Sistem, kamunun hesap verebilir ve şeffaf olması için mükemmel tasarlandı.
Sayıştay, TBMM adına devlet kurumlarında bağımsız denetim yapacaktı.
Kamudaki üst yöneticiler ise bünyelerindeki iç denetçiler vasıtasıyla yönetsel ve mali süreçleri anlık takip edecek, olası hataları önleyecekti.
İdarelerde, en uçtaki saymanlar değil, en baştaki amir tüm işlemlerden sorumlu tutulacak, bu sayede işini ciddiye alacaktı.
Maliye'nin muhasebat tarafı da devlette para ile ifade edilebilen işlemlere ait bilgilerin kaydedilmesi, sınıflandırılması, doğruluğunun teyit edilmesi için ayrıca bir rol üstlenecekti.
Sayıştay Başkanı, yepyeni bir görev aldıklarını, kamu kurumlarının içinden ve dışından tepkiler gelebileceğini öngöremedi. Sayıştay elemanları, denetledikleri kurumlarda yer yer güç ve üstünlük gösterisi sergiledi, bu yüzden usûl, esasın önüne geçti. Kurumlardaki iç denetim modeli, bir tür erken uyarı mekanizmasına dönüşemedi. TBMM Başkanlığı da anayasaya göre Meclis adına çalışan Sayıştay'a ve raporlarına arka çıkamadı. Kurumlarla Sayıştay karşı karşıya geldi. İki taraf da birbirinin ayağına basmaya, ham bilgiler üzerinden soru işareti yaratmaya başladı. Ana muhalefet partisi, denetçilerin yazdığı ön raporlarla, nihai Sayıştay raporları arasındaki farkı gizleyip, iktidar üzerinde kuşku bulutları toplamaya çalıştı. Bu durum, hükümet kanadının içe kapanmasına yol açtı. Sayıştay'a, "Ayrıntılı mali tablolar üretemiyoruz" diyen Maliye Bakanı Mehmet Şimşek, o bahaneyi giderecek SAY 2000i projesini sahiplenemediği gibi muhasebat personelini de küstürdü. Bu bilek güreşi ortamında bir de yasal düzenleme tamamlandı. Haliyle Anayasa Mahkemesi devreye girdi. Yüksek Mahkeme'nin Sayıştay kökenli Başkanı, Sayıştay'ın yetkilerini kısıtlayan yasanın iptalinde inisiyatif aldı. Ve böylece... Karmaşık bir tablo yaratıldı. Sayıştay'ın denetim raporu, denetçilerin kurumlardaki ilk tespitlerini içerir. Bunlar ön raporlardır, iç çalışma niteliğindedir. Ancak kamudaki problemlere ilişkin öncü sinyaller de gönderir. Sayıştay raporları ise kamudaki incelemelerin, çapraz kontrole tabi tutulmasıyla son halini alan, TBMM'ye sunulan, hukuken bağlayıcı belgelerdir. Klasik Sayıştay raporları; Sayıştay denetim gruplarınca kaleme alınan, 146 kurumun mali denetimini kapsayan dokümanlardır. Rapor, değerlendirme komisyonu ile denetlenen kurumların cevapları ve Sayıştay'ın ilgili dairesinin görüşleri alındıktan sonra nihai kimlik kazanır. Sayıştay bir de "Yargılamaya Esas Rapor" yazar. Kamu zararını belirleyen o raporlardır. Halen Sayıştay'da yargılama aşamasında bu tarz raporlar mevcuttur. Bunlardan TBMM'nin ve halkın haberi olmamaktadır. İşin doğrusu, yargı kararı kesinleşince, mazeret ileri sürülmeden sonuçlarının kamuoyuna açıklanmasıdır. 