Ali Fuat Yılmazer, İstihbarat Daire Başkanlığı'nda görevliyken, siyaseti dizayn etmek isteyen ulusalcı grupların peşine düşmüştü; o tarihte Ergenekon bilinmiyordu. Danıştay saldırısıyla irtibatlı görülen yüzbaşı Muzaffer Tekin'in tutuklanması, İstanbul Emniyeti'nde (Celalettin Cerrah, Şammaz Demirtaş), askeri hedef aldığı için rahatsızlık yarattı. Yılmazer, İstanbul İstihbaratı'na atandıktan sonra, Savcı Zekeriya Öz'le beraber, Ergenekon'u deşifre etti. Ama Yılmazer, Dink cinayetinde ihmali olduğu gerekçesiyle soruşturma üzerine soruşturma geçirdiği için, Ergenekon ile Dink suikastı arasında bağlantıyı kuracak etkili bir çalışma yapamadı. Sonra da görevinden alındı.