Zekeriya Öz'ün yoğun çabaları sayesinde Ergenekon davasında bugün önemli noktalara gelindi. Onun şüpheci ve ısrarlı tavrı olmasaydı, Ergenekon davası dahi açılmayabilirdi. Birçok kişinin düşündüğünün aksine, Ergenekon'u Tuncay Güney'in gözaltına alındığı sırada dile getirdiği itiraflar başlatmadı. O tarihte (2001), Organize Suçlarla Mücadele Şube Müdürü olan Adil Serdar Saçan'a, Güney, Ergenekon'dan söz etmiş, birtakım isimler vermişti. Ama daha sonra bu ifadeler, -Yargıdan bir sonuç alınamayınca- Emniyet'in deposuna konulmuştu.
Ümraniye baskınında (13 Haziran 2007) ele geçen bombalarla ilgili dosya, Zekeriya Öz'e verilince, Öz, kuvvetli şüphe üzerine sıkı ve ciddi bir takiple, gizli ilişkileri ortaya çıkarttı. Bombaların bulunduğu evin kiracısı emekli astsubay Oktay Yıldırım'dan, yüzbaşı Muzaffer Tekin ve Tuğgeneral Veli Küçük'e kadar uzandı. Söz konusu kişilerle münasebeti olan emekli binbaşı Fikret Emek'in annesinin Eskişehir'deki evinde, aynı seriden bombaların çıkması, bunların Cumhuriyet gazetesinde kullanılanların benzeri olduğunun anlaşılması da, önemli bir merhale teşkil etti. Danıştay saldırısını yapan Alparslan Aslan, aynı zamanda Osman Yıldırım'la birlikte Cumhuriyet'e de bomba atmıştı. Muzaffer Tekin'den "Ergenekon Lobi" belgesi çıktı. Öz, güvenlik birimlerine, Ergenekon isimli bir örgütü tanıyıp tanımadıklarını sorunca, Tuncay Güney'in ifadelerine ulaştı. Böylece, adım adım Ergenekon örgütü şekillenmeye başladı.
Zekeriya Öz'ün sıkı takibi olmasaydı, belki daha ilk başta Muzaffer Tekin'e kadar bile gidilemeyecekti. Nitekim, Danıştay saldırısında ciddi şüphe bulunmasına rağmen, Muzaffer Tekin serbest bırakılmıştı. Ümraniye - Eskişehir bombaları, Danıştay suikastı ve Cumhuriyet gazetesine atılan bombalar... bunlar arasındaki irtibatı kuran kişi Zekeriya Öz'dü. Bu yüzden, Türkiye'nin demokratikleşmesine yaptığı hizmetler hiçbir zaman unutulmayacaktır.