Başkanlık sistemine ilişkin tartışmaların merkezinde yer alan önemli konulardan biri, yerel yönetimlerin siyasal ve yönetsel sistem içerisindeki biçimlenişidir. Başkanlık sistemlerinde yerel yönetimlerin nasıl şekillendirileceği konusu, Türkiye'de yüzeysel ve kategorik bir şekilde değerlendirilmekte ve başkanlık sistemini olumsuzlamak için bir söylem üretme alanı olarak kullanılmaktadır. Buna göre, başkanlık sistemi kaçınılmaz olarak federalizmi beraberinde getirmekte, böylece yerel yönetimler bağımsız hareket edebilmekte, bu ise ülkenin bölünmesine yol açmaktadır. Bu söylem, Türkiye'de son dönemdeki sözde "özyönetim" ilanları ile bütünleştirilmekte ve başkanlık sistemine ilişkin bir algı kamuoyunda inşa edilmektedir. Bu söyleme dair iki temel yanılgıdan bahsetmek mümkündür.
Bu yanılgılardan ilki, başkanlık sistemi ile federalizm arasında doğrudan bir ilişki kurulmasıdır. Dünya genelinde, ABD, Brezilya, Arjantin ve Meksika gibi başkanlık sistemine sahip federal devletler olduğu gibi, Güney Kore, Peru, Şili ve Endonezya gibi başkanlık sistemine sahip üniter devletler de mevcuttur. Veya Almanya, Kanada, Avustralya gibi parlamenter sisteme sahip federal devletler vardır.
Diğer yanılgı ise, başkanlık sistemine sahip devletlerde yerel yönetimlerin yasama ve yürütme gücüne sahip oldukları ve böylece bağımsız hareket edebilecekleridir. Bir ülkenin üniter veya federal olması, iktidarın dikey bölüşümünde ulus-altı birimlerin merkezi yönetim karşısındaki pozisyonu ve sahip olduğu özerkliğin niteliği (siyasi veya idari özerklik) üzerinde belirleyicidir. Federal devlet, siyasal nitelikli yetkilerin ulus-altı birimlere devredilmesini ve eyaletlerin kendi yasama, yürütme ve yargı düzenlerine sahip olmasını öngörürken; üniter devlet iktidarın dikey paylaşımında sadece idari desentralizasyona imkan vermekte ve o yörede sunulacak hizmetlerden sorumlu yerel yönetimlerin idari ve mali kapasitelerinin artırılmasını hedeflemektedir. Dolayısıyla, başkanlık sistemine sahip üniter devletlerde yerel yönetimler bağımsız olamaz. Hatta, genel olarak başkanlık sistemine sahip federal devletlerde bile yerel yönetimlere ait yasama, yürütme ve yargı gücünden bahsedilemez. ABD gibi federal devletlerde bu güce eyaletler sahiptir, onlar da bir yerel yönetim birimi değildir.
O halde, Türkiye'de başkanlık sistemi ve yerel yönetimler ilişkisine odaklanan tartışmalar birtakım yanılgılar etrafında yapılmaktadır. Aslolan, Türkiye'de başkanlık sistemi, yerel yönetimlerin konumu gibi meseleleri şahıs merkezli ve siyasi konumlanışlar temelinde değil, Türkiye'nin demokratikleşme projesinin bütüncül bir parçası olarak değerlendirmek ve özelde yerel yönetimlerin kaldırım taşı takıp söken birimler mi yoksa demokrasi okulları mı olacağına karar vermektir.