Çetinsaya, Beşiktaş Atatürk Anadolu Lisesi sonrası Ankara Üniversitesi Siyasal Bilgiler Fakültesi'nden 1985'te mezun oldu. Yüksek lisansını aynı fakültede 1988 yılında tamamladı. Daha sonra Manchester Üniversitesi Orta Doğu Araştırmaları Bölümünden doktora unvanını aldı. 1995 ve 2001 yılları arasında Hacettepe Üniversitesi'nde önce yardımcı doçent sıfatıyla, daha sonra doçent sıfatıyla Kamu Yönetimi Bölümü 'nde görev yaptı. Ardından İstanbul Teknik Üniversitesi'ne geçerek İnsan ve Toplum Bilimleri Bölümü'nde dersler verdi. 2005 yılında burada profesör oldu.

Çetinsaya, 2008 yılında kurulan İstanbul Şehir Üniversitesi'nin rektörlük görevini üstlendi. 11 Aralık 2011'de Yusuf Ziya Özcan'ın görev süresinin sona ermesiyle Cumhurbaşkanı Abdullah Gül tarafından Yükseköğretim Kurulu üyeliği ve başkanlığına atandı. Ertesi gün görevi Özcan'dan devraldı.

Gökhan Çetinsaya evli ve 2 çocuk babasıdır.

Akademik kariyer

2011: Profesör Dr., Yükseköğretim Kurulu Başkanı.
2008-2011 : Profesör Dr., İstanbul Şehir Üniversitesi rektörü.
2005-2008 : Profesör Dr., İstanbul Teknik Üniversitesi, İnsan ve Toplum Bilimleri Bölümü.
2002-2005 : Doçent Dr., İstanbul Teknik Üniversitesi, İnsan ve Toplum Bilimleri Bölümü.
1999-2002 : Doçent Dr., Hacettepe Üniversitesi, İ.İ.B.F., Kamu Yönetimi Bölümü.
1995-1999 : Yard. Doçent Dr., Hacettepe Üniversitesi, İ.İ.B.F., Kamu Yönetimi Bölümü.
1986-1994 : Araştırma Görevlisi, Hacettepe Üniversitesi, İktisadi ve İdari Bilimler Fakültesi, Kamu Yönetimi Bölümü.