Balbay'ın askerle ilişkileri 1999'a kadar gidiyor. Hep kışkırtıcı pozisyonda. 30 Ekim 1999'da, Ege Ordu Komutanı Doğu Aktulga, Kara Kuvvetleri Komutanı Atilla Ateş, Kara Kuvvetleri Kurmay Başkanı Necdet Timur ile yaptığı konuşmadaki sözlerinden örnek verelim:
- Yalnız kalmış gibi görünüyorsunuz. TSK'yı ikinci planla itme planı dikkat çekiyor.
- Siyasete güvensizlik yerleşiyor.
- 28 Şubat devam ediyor deniliyor ama, durum ortada. Bence irtica o günlerden daha fazla mesafe aldı.
- Kıvrıkoğlu Paşa '28 Şubat bin yıl yaşayacak' diyor fakat, Genelkurmay'ın takındığı yeni durum, karşı tarafı cesaretlendiriyor. Bu kez atılacak adım, sonuç alıcı olmalı. Süreye yayılınca, görünen ortada. Yeni dönemde Cumhuriyet gazetesine karşı bir soğukluk hissediyoruz.
* 5 Kasım 2002'de, hemen seçim sonrasında, Kara Kuvvetleri Komutanı Aytaç Yalman'la yapılan bir görüşme. Aytaç Yalman, "Hemen tepki vermek doğru değil" deyince, Balbay, "En azından bir mesaj" diye ona ricada bulunuyor. Üstelik Balbay, Yalman'ın yayınlayacağı bildiriyi önceden okuyor ve onun talebi üzerine bazı ekler yapıyor.