Birleşmiş Milletler Keyfi Tutuklamalar Çalışma Grubu, Balyoz'da, İnsan Hakları Evren Beyannamesi'nin şu 3 maddesinin ihlâl edildiği sonucuna vardı:
Madde 9: Kimse keyfi gözaltı, tutuklama ve sürgüne maruz bırakılamaz.
Madde 10: Herkes bağımsız ve tarafsız bir mahkeme tarafından eşit ve adil yargılama hakkına sahiptir.
Madde 11: Hakkında bir suçlama olan herkesin, savunması için gerekli tüm garantiler sağlanmış biçimde açık bir mahkemede suçluluğu ispat edilinceye kadar suçsuz sayılma hakkı vardır.
Balyoz açısından hüküm verildiği için artık uzun tutukluluk tartışması sona erdi. Bununla beraber, tazminat hakkı doğabilir.
Balyoz sanıklarının bağımsız ve tarafsız bir mahkeme tarafından adil yargılanmadıkları ve savunma haklarının ihlâl edildiği noktasına gelince... Hükümetin, Özel Yetkili Mahkemeleri (ÖYM) lağvetmesi, bu iddiaya dayanak kazandırdı. Haklı olarak sanıklar soruyor: "Eğer adil yargılama konusunda Özel Yetkili Mahkemeler bir sorun yaratmıyorsa, neden lağvedilmiştir? Sorun varsa, lağvedilen bu mahkemeler niçin hâlâ Balyoz davasına bakmaya devam etmiştir? Eğer mahkemeler defoluysa, yargılamayı sürdürmeleri davayı olumsuz etkilememiş midir?"
ÖYM'leri kaldıran hükümet, "Adil yargılama yok" diyenlerin ekmeğine yağ sürmüştür.