Ujfalusi, Pavle ve Josefu Ujfalusi'nin ikinci çocuğu olarak doğdu. Futbola amatör olarak, doğduğu şehrin takımı olan TJ Rymarov 'da başladı. Ancak Ujfalusi'nin yetenekleri, yaklaşık 9 bin kişinin yaşadığı Rymarov kenti sınırlarını aşmak için sadece üç sene kadar bekledi. Rymarov ve Olomouc arasında fazla mesafe yoktu. Tomas Ujfalusi, 13 yaşına geldiğinde, ülkesinin en büyük takımlarından Sigma Olomouc'un altyapısında futbol eğitimi almaya başladı. Daha sonra SK Sigma Olomouc takımında profesyonel oldu. İlk dönemlerinde orta sahada görev yaparken daha sonra defans mevkisine geçti.

1996-97 sezonunda Sparta - Slavia rekabetinin gölgesindeki Gambrinus Liga'yı sekizinci sırada tamamlayan Sigma Olomouc adına 2000 yılı sonuna kadar 100 maça çıkan Tomaš Ujfalusi, yetenekleri, hırsı ve kapasitesiyle Avrupa kulüplerinin dikkatini çekti. Dört yıl forma giydiği Olomouc'dan 2000-01 sezonunun devre arasında 50 milyon kron karşılığında ayrılarak Hamburger SV'ye geçti.

Hamburg'da ilk lig maçına 10 Aralık 2000 tarihinde Energie Cottbus ile oynanan maçta çıktı. İlk lig golünü ise 18 Ağustos 2002'de Werder Bremen maçında attı. Başarılı savunma oyuncusu, kariyerindeki yeni gelişmeleri Almanya'nın Hamburg takımı ile birlikte yaşadı. Başlarda işler pek yolunda gitmese de devre arasında Hamburg'a katılan Ujfalusi, 2000-2001 sezonunda 17 lig maçının 16'sında görev yaptı. Ancak sezon sonunda 13. sırada kalan Hamburg, 2001-02 sezonunu da puan tablosunun 11. basamağında bitererek hedeflerinin çok altında kaldı.

Bir sonraki sezon ligde dördüncü olan Hamburg, ligin kalesinde en az gol gören üç takımından biri oldu ve 2003 yılında Almanya lig şampiyonu oldu. Ujfalusi'nin liderliği, takımın bu başarıdaki yol göstericisi oldu. UEFA Kupası'ndaki sürpriz Dnipro mağlubiyetiyle başlayan Hamburg, 2003-2004 sezonunda Bundesliga'da bir kez daha rakiplerine en az gol atma şansı veren takım oldu. Almanya'daki futbol yaşantısı sırasında ilk kez 2001 yılında Çek Cumhuriyeti A Milli Takımı'na çağrılan futbolcu, 2004 Avrupa Şampiyonası'nda ülkesinin formasını 4 maçta terletti ve takımıyla EURO 2004 finaline kadar çıktı. Ujfalusi, başta İtalya ligi takımı Fiorentina olmak üzere bir çok Avrupa klübünün transfer listesine girdi ve 2004-2005 sezonunun başında 7.5 milyon euro karşılığında ACF Fiorentina'ya transfer oldu.

Avrupa Şampiyonası'nın ardından İtalya'nın Fiorentina takımına transfer olan Tomas Ujfalusi, Fiorentina'daki ilk sezonunda iki ayrı teknik direktör ile çalıştı. Çek oyuncu, 2005-06 sezonunda takımın başına gelen Cesare Prandelli ile birlikte yükselişe geçti. Bir önceki sezon belirsizlikler içerisindeki Fiorentina'ya sezon sonunda lig dördüncülüğü ve UEFA Şampiyonlar Ligi'ne katılma hakkı kazandıran Prandelli yönetiminde sağ bek özelliklerini de kullanan Ujfalusi, artık Avrupa'nın en tecrübeli savunma oyuncularından biri hâline geldi.

İtalya'da yaşanan karışıklıkların ardından UEFA Şampiyonlar Ligi kontenjanını kaybeden ve 2006-07 sezonuna -15 puanla başlayan Fiorentina'da toplam dört sezon geçiren Çek savunmacı, sözleşmesinin sona ermesiyle 2008-09 sezonu başında Sevilla FC ile ön sözleşme imzaladı. Ancak Ujfalusi'nin daha sonra tercihini Atletico Madrid yönünde kullanması nedeniyle Sevilla yönetimi tarafından kendisine dava açıldı. 24 Eylül 2009'da açıklanan dava sonucunda Ujfaluši, Sevilla'ya 875 bin euro tazminat ödemeye mahkûm edildi. Dört yıl bu takımda oynadıktan sonra sözleşmesinin sona ermesiyle 2008-09 sezonu başında Sevilla FC ile ön sözleşme imzaladı. Ancak Ujfaluši'nin daha sonra tercihini Atletico Madrid yönünde kullanmasıyla, Sevilla yönetimi tarafından kendisine dava açıldı. 24 Eylül 2009'da açıklanan dava sonucunda Ujfaluši, Sevilla'ya 875 bin euro tazminat ödemeye mahkûm edildi.

