New York'ta yaşamaya başlayan Garner, bir tiyatroda haftada 150$ kazanabileceği bir rol buldu. Bu rol Garner'ın yolunu açtı ve Daniele Steeleromanından uyarlama olan bir televizyon filmi olan "Zoya"nın ekibine katıldı. Daha sonra düşük reytingler alan "Time of Your Life" ve "Significant Others" adlı televizyon dizilerinde oynadı, 1997'de yayınlanan ve yine bir televizyon filmi olan "Rose Hill"in oyuncuları arasındaydı. 1996'da, Amerika'da ilgiyle izlenen, şu sıralar Türkiye'de de yayınlanan "Law & Order" adlı dizinin bir bölümünde oynadı. Bu sırada birlikte olduğu erkek arkadaşıyla yaşayabilmek için Los Angeles'a taşındı ve burada garsonluk yapmaya başladı. "Felicity" adlı diziden teklif alınca bu işi bıraktı ve dizide Scott Foley'in kız arkadaşını canlandırdı.2000'de "Dude, Where's My Car" adlı komedi filminde Ashton Kutcher'la birlikte oynadı ve bu parlayışının ardından 2001 yapımı "Pearl Harbor"da Ben Affleck ve Kate Beckinsale gibi ünlülerle rol aldı.
Yine 2001 yılında, Garner'ın daha önce rol aldığı "Felicity" dizisinin yapımcısı olan J. J. Abrams, oyuncuya "Alias" adlı dizinin başrol oyuncusu olma teklifini götürdü. Garner, dizide bir ajan olan Sydney Bristow'u canlandıracaktı. Teklifi kabul eden Garner, tekvando dersleri almaya başladı. Dizinin büyük beğeni toplamasıyla birlikte Ocak 2002'de, henüz 1. sezon bölümlerinin yarısı bile yayınlanmamışken "Bir Televizyon Dizisindeki En İyi Kadın Oyuncu" dalında Altın Küre kazandı. Garner, diziye bölüm başına 45.000$ alarak başlamıştı, bu rakam sonraki sezonlarda 150.000$'a kadar çıktı. Oyuncu, dizideki roluyle 4 kez Altın Küre Ödülleri'ne, 4 kez de Emmy Ödülleri'ne aday oldu. 2005'te Screen Actors Guild'ten "Yılın Oyuncusu" ödülünü aldı. Garner aynı zamanda Alias'la birlikte yönetmenliğe de el attı, dizinin 4. sezonundaki "In Dreams" adlı bölümü kendisi yönetti.
Alias'taki başarısının ardından Garner sinemaya dönmeye karar verdi. Steven Spielberg'ün "Catch Me If You Can" adlı filminde, Ben Affleck'le birlikte "Daredevil" (2003) ve bu filmin devamı olan 2005 tarihli "Elektra"da, "13 Going On 30" (2004) adlı komedi filminde oynadı. Oyuncu, Forbes Dergisi'nin araştırmasına göre yılda 14 milyon dolarla Hollywood'un en çok kazanan 5. aktristiydi.
Garner, 19 Ekim 2000'de, "Felicity" adlı dizide birlikte rol aldığı Scott Foley'le evlendi. Çift, Mart 2004'te boşandı. Daha sonra "Alias"taki rol arkadaşı Michael Vartan ile kısa bir süre birlikte oldu, bu ilişkinin hemen ardından "Daredevil"den rol arkadaşı Ben Affleck'le birlikte olmaya başladı. 29 Haziran 2005'te Affleck ve Garner evlendi. Bu sırada Garner hamileydi. 1 Aralık 2005'te kızları Violet Anne Afflect dünyaya geldi.
"Alias"'ın setinde dizinin yapımcısı Abrams, Garner'a doğumgünü hediyesi olarak pembe bir bisiklet verdi. Oyuncu ayrıca 11 Eylül saldırılarının ardından oyuncu CIA için bir kayıt yaptı.
Garner yemek yapmaktan, bahçeyle uğraşmaktan hoşlanıyor ve kick-boxyapıyor. Oyuncunun en iyi arkadaşı ise aktris Jean Louise Kelly. Bir sonraki projesi bir Hollywood yapımı olan "Catch and Release". Aynı zamanda oyuncunun 2007 yılında ilk filmini gösterime sokacak olan "Vandalia Films" adlı bir şirketi bulunuyor. Garner, şu anda eşi Ben Affleck ve kızı ile Boston'da yaşıyor.
