18 Temmuz 2008'de Akşam gazetesi, bir belge yayınlamış, Hava Harp Okulu ve Harp Akademisi bünyesinde örgütlenen "Karargâh Evleri"nden söz etmişti. Habere göre, 2005'te MİT, Karargâh Evleri'yle ilgili bir bilgiyi Genelkurmay'a iletmişti: "Hava Kuvvetleri'nde illegal örgütlenme mevcuttur. 6'sı kurmay albay, 20'den fazla subay, askeri öğrenci ve sivil memur bu yapılanmada yer almaktadır" demişti. Doğu Perinçek'in gözaltına alındığı 23 Mart 2008'de İşçi Partisi'nin binasına düzenlenen baskında, bu MİT belgesi ele geçirilmişti. "İşçi Partisi/Karargâh Evleri" başlığını taşıyan belgeye göre, İşçi Partisi ve Alevi kesimin yanı sıra bazı TSK mensupları ve sivil memurların katılımıyla, emperyalistlerle, cumhuriyet karşıtları ve yıkıcılarla mücadele amaçlı bir harekât başlatılmıştı. Karargâh Evleri adı altında çekirdek kadrolar oluşturulmuştu.
Daha sonra, Ergenekon'un 10. dalgasında yakalanan Cengiz Köylü, Karargâh Evleri oluşumunun tepe noktasında yer alıyordu.