Bayraklı Höyüğü (İÖ 3. bin-300) kayalık bir tepe ve üzerindeki yerleşme tabakalarından oluşur. Burada ele geçen en erken buluntular İÖ 3. bine ait seramik parçalarıdır. İlk yerleşme Eski Tunç Çağı'na aittir. Tunç Çağları'ndaki yerleşmeler höyüğün küçük bir bölümünü kaplıyorken, Hellen çağlarında yerleşim, bugün modern duvarlarla çevrili sit alanının çok daha dışına taşmaktadır.

Smyrna Kenti höyük üzerinde İÖ 11. yüzyılda bir Aiol kenti olarak kurulmuş ve İÖ 1000-300 arasındaki 700 yıllık süreç içerisinde gelişmiştir.İÖ 11. ve 9. yüzyıllar arasında tek odadan oluşan bahçe içinde evlerle Smyrna, köy düzeninde bir yerleşmedir. Planı ve tarihi kesin olarak bilinen Batı Anadolu'nun en eski evi buradaki Oval Ev'dir.

Erken ve Arkaik Dönem Smyrna'sı, başlangıçta muhtemelen kurucusu kabul edilen Kral'a atfen "Tantalus Naulokhon" (Tantalus limanı) şeklinde anılan , sonradan aldığı "Smyrna" isminin etimolojisi konusunda çeşitli görüşler öne sürülen, İzmir Körfezi'ne uzanan küçük bir yarımada üzerinde yerleşik arkeolojik sit alanıdır.

Başlangıçta bir Aiolis kenti iken, sonradan 13. üye olarak İyonya kentleri arasına katılmıştır. Günümüzde Bayraklı ilçe sınırları içinde yer almakta olup, "Bayraklı Höyüğü" tarihi yerleşim alanı için kullanılan terimlerden biridir. Antik kentteki ilk bilimsel çalışmalar Prof. Dr. John M. Cook ve Prof. Dr. Ekrem Akurgal başkanlığında bir İngiliz-Türk ekibi tarafından 1948'de başlatılmış, Ekrem Akurgal tarafından 1993'e kadar kesintisiz sürdürülmüştür.

Klasik Çağ Smyrna'sı Büyük İskender'in yönlendirmesi ile Kadifekale (Pagos) sırtlarında kurulmuş, en parlak dönemini Roma İmparatorluğu döneminde yaşamış ve günümüzde Konak ilçe sınırları içinde bulunan arkeolojik sit alanıdır.

Smyrna Agorası Bizans ve Osmanlı dönemlerinde ise mezarlık alanı olarak kullanılmıştır. Mevcut kalıntılar ve yapılan sondajlar agora alanının kentin kuruluş efsanesine uygun olarak Büyük İskender'den hemen sonra M.Ö. 4. yüzyılın sonundan itibaren planlandığını ve bu tarih ile birlikte çevresindeki yapıların etap etap inşa edildiğini işaret etmektedir.

Smyrna'da özellikle İÖ 750-550 tarihleri arasında, mimarlık alanında büyük bir atılım gerçekleşir. Aiol düzenindeki sütun başlıkları ile Anadolu'nun en eski Athena Tapınağı burada inşa edilmiştir. Athena Tapınağı (İÖ 725 – 546) Aiol düzeninde 6 x 10 sütunlu bir peripterostur. MÖ 546'da olagelen Pers saldırısı ile tapınak işlevini yitirir. Bu tarihten sonra kullanılmamıştır. Athena Tapınağı'nın güneydoğu köşesinde bir tapınak yapısının temelleri daha vardır.

İÖ 650-546 tarihlerinde Aiolis Bölgesi'nin önemli bir yerleşmesi olan Smyrna bu süreçte görkemli taş surlar ile çevrilidir. Ege'deki Aiol ve İon yerleşmeleri içerisinde mükemmel taş işçiliğiyle yapılmış en güzel ve en eski sur örneği (İÖ 7.yy ilk yarı) Smyrna Kenti'ni kuşatır. Surun kuzeydoğu köşesinde kentin girişi yer alır. İÖ 6. yüzyıl başlarında Arkaik surun dışına ikinci bir sur daha inşa edilmiştir. Her iki surun arasında İÖ 7. yüzyıl sonu ve 6. yüzyıl ortası arasındaki kısa dönemde kullanılan bir gömü alanı vardır.

Höyüğün güneydoğu köşesinde hem kente, hem de kent dışına hizmet veren anıtsal çeşme (İÖ 7. Yy. Son dörtlük) yapısı yer alır. Bindirme tekniğinde andezit taştan inşa edilmiştir. Çeşme, yapım tekniği ve anıtsal binası ile Adalar ve Yunanistan da dahil olmak üzere Batı Dünyası'ndaki bu tür mühendislik yapılarının günümüze kadar korunmuş şimdilik en erken ve en eski örneğidir.

İÖ 7. yüzyılın ikinci yarısında ev mimarisi gelişme gösterir. Evlerin hepsi megaron türünde yapılardır. Toplantı Megaronu ve Çifte Megaron bunların en güzel örnekleridir. Bunlar Doğu Helen mimarisinin ünik eserleridir.

Smyrna'nın İÖ 7. yüzyıl sonundan itibaren İÖ 4. yüzyıl da dâhil olmak üzere kullanılan, bir ana caddesi ve bu caddeye dik olarak ulaşan birbirlerine paralel sokakları vardır. Eski Smyrnalı mimarlar Batı Dünyası'nın ilk ve en eski geometrik dokulu, ızgara biçimli kent planını burada geliştirmişlerdir.

Bu bağlamda Smyrna, gün ışığına çıkarılan surları, çok odalı banyolu evleri, kutsal yapıları, anıtsal çeşmesi gibi önemli kalıntıları ve geometrik dokulu kent planı ile Batı Anadolu'nun Arkaik Dönem arkeolojisi için ideal bir kent örneğidir.

İÖ 4. yüzyılın sonlarına doğru yeni Smyrna Kenti, antik kaynaklardan da bilindiği gibi körfezde, Bayraklı'dan 20 stadion uzaktaki Pagos'ta (Kadifekale) kurulur.Bugün Agora'da Batı Portiko'nun büyük kısmı ve Doğu Portiko'nun küçük bir bölümü ile kuzeydeki Bazilikanın tamamı ortaya çıkarılmıştır. Yeşil alan olarak kullanılan ören yerinin güneyindeki alanda Güney Portiko yapısının olması beklenmektedir.

Son yıllardaki kazı çalışmaları ile Batı Portikoya bitişik bir Bouleuterion / Odeion'un varlığı tespit edilmiştir. Kazı çalışmaları ile ortaya çıkarılan bir başka kentsel bulgu da agoranın hemen kuzeyinde doğu-batı doğrultusunda uzanan ve Kuzey Cadde olarak adlandırılan caddedir. Buluntular içindeki bir arşitrav bloğu üzerindeki yazıt diğer antik kaynaklar tarafından ifade edilen agora içinde veya yakınında bir Nemesis Tapınağı'nın varlığını işaret etmekteyse de henüz bu tapınağın yerine ilişkin saptamada bulunmak mümkün olamamıştır.