Ergenekon, PKK tehdidinin yanı sıra, ağırlıklı olarak irtica tehdidine karşı, bir darbeye zemin hazırlama faaliyetidir. İbrahim Şahin, anlaşılıyor ki, bu örgütlenmede, kargaşa yaratacak bir vurucu güç gibi kullanılmak istendi.
Susurluk ile Ergenekon'da faaliyet gösteren bazı şahıslar birbiriyle aynı olmakla birlikte, mahiyet itibariyle farklı iki durum söz konusu. Susurluk'ta bir darbe hazırlığı yok. Ergenekon'a göre ise, AK Parti iktidarı bertaraf edilmelidir. Çünkü bu iktidar, "ılımlı İslâm"ın temsilcisidir; hem bu özelliği, hem de Büyük Ortadoğu Projesi ile, bölgede ABD çıkarlarına hizmet etmektedir; ABD maşasıdır.
AB reformları, Türk Silâhlı Kuvvetleri'ni zaafa düşürmektedir; ordunun rejim üzerindeki vesayetinin sürmesi, laik cumhuriyeti teminat altına almak ve ülkeyi bölünmekten kurtarmak için zaruridir. Ergenekon, anti-Amerikan, anti-AB, antiemperyalist, "ulusalcı", hatta Türkiye'yi Batı yerine Rusya yörüngesine çekmek isteyen bir anlayışı sergilemektedir.