Başkanlık sistemi yasama, yürütme ve yargının birbirinden net bir şekilde ayrıldığı güçler ayrılığı ilkesine ve periyodik serbest seçimlere dayanan demokratik bir yönetim sistemidir.İnsan hakları, düşünce özgürlüğü ve hukukun üstünlüğü gibi liberal demokratik değerleri sonuna kadar savunan bir yönetim tarzı öngörmektedir.Başkanlık sistemi kamuoyunda bazılarının iddia ettiği gibi ne demokrasinin ne de liberalizmin karşısındadır. Başkanlık sisteminin ayrışması, kendisi gibi demokratik bir yönetim sistemi olan parlamenter yönetim sistemiyledir.
Başkanlık sistemini parlamenter sistemden ayrıştıran ve onun karşısında avantajlı kılan belli başlı özellikler de şu şekildedir:
1 Başkanlık sisteminde yürütmenin başı olan başkan ve yasamayı kontrol eden meclis ayrı ayrı seçilir. Başkan halk tarafından direkt olarak seçildiğinden parlamenter sistemde yürütmenin başı olan başbakandan demokratik meşruiyet açısından daha iyi bir konuma sahiptir. Parlamenter sistemde yürütmenin başında kimin olacağı en baştan net bir şekilde bilinemez. Böylece halkın iradesinin siyasi mühendisliğe kurban gitmesinin önüne geçilmiş olur.
2 Hesap verilebilirlik açısından başkanlık sistemi parlamenter sisteme oranla daha avantajlıdır. Başkanlık makamı meclisten net bir şekilde ayrı olduğu için yönetimdeki kararlarda tek yetkili de başkandır. Dolayısıyla ülke yönetiminde siyasi sorumluluğun kimde olduğu açık bir şekilde bilinir.
3 Başkanlık sisteminde güçler ayrılığı ve karşılıklı-kontrol daha iyi sağlanır. Yürütme ve yasama birbirini fesh edemez ve birbirine karışamaz.
4 Yürütme tek elde toplandığından kararların daha hızlı bir şekilde alınması ve ani krizlere cevap verilmesi daha kolay sağlanır. Bu, kriz alanlarıyla çevrili ve uluslararası alanda etkin bir aktör olma iddiası taşıyan Türkiye gibi ülkeler için önemli bir avantajdır.
5 Başkan sabit bir dönem için seçildiğinden ve kırılgan koalisyon hükümetleri söz konusu olmadığından istikrarlı ve otorite boşluğuna müsade etmeyen bir yönetim ortaya çıkar. Böylece siyaset-dışı aktörlere alan açılma ihtimali düşer. Bu, askeri ve sivil bürokrasinin güçlü olduğu Türkiye gibi ülkelerde halkın iradesinin yönetime daha iyi yansıdığı, daha demokratik bir yönetim demektir.
6 Bakanlar meclisteki siyasilerden değil, meclis dışından işin ehli uzmanlardan seçilir. Bu, daha etkin ve yetkin bir yönetimin iş başında olması anlamına gelir. Bunda bakanların meclis dışından çok daha geniş bir uzman havuzundan seçilmesinin de etkisi büyüktür.
7 Üst düzey bürokratları bizzat başkanın ataması ve görevden alması hem yönetimde uyumu ve etkinliği hem de toplumdan ayrı bir bürokratik sınıfın iktidar devşirmesinin önüne geçer. Hantal bürokratik yapıların ve bürokratik vesayetin damgasını vurduğu Türkiye gibi ülkelerde bu husus büyük önem arz etmektedir.
8 Ülkenin iki partili ve daha istikrarlı bir siyasi yapıya evrilmesinin yolunu açar. Dolayısıyla aşırılıkçı partilerin ülke yönetimini etkilemesinin önüne geçer. Ancak bir yandan da aşırı ve azınlıktaki grupları demokratik siyasetin içine çekme etkisi vardır. Seçim barajının kaldırılması ve yerele ağırlık veren seçim sistemine dayanması nedeniyle bu grupların mecliste temsilini mümkün kılar.
9 Yönetimin sabit bir süre için seçilmesi, yürütmenin tek elde toplanması ve istikrarın ön planda olması daha uzun dönemli yapısal planların yapılmasını ve uzun vadede yararlı olacak politikaların devreye sokulmasını mümkün kılar. Başkanlık sisteminin bu boyutu hızlı bir şekilde kalkınmak isteyen ve altyapı sıkıntısı çeken Türkiye gibi ülkeler için kritik bir önem taşımaktadır.