1991 yılında Soğuk Savaş'ın sona ermesi ve S.S.C.B.'nin dağılmasıyla birlikte beş Türk Cumhuriyeti bağımsızlığını kazanarak yeni dünya düzeninde yerlerini almaya başlamıştır. Bu gelişmeler karşısında Türkiye, etnik köken ve din bağı bulunan yeni Türk Cumhuriyetlerini hemen tanımış, bu ülkelerde büyükelçilik açmış, ortak tarih ve kültüre sahip kardeş devletlerle çok taraflı işbirliği içine girmiştir. Türkiye, klasik dış politika paradigmasını değiştirerek tarihsel bir yaklaşımla konuyu ele almış ve Türk Cumhuriyetleriyle ilişkilerinin geliştirilmesi, Türk dış politikasının öncelikli hedefleri arasında yer almıştır. Türkiye'nin jeostratejik ve jeopolitik konumu "Adriyatik'ten Çin Seddine" uzanan "Türk Yurdu" ekseninde yeniden belirlenmiştir. Türkiye ayrıca uluslararası kurum ve kuruluşlar nezdinde yeni kurulan Türk Cumhuriyetlerine rehberlik etmiştir. Özellikle dönemin Cumhurbaşkanı Turgut Özal, yeni Türk Cumhuriyetleriyle samimi ilişkiler geliştirmiş, devlet başkanlarıyla kişisel dostluklar kurmuş, imkânların elverdiği ölçüde ekonomik yardımlarda bulunmuş ve Türk girişimcilerin bölgede yatırım yapmaları konusunda öncülük yapmıştır. Türk dünyasına giden yatırımlar arasında bölgede "Türk Okulları" olarak adlandırılan FETÖ okulları da yer almıştı.
Uzun yıllar Sovyet egemenliğinde kalan ve Sovyetlerin dağılmasıyla da eğitim sistemleri tamamen çöken bu ülkeler için söz konusu bu okullar devletler tarafından bir can simidi olarak görülmüştür. Bu okullar, İngilizce eğitim yapmaları, manevi değerleri ön plana çıkarmaları gibi birçok faktörlerin etkisiyle Türk Cumhuriyetlerinde geniş bir kabul görmüştür. Özellikle yerel okullara göre bu okulların maddi - teknik imkanları geniş olmaları, başarılı öğrencilere burs imkânları sağlamaları, mezunlarına geniş bir iş ağı ile bağlantılar sunmuş olmaları ve medya aracılığıyla olumlu bir imaj yaratmaları bu okulların popülaritesini yükseltmiştir. Bu özellikleri FETÖ okullarının Türk Cumhuriyetlerinde kabul görmesinde ve yayılmasında büyük rol oynamıştır. Söz konusu okullar faaliyette bulundukları ülkenin mevzuatına ve değerlerine bağlı olarak çizdikleri profille büyük itibar ve kabul görmüş, başta ülkenin yönetim kadrosu olmak üzere ilgili ülke insanları çocuklarını bu okullara göndermek üzere yarış içine girmişlerdir.
Bu okulları toplumsal algıyı manipüle etmek ve gerçek yüzünü saklamak için araçsallaştıran FETÖ, Türk Devletlerinde ekonomik, bürokratik ve siyaset alanlarına yerleşerek ciddi bir güç haline gelmiştir. En güçlü olduğu ülkelerden biri olan Kırgızistan'da Eğitim ve Bilim Bakanı çıkartacak kadar ülkede söz sahibi olmuştur. FETÖ, bu modeli kullanarak Türk Dünyası'nda ve diğer ülkelerde geniş bir okul ve gelir ağı kurmayı başarmıştır. Bu okulların açılması ve yayılması süreci genellikle benzer adımları içermekteydi. O nedenle kurulmuş ve başarısı test edilmiş bu modelin diğer ülkelerde uygulaması da başarılı olmuştur. Böylece Türk Devletlerinde hayata geçirilen bu eğitim modeli dünyada geniş bir eğitim ağı haline gelmiştir.
FETÖ eğitim faaliyetlerinin yükselme trendi örgütün Türkiye'de 17-25 Aralık tarihinde gerçekleştirmeye çalıştığı müdahalenin başarısız olmasıyla sona ermiştir. 15 Temmuz'daki darbe girişimi sonrasında Türkiye'de ülke içinde başlatılan operasyonlar yurt dışındaki okullara da yansımıştır. Bazı Türk Devletlerinde bu darbe girişiminin FETÖ tarafından yapıldığı başlangıçta kuşkuyla karşılandı. O nedenle örgütün gerçek yüzünü görmeyen ülke halkları okullara sahip çıktılar. Ancak Türkiye başta diplomatik kanallar olmak üzere Türk Devletleriyle yakın ilişki ve dostluk münasebetlerini kullanarak bu örgütün ve okullarının söz konusu ülkeler için de büyük tehlike olduğu ve başta okulların kapatılması olmak üzere örgütle mücadele yönünde büyük çaba içine girdi. Türkiye'nin FETÖ okullarına karşı yürüttüğü mücadele, sadece okulların kapatılmasıyla sınırlı kalmayıp, bu okulların yerine daha sağlıklı ve güvenilir eğitim kurumlarının kurulmasını da hedeflemektedir. Türkiye Maarif Vakfı, bu sürecin en önemli aktörlerinden biri olarak, Türk Dünyası'ndaki eğitim sistemine katkı sağlamaktadır.
