2. Ergenekon davasına bakan 13. Ağır Ceza Mahkemesi, AK Parti kapatma davasında rol alan Yargıtay Cumhuriyet savcılarını ifadeye çağırdı. İlk bakışta, denilebilir ki, aynı Gülen gibi "AKP'ye dokunan da yanıyor" Ama işin biraz derinlemesine inmek gerekir. Kapatma davasının bazı odaklardan planlandığı ve Erdoğan ile arkadaşlarını tasfiye etmeye yönelik olduğu ileri sürülüyor. En azından bazı çevreler böyle düşünüyor.
İlhan Selçuk, Kemal Alemdaroğlu, Doğu Perinçek gibi isimlerin gözaltına alındığı 4. Ergenekon dalgası sonrasında, yasal telefon dinlemeleri kamuoyuna yansıdı. Bu konuşmalar, kapatma davasında organize bir hareketle karşı karşıya kalındığı izlenimini veriyordu.
7 Şubat 2008 tarihli İlhan Selçuk ile Cumhuriyet Gazetesi Genel Yayın Müdürü İbrahim Yıldız arasında geçen konuşma:
İlhan Selçuk: YÖK elden gidiyor.
İbrahim Yıldız: Evet
Selçuk: Gidiyor, yani her şey elden gidiyor, tuhaf bir durum var. Bakalım ne olacak şimdi? Yalnız 2 tane şey var eğer kapatma davası açılırsa,
Yıldız: Evet
Selçuk: Bir de üstüne ekonomik kriz gelirse, Türkiye biraz karışırsa belki bir umutlar doğabilir yani.
Yıldız: Doğru doğru abi.
Selçuk: Çok açık görünüyor, bir kere adam kararlı geri adım falan atmıyor.
Yıldız: Yok abi atmaz ya.
8 Şubat 2008 tarihli İlhan Selçuk'un Mehmet isimli şahısla yaptığı telefon görüşmesi:
Selçuk: Ee işte sonu kötü oldu işin, Atatürk Cumhuriyeti elden gidiyor.
Mehmet: Maalesef maalesef İlhan. Şimdi ben tabii bir şey bilmiyorum senin kadar. Sen tabii işin içindesin eskiden beri tutturdukları bir şey var yok. Anayasa Mahkemesi yok bilmem ne kanunu yav, bunlarla olur mu bu iş İlhan? Yani Anayasa Mahkemesi ne yapabilir?
Herifler kanun yapma yetkisini her şeyi değiştirebilirler yani, ne yapılabilir artık? Var mı bir ümit?
Selçuk: Şöyle olacak galiba... Anayasa Mahkemesi son olarak kendisi tasfiye edilmeden bu AKP hakkında partinin kapatılması kararını verirse, o zaman ortalık büsbütün birbirine karışır.
Mehmet: Birbirine girecekler o zaman, nasıl olur böyle bir şey İlhan? Yani bunu yaptırırlar mı artık? Olabilir mi böyle bir şey?
Selçuk: Anayasa Mahkemesi'nin yetkisi var.
8 Şubat 2008 tarihli İlhan Selçuk ile İbrahim (Yıldız) isimli şahıs arasındaki konuşma:
Selçuk: Meselâ bugün Ertuğrul Özkök'ün yazısı baya bir muhalefet yazısı.
İbrahim: Evet evet, değişti abi o destek yok, destek yok. O açıdan iyidir abi. Selçuk: İyidir, iyidir. Zannediyorum yargı da yürüyecek.
İbrahim: Evet.
Selçuk: Bunlar da yürüyecek, yargı da yürüyecek. Bir yerde bir hesaplaşma olacak herhalde. Yani şöyle bir şey aklıma geliyor. Yargı kapatma kararına doğru gidiyor, haberini de verdiler.
14 Mart 2008'de İlhan Selçuk'un kapatma davası açılmadan bir gün önce Cumhuriyet gazetesindeki köşesinde yayınlanan "Sonra oturup ağlamasınlar" başlıklı yazısı, onun, daha önceden bu konuda bilgisi olabileceğini ortaya koyuyordu:
"...AKP iktidarı belli hedefe doğru doludizgin yürüyor, yandaşları da içmeden sarhoş olmuşlar...
Ülke altüst...
Herkes birbirine soruyor:
- Ne olacak?..
Bu gidişle bir şeyler olacak...
Ama, ben Cumhuriyet'e "İslamcı AKP Devleti"nin el koymasını isteyen gazeteye şimdiden haber vereyim...
Bir şeyler olduğunda sonuç düşündükleri gibi çıkmazsa, oturup mazlum rolünde ağlamasınlar."

Kapatma davası 15 Mart 2008'de açıldı. İstihbarat birimleri, birkaç aydan beri İlhan Selçuk'u teknik takibe almıştı. Gazeteciler arasında geçen konuşmalar, sonuçları hesaplanarak davanın açıldığını gösteriyor. 13. Ağır Ceza Mahkemesi, herhalde bu yüzden dönemin Yargıtay savcılarının ifadesini almak istedi.