1918-1941 yılları arasında zorla Sırplaştırma politikası sonunda Bulgarca, Makedonca konuşan binlerce hıristiyan Bulgaristan'a sürüldü. 1918'den kısa bir süre sonra şehirde sadece 11.200 kişi kalmıştı, 1931'de nüfusu hâlâ 12.000'in altında idi. 1941-1945 yıllarında şehir tekrar Bulgarlar tarafından işgal edildi. 1945'ten sonra burası yeniden Štip adıyla anılmaya başlandı ve Yugoslavya Federasyonu'na bağlı, Makedonya Cumhuriyeti'nin bir parçası oldu. Bazı modern sanayi tesisleri kuruldu, ayakta kalabilen hıristiyan ve müslüman eserleri restore edildi. 1961'de şehrin nüfusu 18.650'ye ulaştı. XX. yüzyılın sonlarında şehrin nüfusu Osmanlı dönemindeki nüfusu aştı (yaklaşık 30.000), fakat bunların tamamı Slav Makedonyalılar'dan oluşmaktadır. Batı İştip'teki Türk köylerinin halkı 1953'te Türkiye'ye göç etti. Terkedilen köyler ve çoğunluğu Halvetiyye tarikatına ait olan tekkeler harabeye döndü. Burası yine de günümüzde Slav-Makedonya'da önemli Türk cemaatine sahip yegâne bölgedir. Türkler, Ofçabolu Yörükleri olup İştip'in batısında kırk köyden oluşan bir grup halinde yaşamaktadır. XX. yüzyıl başlarında İştip'in köy nüfusunun % 60'ı müslümandı.
XVI-XVIII. yüzyıllarda İştip ve Karatova Ortodoks piskoposluğunun merkezi durumunda olan ve bu piskoposluğa ait 1830'da Osmanlı-Bizans üslûbunda yeniden inşa edilmiş muhteşem katedrali bugün hâlâ muhafaza eden İştip ayrıca birçok Osmanlı müellifi ve sûfî şeyhinin de memleketiydi. Bu durum şehrin bir İslâm kültür merkezi olarak önemini göstermektedir. Evliya Çelebi, Şeyh Muhyiddin Rûmî ve İştipli Emîr Sultan'ın (ö. 1015/1606) adlarını zikretmektedir. Şeyh Muhyiddin'in (Meydan Baba) türbesi Hüsâmeddin Paşa Camii yanında bugün hâlâ mevcut olup şehirde kalan çok küçük müslüman cemaat tarafından ziyaret edilmektedir. Aynı şekilde, daha sonra İstanbul'da Sünbüliyye Tekkesi şeyhi olan Adlî Hasan Efendi (ö. 1026/1617) ve sûfî şair Sâlih Rifat Efendi de (ö. 1326/1908) bu şehirden çıkan önemli simalardır.
Kaynak: Türkiye Diyanet Vakfı İslam Ansiklopedisi