Akdamar Kilisesi yörede hüküm süren Vaspurakan hanedanınca, Kral I. Gakik tarafından M.S. 915-921 yılları arasında Mimar Keşiş Manuel'e yaptırılmıştır.
Akdamar Adasındaki Surp Haç kilisesi, Kudüs'ten İran'a kaçırıldıktan sonra 7. yüzyılda Van yöresine getirildiği rivayet edilen Hakiki Haç'ın bir parçasını barındırmak maksadıyla Kral I. Gagik'in emriyle 915-921 yıllarında Mimar Manuel tarafından inşa edilmiştir. Adanın güney doğusuna kurulmuş olan kilise, mimari açıdan Ortaçağ Ermeni sanatının en parlak eserleri arasında sayılır. Kızıl andezit taşından inşa edilmiş olan kilisenin dış cephesi, alçak rölyef şeklinde işlenmiş zengin bitki ve hayvan motifleriyle ve Kutsal Kitap'tan alınma sahnelerle bezenmiştir. Kilise bu özelliğiyle de Ermeni mimari tarihi içinde eşsiz bir konuma sahiptir.
Kilise merkezi kubbeli, dört yapraklı yonca biçimli haç planında olup kırmızı kesme tüf taşlarıyla inşa edilmiştir. Kilisenin dış cephesi, alçak rölyef şeklinde işlenmiş zengin bitki ve hayvan motifleriyle ve Kutsal Kitap'tan alınma sahnelerle bezenmiştir. Kilise bu özelliğiyle de Ermeni mimari tarihi içinde eşsiz bir konuma sahiptir.
Tarihçi Anne R. Redgate, 'The Armenians' adlı kitabında, Ermeni Kralı Gagik'in bu kiliseyi yaptırmak için bütün civar medeniyetlerin saraylarından mimar ve ustalar getirdiğini yazıyor. (Redgate, bu sebeple Akdamar Kilisesi'nde Bizans, Sasani, Abbasi ve Türk mimari izlerinin de bulunduğunu vurguluyor.)
1021 yılında Vaspurakan Krallığı ortadan kalkınca 1113'te yapılar manastıra çevrilmiştir ve 1895 yılına kadar kilise bölgedeki Ermeni Patrikliği merkezi olmuştur. Akdamar kilisesi manastır olduktan sonra "Kutsal Haç Kilisesi" adıyla anılır.
Kutsal Haç Kilisesine, XIII. yüzyıl sonlarında Stephanus şapeli, 1293'te Zacharias şapeli, 1763'te kilisenin batısındaki jamatun (cemaat evi) ve son olarak da XIX. yüzyılın başlarında çan kulesi yapılmıştır.
Akdamar Kilisesi, yörenin en zengin mimari süslemelerine sahiptir. Kilisenin dış cephelerinde, farklı yüksekliklilerde ve kuşaklar halinde dolanan kabartma olarak işlenmiş değişik konular mevcuttur. Alttan itibaren birinci kuşakta İncil ve Tevrat'tan alınan konular anlatılmaktadır. Dini konular arasında Ermeni tarihiyle ilgili kişiler, prensler, krallar ve azizler görülür.
Dini konuların yanı sıra, dünyevi konular, saray hayatı, av sahneleri, insan ve hayvan figürleri tasvir edilmiştir. Bu kabartmalarda Orta Asya Türk sanatının yoğun etkilerini taşıyan 9. ve 10. yüzyıl Abbasi Sanatı'nın etkilerini görmek mümkündür.
Kilisenin dış cephelerindeki kabartma süslemelere karşılık, iç mekândaki duvarlar günümüzde hemen hemen kaybolmaya yüz tutan dini konulu fresklerle bezenmiştir. Bu duvar resimleri yöredeki en kapsamlı ve en erken tarihli örnekler olarak ayrı bir önem taşırlar.
Akdamar Kilisesi son yüzyılda tarihin, maalesef define avcılarının ve atış meraklılarının kurşunlarıyla yıprandı ve harap oldu. Dış yüzeyindeki kabartmalar ve içerisindeki duvar resimleri ise zamanla, hava şartlarına da dayanamayarak hasar gördü.
Doğudaki birçok başka Ermeni anıtı ile birlikte Akdamar Kilisesi'nin de 1951'de hükümet emriyle yıkımı kararlaştırılmış, 25 Haziran 1951'de başlatılan yıkım çalışması o dönemde genç bir gazeteci olan ve tesadüfen olaydan haberdar olan Yaşar Kemal'in müdahalesiyle durdurulmuştur.
On yıllar boyunca bakımsız olarak kalan kilise 2005-2007 döneminde Türkiye Cumhuriyeti Kültür ve Turizm Bakanlığı öncülüğünde, Türkiye Ermenileri ve komşu Ermenistan ile ilişkilerin geliştirilmesine yönelik bir adım olarak, 1.5 milyon dolar harcanarak restore edilmiştir. Restoran çalışmalarını Ermeni mimar Zakariya Mildanoğlu yürütmüştür.
29 Mart 2007 tarihinde yeni hayatına gözlerini 'anıt müze' olarak açan Akdamar Kilisesi'nde uygulanan restorasyon çalışması bazı uluslar arası kültür çevrelerinde "siyasi amaçlı" olarak tanımlanmıştır.
Kilise, Van gölü'ndeki Akdamar Adası'nda tek başına duruyor.
