"İrtica ile Eylem Planı" basında yer aldıktan sonra, suçlular telâşa kapıldı. Bütün bilgilerin temizlenmesi için Genelkurmay'da büyük bir hareketlilik başladı. İhbar mektubundan anladığımız kadarıyla, imha farklı aşamalarda gerçekleşti.
1) Org. Ergin Saygun'un Özel Sekreteri Kur. Alb. Uğur Berksun, bizzat Bilgi Sistemleri İşletme Şubesi'ne giderek, eylem planlarının hazırlanmasında kullanılan 6 adet bilgisayarın hard disklerinin geri getirilmeyecek şekilde silinmesine nezaret etti. Bu işlemde, albay Şükrü Kısadere, üsteğmen Erhan Sakallı, üsteğmen Kazım Bozkurt, başçavuş Mustafa Urhan ve sivil memur Rıfat Sülük görev aldı.
2) Sivil savcılığın olaya el koyması hususu gündeme gelince, ilgili şubedeki bütün bilgisayarlar ve server (ana bilgisayar dahil) toplandı, 19-20-21 Haziran 2009'da, (Cuma, Cumartesi, Pazar) 34 bilgisayar ve ana bilgisayardaki bilgiler geri getirilemeyecek şekilde silindi. Temizleme işlemi, Genelkurmay MEBS Başkanlığı'nda (Muhabere Elektronik Bilgi Sistemler Okulu) görevli Fatih Karacaer ve Deniz Kuvvetleri MEBS Başkanlığı'nda görevli üsteğmen Berrin Şahin tarafından gerçekleştirildi. Bilgisayarlar ve hard diskleri, sivil savcılığa, temizleme işleminden geçtikten sonra iletildi.
İhbarcı subay, mektubunda, hafızaları silinen 40 bilgisayarın da, Genelkurmay MEBS Başkanlığı'nda kayıtlı numaralarını veriyor.
3) 12 Haziran'da belge Taraf'ta yayınlandı. 5 gün sonra, Askeri Savcı yardımcısı, askeri hâkim Yüzbaşı Volkan Şahin, Albay Çiçek'in evinde arama yaptı ve tabii ki hiçbir şey bulamadı. Bilgi Destek Daire Başkanlığı'na geldiğinde, oradaki görevlilere, "Biz personelimizi böyle koruruz" diyerek tavrını belli etti. (Volkan Şahin ile imha operasyonunda görev alan Berrin Şahin karıkoca.)
4) Genelkurmay karargâhındaki bütün kâğıtlar, imha makinelerinde kıyıldı. Akabinde yakılarak, deliller yok edildi. Bu işlemlerde görev alan erbaş ve erlere ait isim listesini, ihbarcı subay EK-Ç ile savcılara yolladı.