Mustafa Armağan, 1961 yılında Cizre'de doğdu. Urfalı bir anne-babanın çocuğu olarak dünyaya geldi. İstanbul Üniversitesi Edebiyat Fakültesi Türk Dili ve Edebiyatı bölümünden mezun olduktan sonra çeşitli yayınevlerinde editör olarak çalıştı. 1995-1996 arasında İzlenim dergisinin yayın yönetmenliğini yürüttü. Sosyal Bilimler Ansiklopedisi (Risale Yayınları, 4 cilt) ve Osmanlı Ansiklopedisi (Ağaç Yayıncılık, 7 cilt) adlı çalışmalarının yayın koordinatörlüklerinde bulundu.
2007 yılı Mart ayında TÜRTAB - Türkiye Toplumbilimsel Araştırmacılar Birliği'nin kuruluşunda yer aldı. 1995'ten beri Zaman gazetesinde yazı yazmaktadır. Ayrıca Mustafa Armağan, Nisan 2012 tarihinden itibaren "Derin Tarih" adlı tarih dergisinin genel yayın yönetmenliği görevini de yürütmektedir.
Türkiye Yazarlar Birliği tarafından 3 defa ödüle layık görüldü: Batı Düşüncesinde Dönüm Noktası (Fritjof Capra'dan, Tercüme dalında, 1989);Şehir, ey Şehir (Deneme dalında, 1997); Osmanlı: İnsanlığın Son Adası(Fikir dalında, 2003).
Eserleri
Gelenek (1992)
Gelenek ve Modernlik Arasında (1995)
Şehir Asla Unutulmaz (1996)
Şehir, Ey Şehir (Türkiye Yazarlar Birliği 1997 Deneme Ödülü)
Bursa Şehrengizi (1998)
Alev ve Beton (2000)
Osmanlı: İnsanlığın Son Adası (2003)
İstanbul Mavi Kırpar Gözlerini (2003)
Osmanlı Tarihinde Maskeler ve Yüzler (2005)
Ufukların Sultanı: Fatih Sultan Mehmed (2006)
İnsan Yüzlü Şehirler (2006)
Abdülhamid'in Kurtlarla Dansı (2006)
Küller Altında Yakın Tarih (2006)
Yakın Tarihin Kara Delikleri / Küller Altında Yakın Tarih 2 (2006)
Efsaneler ve Gerçekler / Küller Altında Yakın Tarih 3 (2007)
Korku Duvarını Yıkmak / Küller Altında Yakın Tarih 4 (2009)
Paşaların Hesaplaşması / Küller Altında Yakın Tarih 5 (2010)
Osmanlı'yı İmparatorluk Yapan Şehir: İstanbul (2007)
Büyük Osmanlı Projesi (2008)
Osmanlı'nın Mahrem Tarihi (2008)
Avrupa'nın 50 Büyük Yalanı (2009)
Abdülhamid'in Kurtlarla Dansı 2 (2009)
Kır Zincirlerini Osmanlı (2010)
Fatih'in Rüyası (2010)
Cemil Meriç'in Dünyası (2010)
Türkçe Ezan ve Menderes (2010)
Geri Gel Ey Osmanlı! (2010)
Osmanlı'nın Kayıp Atlası (2010)
Tek Parti Devri (2010)
Kazım Karabekir'in Gözüyle Yakın Tarihimiz (2011)
Bulutları Delen Kartal/Cemil Meriç ile Konuşmalar (2011)
Osmanlı Tarihini Yeniden Yazmak (2011)
Gerçek Tarihin Peşinde (2011)
Kızıl Pençe (2012)
Fetih ve Fatih (2012)
Petersburg'da Osmanlı İzleri (2012)
Satılık İmparatorluk (2013)
Cumhuriyet Efsaneleri (2014)