Ujfalusi, yeni takımıyla ilk lig maçına 31 Ağustos 2008'de Malaga CF ile oynanan maçta çıkarken, ilk sezonunda La Liga'yı dördüncü sırada tamamlayan Atletico Madrid için 33 lig maçında forma giyen Tomas Ujfalusi, sezonun %86'lık bölümünde sahada kaldı. Ertesi sezon da kadronun değişmez isimlerinden biri olmayı başardı. UEFA Şampiyonlar Ligi'ne katılma aşamasında Yunanistan'ın Panathinaikos takımını eleyen Atletico Madrid, grup maçlarında galibiyet alamasa da, üç puanla UEFA Avrupa Ligi'ne geçiş yaptı. ve Panathinaikos önünde grubunu lider bitiren Galatasaray ile üçüncü turda eşleşti. İspanya'da 1-1'lik beraberlikle sonuçlanan maçın ardından Ali Sami Yen Stadı'nda Diego Forlan'ın son dakika golüyle üst tura yükselen Atletico Madrid, en sonunda Ujfalusi'nin kaptanlığında UEFA Avrupa Ligi şampiyonluğuna kadar uzandı. Finalde yine Forlan'ın iki golü ve Fulham'a karşı alınan 2-1'lik galibiyet vardı. Ayrıca 2009-10 sezonunu UEFA Şampiyonlar Ligi Şampiyonu olarak tamamlayan Inter'i Monaco'daki karşılaşmada mağlup eden Madrid temsilcisi, UEFA Süper Kupası'nın da sahibi oldu ve Ujfalusi kariyerine bir kupa daha ekledi. Ujfalusi, 19 Eylül 2010'da oynanılan FC Barcelona maçının uzatma dakikalarında Lionel Messi'nin ayak bileğine yaptığı sert müdahale ile sakatlanmasına sebep oldu ve direkt kırmızı kart gördü. Maçtan sonra Messi'den özür dilerken, iki gün sonra İspanya Futbol Rekabet Komitesi, Ujfalusi'nin yaptığı faulün hafif karakterde olduğuna kanaat getirerek oyuncuya iki maç men cezası verdi. Çek futbolcu, Ekim 2010'da kulübüyle olan sözleşmesini 2012-13 sezonunun sonuna kadar uzattı. Çek futbolcu İspanya'daki kariyerinide 92 lig maçı ile bitirdi.

Galatasaray Sportif A.Ş., Kamuyu Aydınlatma Platformu'na (KAP) gönderdiği açıklamada Club Atletico de Madrid futbolcuları Diego Forlan, Tomas Ujfalusi ve Jose Antonio Reyes için görüşmelere başladığını bildirdi. Fakat Reyes ve Forlan ile anlaşılamadı ama 4 gün sonra Tomas Ujfalusi Galatasaray ile 2+1 yıllık sözleşme imzaladı.

Tomas Ujfalusi Galatasaray forması ile ilk maçına hazırlık maçında Liverpool karşısında sağ bek pozisyonunda çıktı ve aynı maçta Milan Baros'a iki asist yaptı. Galatasaray'lı oyuncular tarafından takımın yabancı kaptanı seçilen Ujfalusi, 1. Kaptan Sabri Sarıoğlu'nun oynamadığı maçlarda sahaya kaptan olarak çıkmaktadır. Ujfalusi ilk golünü ise, 29. haftada oynanan ve Galatasaray'ın 4-0 kazandığı Sivasspor deplasmanında atmıştır. Ayrıca Ujfalusi'nin bu golü 5 sezon sonra Ujfalusi'nin attığı ilk resmi gol olmuştur. Ujfalusi takıma Burak Yılmaz'ın transfer edilmesinden sonra yeni takım arkadaşına bir jest yaparak kendisi için de ayrı bir öneme sahip olmasına rağmen 17 numaralı formayı Burak Yılmaz'a vermiş ve kendisi Hamburger SV'de giydiği 30 numaralı formayı Galatasaray'da terletmeye başlamıştır.

2012 sezonu başında Galatasaray-Galatasaray A2 maçında çapraz bağları kopmuştur. Ujfalusi, 2012-13 sezonunun ara döneminde takıma dönmüş fakat bu sefer de menisküsü yırtılmış ve bir süre daha sahalardan uzak kalacağı açıklanmıştır. Galatasaray 2012-13 sezonunu şampiyon tamamlamış böylelikle Ujfalusi'de Galatasaray formasıyla 2. şampiyonluğuna ulaşmıştır.

Ujfalusi, milli takımının formasını ilk kez 28 Şubat 2001'de Makedonya ile oynanan bir dostluk maçında çıktı.[11] Milli takımıyla ilk golünü ise iki gol birden attığı 6 Eylül 2002 tarihli 5-0 biten Yugoslavya maçında attı.[12] Ujfaluši, ülkesinin 2004 Avrupa Futbol Şampiyonası ve 2006 FIFA Dünya Kupası kadrolarında da yer aldı. Son olarak ise takımının da kaptanı olarak[13] 2008 Avrupa Futbol Şampiyonası'nda yer aldı.[14]

Ülkesinin formasını 77 kez giyip 2 gol atan Ujfalusi, 2010 FIFA Dünya Kupası elemeleri kapsamında 1 Nisan 2009'da Slovakya ile oynanan ve 2-1 kaybedilen maçtan sonra takım arkadaşlarıyla bir restoranda eğlendikleri için Çek medyası ve Çek Cumhuriyeti Futbol Federasyonu tarafından ağır bir şekilde eleştirildi. Daha sonra 8 Nisan 2009'da bir basın toplantısı düzenleyerek milli takımını bıraktığını açıkladı.