İstanbul'un fethinden sonra Fatih'in emriyle üç gün içinde Ayasofya'nın cuma namazı kılınacak hâle getirilmesi için yoğun bir çalışma başlatıldı. Ustaların gece-gündüz çalışmasıyla mihrap tarafındaki fresklerin üstleri mermerler ile kapatıldı. Mabedin diğer kısımlarındaki tasvirlerin üzerleri de namaz kılmaya mani olmayacak şekilde mermerlerle kapatılarak Ayasofya, cuma namazı için hazır hâle getirildi.
MOZAİKLER KİREÇLE KAPLANDI
İlk cuma namazından sonra Fatih döneminde mozaiklerin bir kısmının kireçle kapatıldığı, bazı mozaiklerin ise örtüyle namaz kılanların göremeyeceği bir hale getirildiği anlaşılıyor. III. Murad döneminde sarayın Yahudi hekimlerinden Domenico Hierosolimitano, 16. yüzyılın sonlarında Ayasofya'daki bu durumu şöyle anlatır: "Eskiden kilisenin içi de mozaiklerle harikulade dekore edilmiş olmasına rağmen İstanbul'u alan Türk Mehmed bütün bu emeği kaldırttı ve büyük kubbenin ortasındaki hariç her şeyi kireçle kaplattı. Yalnızca Grek tarzında mozaikle işlenen Yüce Bakire Meryem'in tasviri korundu, orada bırakıldı ve meçhul bir sebepten dolayı muhafaza edildi. Aşağıdan yukarı bakıldığında Türk'ün oraya yerleştirilmesini sağladığı örtü arkasından neredeyse hiç görünmez, fakat üst kata çıkıldığında görebilirsiniz".
19. YÜZYIL ORTALIRINDA KAPATILDI
1670'lerin başında İstanbul'da bulunan Guillaume-Joseph Grelot'un eserindeki Ayasofya'nın planı, caminin içini ve dışını teferruatlı olarak çizdiği gravürler önemlidir. Ayasofya'nın cami olduktan sonraki yeni durumunu Avrupa'ya tanıtmıştır. 1670'lerde mihrabın üstündeki kubbede Hz. İsa'yı kucağında tutan Hz. Meryem ve kubbedeki diğer melekler, ve kemerlerde aziz resimleri gravürlerde gözükmektedir. Grelot'tan sonra 1710'da İstanbul'da bulunan İsveçli Cornelius Loos Ayasofya'yla ilgili çok kıymetli gravürler çizmiştir. Gravürlerde mihrabın üstündeki kubbede Hz. İsa'yı kucağında tutan Hz. Meryem, oradaki kubbenin yanlarındaki iki melek ve kubbedeki diğer melekler ve kemerlerdeki azizler Grelot'ta olduğu gibi Loos'daki gravürlerde de mevcuttur. Bu Hz. Meryem'in sağında olan Cebrail bugün kısmen varken, soldaki meleğin sadece ayakları kalmıştır.1847-1849 yılları arasında Ayasofya'da büyük bir tamirat başlatıldı. Fossati kardeşlerin restorasyonu sırasında bazı mozaikler badana altından çıkarılıp, tamir edilerek tekrar örtüldü. Daha önce açık olan birçok mozaik de kapatıldı. Kubbedeki meleklerin yüzleri de levhalarla örtüldü. Bugün bu meleklerden sadece birinin yüzü açılmıştır.
