3. köprüye Yavuz Sultan Selim ismi verilmesi tartışma yarattı. Özellikle Selim'i, 40 bin canın katliamından sorumlu gören Aleviler tepki içinde. Bu hassasiyete keşke özen gösterilseydi.
Ama Yavuz Sultan Selim'in böyle bir katliamı gerçekleştirdiği hususunda kesin kanıt yok. Tarihçi Prof. Dr. Feridun Emecen, Osmanlı arşiv belgelerinde, sadece Safevi yanlısı propaganda yapan ajanların, bu harekete sempati duyup yaygınlaştıran tarikat dervişlerinin takibi ve bu hareketi gizlice destekleyen tımarlı sipahilerin tespitiyle ilgili kayıtlar bulunduğunu belirtiyor.
Zaman gazetesi yazarı Mustafa Armağan da bu konuda şunları yazıyor: "Şah İsmail'e bağlılıkları sadece dini bir inanç olma çizgisini aşarak, ona para vermek, asker olarak ordusuna katılmak, Kızılbaşlık propagandası yapmak, Şah'a casusluk etmek gibi eylemlerin failleri hakkında Yavuz, kovuşturma başlattı. Bu kovuşturma bir tür fişlemeye dönüştü. Yukarıda sıralanan eylemlere karışan 40 bin Kızılbaş'ın adı defterlere kaydedildi; sorguya çekildiler. Suçlu bulunanlar elbette idam edilmiş ya da hapisle cezalandırılmıştır. Ama bu kovuşturma sonucunda ne kadarının idam edildiği veya sürgüne gönderildiği ya da serbest bırakıldığı bilinmiyor."
Yavuz, bir inanç olarak Aleviliği hedef almamıştı. Safevi devleti, Anadolu'daki Alevileri bir nevi istihbarat elamanı gibi kullanıyor ve Osmanlı'yı yıkacak tertipler içine giriyordu. Yavuz Sultan Selim'in amacı, Anadolu'nun siyasi birliğini sağlamak, Safevi devletinin tehdidini sona erdirmekti.
Şah İsmail'in yönetimindeki Safevi devleti ile Osmanlı devleti arasında bir rekabet mevcuttu. Taraflar, Anadolu'da üstünlük kurma mücadelesindeydi. Şah İsmail, eski beyleri kışkırtıyor, bunun için de Anadolu'da Şiilik propagandası yapıyordu. Türkmenlerin Safevi devletine sempati beslemesinin sebebini Ziya Gökalp şöyle anlatıyor: "Osmanlılar, ümmet esasına dayanan bir devlet kurdukları için, aşiret ve soylu sınıf teşkilâtlarını bozarak, Boy Beyleri yerine Enderun'da yetişen Sancak Beylerini koydular. Safevi devleti ise, tam tersine, Türkmenlere eski aşiret ve soylu sınıf teşkilâtının muhafaza edileceğini vaad etti. Şah İsmail, her aşirette ırsi bir Han'ın bulunduğu konfederal bir yapıyı savundu.
"Bütün bunları Yavuz Sultan Selim'i kanlı bir padişah gibi görmenin doğru olmadığını hatırlatmak için yazıyorum. Ama madem böyle bir hassasiyet mevcut, madem Türkiye'de birçok kişinin cengâver bir padişah olarak değerlendirdiği Yavuz Sultan Selim'e Aleviler düşman gözüyle bakıyor, o zaman farklı bir isim, meselâ Mevlana tercih edilebilirdi.