Türk Dünyasında FETÖ okullarının durumu, Türkiye'nin 15 Temmuz 2016'daki darbe girişiminden sonra yürüttüğü yoğun diplomatik çabalar ve işbirlikleri sonucunda büyük ölçüde değişmiştir. Türkiye'nin bu okullarla mücadelede attığı bazı önemli adımlar sonucu Türk Devletlerinde bu okullara ilişkin gelişmeleri şöyle sıralamak mümkündür:
Azerbaycan: Azerbaycan, Türkiye ile yakın ilişkileri doğrultusunda FETÖ ve okullarına karşı hızlı adımlar atmıştır. Birçok FETÖ bağlantılı okul kapatılmış veya devredilmiştir. Hali hazırda Türkiye Maarif Vakfı, Azerbaycan'da etki alanını geliştirmeye çalışmaktadır. Ülkede Türkiye Maarif Vakfı dışında Büyükelçiliğe bağlı Bakü Türk Anadolu Lisesi, Türk Dünyası Araştırmaları Vakfı Bakü Atatürk Lisesi ve T.C. Diyanet Vakfı Bakü Türk Lisesi eğitim öğretim faaliyetinde bulunmaktadır. 2024-2025 eğitim-öğretim döneminde Türkiye-Azerbaycan Üniversitesinin öğrenci kabulüne başlanması beklenmektedir. Ayrıca ülkede Azerbaycan Devlet Üniversitesi bünyesinde Türk Dünyası İktisat Fakültesi de eğitim faaliyetine 30 yılı aşkın bir süredir devam etmektedir.
Kazakistan: Kazakistan, FETÖ okullarının kapatılması konusunda temkinli davranmış ancak zamanla Türkiye ile iş birliğini artırarak bazı okulları Maarif Vakfı'na devretmiştir. Ancak okulların önemli kısmı ve Süleyman Demirel Üniversitesi faaliyetini sürdürmektedir. Bununla birlikte Kazakistan FETÖ'ye karşı mücadele kapsamında birçok okulun denetimleri sıkılaştırılmıştır. Türkiye Maarif Vakfı, FETÖ okullarının devralınması ve yeniden yapılandırılması için Kazakistan'da aktif olarak çalışmaktadır. Halihazırda Kazakistan'da Hoca Ahmet Yesevi Üniversitesi ile Türkiye tarafından açılan ortak öğretim kurumları bulunmaktadır.
Kırgızistan: Kırgızistan, FETÖ'nün en güçlü olduğu ülkelerden biridir ve bu nedenle FETÖ okullarının kapatılması süreci daha zorlu olmuştur. Türkiye'nin yoğun diplomatik çabalarına rağmen, Kırgızistan'daki bazı okulların faaliyetleri devam etmektedir. Türkiye'nin baskıları sonucunda bazı okulların kapatılması veya el değiştirmesi sağlanmıştır. Ancak bu değişim şeklen olmuştur. Okullara Kırgız yönetici ve öğretmenler atanmıştır. Atatürk-Alatoo Üniversitesi faaliyetine devam etmektedir. Kırgızistan'da Manas Üniversitesi ile Türkiye tarafından açılan ilk ve orta öğretim kurumları bulunmaktadır. Ayrıca Celalabat'a Türk dünyası Araştırmaları Vakfı tarafında açılan Kırgız-Türk Prof. Dr. Turan Yazgan Enstitüsü faaliyette bulunmaktadır.
Özbekistan: Özbekistan, 15 Temmuz öncesinde dönemin Devlet Başkanı İslam Kerimov'un talimatlarıyla 2000'li yılların başında bu okulların büyük bir kısmı kapatılmıştır. Darbe girişiminden sonraki talepleri doğrultusunda kalan okullar da kapatılmıştır.
Türkmenistan: Başlangıçta bu okullara sahip çıkan Türkmenistan ilerleyen yıllarda güvenlik gerekçesiyle kapatılmıştır. O nedenle Özbekistan gibi Türkmenistan'da da bu okulların, darbe girişiminden önce faaliyetleri durdurulmuştur.
Türkiye'nin yoğun çabası sonucu Türk Cumhuriyetlerinde FETÖ okullarıyla mücadele süreci başlamıştır. Ancak bu okullarla sağlıklı bir şekilde mücadele edilebilmesi için öncelikle bu ülkelerde alternatif okulların açılması zorunludur. Zira ilgili ülke halkları 15 Temmuz darbe girişimleri hakkında yeterli bilgiye sahip değildirler. O nedenle bu okulları "Türk Okulları" olarak bilmekte ve çocuklarını buraya göndermektedirler. Bu okullara gösterdikleri rağbettin önemli bir nedeni de Türkiye'ye ve Türkçeye duydukları muhabbettir. Konunun kardeşlik ilişkilerine zarar vermeden çözümünde Türkiye'nin ilgili ülkelerdeki misyon şeflerine büyük görev düşmektedir.