Neretva Nehri'nden 24 metre yüksekte 30 metre uzunluğunda, 4 metre genişliğinde olan Mostar Köprüsü, dönemine göre gelişmiş bir teknolojiyle inşa edildi. Köprü inşaatında 456 kalıp taş kullanıldı. Köprü, inşa edildikten sonra yakınındaki şehre ismini verdi, şehirde ticareti canlandırdı ve zenginleştirdi. Böylece Mostar, Hersek bölgesinin önemli bir şehri haline geldi. Mostar Köprüsü, cesur sporcular tarafından yıllarca bir atlama platformu olarak kullanıldı. Geleneğe göre şehrin erkekleri, nişanlılarına cesaretlerini ispatlamak için düğün öncesinde köprüden atlarlardı.

Yıkılması
Bosna-Hersek'te başlayan iç savaş sırasında Mostar Köprüsü'ne ilk saldırıyı 1992'de Bosnalı Sırplar düzenledi. 9 Kasım 1993'te Hırvat tankları köprüye daha büyük bir zarar veren saldırılarını başlattı. Kasım ayının sonunda köprü tamamen yıkıldı. Dev taşları, Neretva Nehri'nin sularına gömüldü. Mostar Köprüsü, yüzyıllar boyunca Bosna'da hoşgörü ve kültürel çeşitliliğin sembolüydü ve 427 yıldır ayaktaydı. Şehrin Müslüman ve Hırvat kesimini birbirine bağlıyordu. Köprünün yıkımı, Mostar'ın çok uluslu mirasının reddedilmesi anlamına geliyordu.
Savaş sonrasında İngiliz güçleri yıkılan köprünün yerine geçici bir demir köprü yaptı. Mostar civarındaki diğer köprüler de tahrip edildiğinden, nehrin iki yakasını birleştiren tek yapı olarak bu köprü kaldı.

Yeniden İnşası
Mostar Köprüsü' nün eski hâline uygun olarak yeniden inşası çalışmaları (TİKA) UNESCO ve Dünya Bankası'nın desteğiyle 1997'de başladı. Köprünün inşaatını Türk şirketi olan ER-BU üstlendi. Macar ordusundan dalgıçlar orijinal taşları nehir yatağından bulup vinçlerle çıkardı. Suyun içinde bozulmaya uğrayan taşlar yapıda kullanılamadığından orijinal taşların çıkarıldığı günümüzde kapalı olan taş ocağı tekrardan bu iş için açılıp aynı ocaktan çıkarılan taşlar köprünün yapımında kullanıldı. Orijinal modele sadık kalan şirket, köprünün temellerini de sağlamlaştırdı. 30 metre uzunluğundaki, 24 metre yüksekliğindeki köprünün kemerindeki çalışma Haziran 2002'de başladı. Kilit taşı Ağustos 2003'te yerine konuldu.

İnşaatı tamamlanan Mostar Köprüsü, aralarında Türkiye' nin de bulunduğu çok sayıda devletin temsilcilerinin hazır bulunduğu bir törenle, İngiliz Prensi Charles tarafından 23 Temmuz 2004 tarihinde açıldı. Açılışı, çok sayıda televizyon ekibi naklen yayınla seyircilerine ulaştırdı.
Mostar Köprüsü, eski Mostar şehriyle birlikte 2005 yılında Dünya Miras Listesi'ne eklendi.

Mostar
Bugün çok uluslu bir yönetim tarafından idare edilen Mostar'da savaş döneminde başlayan bölünmeler hâlâ devam etmektedir. Hırvatlar nehrin batısında, Müslümanlar ise doğusunda yaşıyor. Savaş sırasında şehirden ayrılan Sırplarsa bir daha geri dönmedi.