FRANSIZ RAHİBİN GÖZÜNDEN AYASOFYA
JEROME Maurand, Ayasofya'yı görmek için 1544'te İstanbul'a gelen Fransız elçilik heyetinin maiyet rahibi olarak görev almıştır. Seyahatnamesinin Ayşe Kayapınar tarafından yapılan çevirisi Yeditepe Yayınevi'nden neşredilecektir. Eserinde Ayasofya'yı şöyle anlatır: "Bedestenden [Kapalıçarşı] çıktıktan sonra, dünyanın yedi harikasından biri olan o büyük mü büyük, zengin ve güzelim Ayasofya şaheserini görmeye gitmeye karar verdim.... Hemen karşımıza çıkan ve tümüyle Korint tarzı bronz levhalardan mamul üç kapısı olan Ayasofya'nın kubbesine, ya da Sancta Sanctorum'una, vardıktan sonra, merkezinde aynı metal levhalardan yapılmış iki kapının bulunduğu revakların altına girdik. İlk kapıyı geçtikten sonra, ikinci kapının orada bir demir çubuğa asılmış ve her daim yanmakta olan çok sayıda lamba gördük. Ve mezkur revakların bir köşesinde, Türklerin namaz kılmak üzere Ayasofya'ya girmeden önce temizlendikleri bir kuyu bulunmaktadır. İkinci kapıyı geçip köşeye vardığımızda yanımıza görevlilerden biri geldi. Havari paltosuna benzeyen siyah bir kıyafet giymiş, başında sarık ve sakalıyla ellerinde gümüş işlemeli hurma yapraklarından küçük ama güzel bir yelpaze taşıyordu. Bizi gördüğü anda koşarak yanımıza geldi ve şu şekilde bize Türkçe hakarette bulundu:
"Bre gavur danası, yürü be". Bizi yakalatmak istedi, zira Ayasofya'ya izinsiz girip yakalanan Hristiyanlar bedensel bir cezaya çarptırılırdı. Adamın öfkesini görünce kendisini yatıştırmak için elimden geleni yaptım ve zaten halihazırda Ayasofya'nın içerisinde bulunduğumuzdan şayet etrafı görmemize izin verirse karşılığında akçe vereceğimi söyledim. Kabul edince kendisine 30 akçe verdim; ancak Ayasofya içerisinde gezerken yanımızdan ayrılmadı... Ayasofya'ya girince bu kubbenin Roma'daki Panteon gibi küre biçiminde, ancak biraz daha büyük olduğunu fark ettik. Kaplamalar, yeşil ve mor somakiler ile ayna gibi parlak siyah bir mermerden büyük daireler ve çiçeklerden müteşekkildi. Tüm etrafı 15 karış uzunluğunda bir sıra siyah buruşuk doğu mermerinden sütunlar çevreliyordu. Cephesinde tüm Eski Ahit'in mozaiklere boyanmış olduğu güzel mermer tonozlar ve bir sıra kemerli yol da göze çarpıyordu. Kemerli yolun üzerinde başka bir sıra 12 karış yüksekliğinde aynı taştan mamul sütunlar yer alıyordu. Tonozların üzerinde ilkine benzeyen ve cephesinde mahir bir ustanın ellerinden çıkma Yeni Ahit'i tasvir eden mozaiklerin olduğu başka bir kemerli yol bulunmaktaydı. Sütunların sayısına göre, kaplamalardan tonozların en çukur noktasına kadar aynı mermerden çok güzel heykellerle süslenmiş kornişler vardı. Tonozun üzerine tümüyle aynı taştan ancak daha zarif bir işçilikle muhtelif çiçekçikler kazınmıştı. Kornişlerin nihayete erdiği çukurun zirvesinde ve merkezinde, altın işlemeli bronz bir güneşin ortasına yerleştirilmiş halde bir Baba Tanrı tasviri yer almaktaydı. Bu tasvir daha büyük olmakla birlikte, Milano'daki kubbede bulunan tasviri anımsatmaktaydı.
Zira, Ayasofya'dakinin yüksekliği Milano ve Panteon'daki kubbelerden daha fazladır ve bunu en yüksek kemerlerin üzerine çıkınca rahatça görmek mümkündür. Duvarlarda, Laskaris hanedanı mensuplarınınki gibi yapılmış olan İmparator Jüstinyen'in armalarını ve alametlerini görüyorduk. Ayrıca bir de bir karış genişliğinde ve iki karış uzunluğunda bir altın masa bulunmaktaydı ki, eski harflerle şu sözlerin kazılı olduğu mezkur duvara işlenmişti: "[Hz.] İsa bakireden doğmuştur, ona inanırım ve İmparatorlar Konstantin ve İrene zamanında, ey Güneş, beni tekrar göreceksin". Tüm etrafta güzel mermer tonozlardan yapılmış, kilisenin gövdesi gibi büyük ve üstlerine envai çeşit yapraklar ve takdire şayan kuşlar resmedilmiş Korint bronzu levhalar taşıyan şapeller yer almaktaydı. İçerisini göremedik, zira imamın bize dediğine göre bize gösterdiği bir tanesi hariç hepsi daima kapalıydılar... Döşemenin üzerinde hasır halılar serilmiştir; çünkü namaz kılmak üzere içeri giren Türkler terliklerini yahut ayakkabılarını kapıların dışında bırakmalıdırlar. İçeri bir kez girdiler mi bu halılar üzerinde namaz kıldıkları ve sadece sunak biçiminde bir masa görebildiğimiz yere giderler. Masanın üstünde sırmalı ve kırmızı ipekten güzel bir havlu ile altına batırılmış iki demir çubuğa asılı ve her daim yanmakta olan iki sıra lamba bulunmaktadır. Ayasofya'nın içerisini ziyaret ettikten sonra, başkalarına görülmeyelim diye görevli bizi padişahın sarayı ile Ayasofya arasındaki meydana açılan bir kapıdan çıkardı.