Cumhurbaşkanlığı sistemi kampanya süreci ilerledikçe sistemin ayrıntılarına ilişkin başlarda gerçekleşmeyen tartışmalar gündeme gelmeye başladı. Bu tartışma başlıklarından birisi de Cumhurbaşkanının TBMM seçimlerini yenileme yetkisidir. CHP lideri Kemal Kılıçdaroğlu, referanduma sunulan teklifin Cumhurbaşkanına keyfi bir şekilde TBMM'yi fesih yetkisi tanıdığını ileri sürmüştür. AK Parti ise teklif ile öngörülen yetkinin fesih yetkisi değil karşılıklı olarak kullanılan seçimlerin yenilenmesi yetkisi olduğunu belirtmiştir.
Fesih ile seçimlerin yenilenmesi, her ikisi de yasama organının seçim dönemi dolmadan önce seçime götürülmesi anlamına gelen ancak farklı yönleri de olan anayasal kurumlardır. Öncelikle fesihte Meclisin varlığına son verilmekte yani Meclisin ve milletvekillerinin görevi sona ermektedir. Bu durumda yeni Meclis seçilene kadar ülkede yasama yetkisine sahip bir Meclis bulunmamaktadır. Buna karşılık seçimlerin yenilenmesinde mevcut Meclis ve milletvekilleri yenisi seçilene kadar görevine devam etmektedir. Böylece ülke kısa bir süre için dahi Meclissiz kalmamaktadır. Parlamento hukukunda bu duruma "yasamanın istimrarı" yani yasamanın sürekliliği adı verilmektedir.
Fesih yerine seçimlerin yenilenmesi kurumunun tercih edilmesinin bir diğer nedeni, Türk parlamento tarihi tecrübesidir. I. Meşrutiyet döneminde Padişah Meclisi daha birinci yılını doldurmadan feshetmiş ve otuz yıl boyunca bir daha toplamamıştı. II. Meşrutiyet döneminde ise İttihat ve Terakki Partisi kısa bir süre içerisinde birkaç defa Meclisi seçime götürmüştü. Bu sebeplerle 1924 Anayasası'nda Cumhurbaşkanına Meclisi feshetme ya da seçimlerini yenileme yetkisi tanınmamıştı. 1961 Anayasası ise Cumhurbaşkanına Meclis seçimlerini yenileme yetkisini tanımış, ancak kullanımının gerçekleşmesini çok zor koşullara bağlamıştı. Bu sebeple ağır hükümet krizlerinin yaşandığı 1970'ler boyunca, seçimlerin yenilenmesi yoluyla halkın hakemliğine başvurarak krizleri aşmak mümkün olmamıştı. Birçok Anayasa hukukçusu ve siyaset bilimci bu yetkinin kullanılamamasının 12 Eylül Darbesi'ne giden süreci kolaylaştırdığını belirtmektedir. Bu tecrübeye dayanarak 1982 Anayasası 116. maddesinde Cumhurbaşkanının Meclis seçimlerini yenileme yetkisini kolaylaştırmıştır.
Referanduma sunulan Anayasa değişikliği Kanununun 11. maddesi ile Cumhurbaşkanının bu yetkisi, "Türkiye Büyük Millet Meclisi ve Cumhurbaşkanı seçimlerinin yenilenmesi" başlığı altında şu şekilde düzenlenmektedir:
"MADDE 116- Türkiye Büyük Millet Meclisi, üye tamsayısının beşte üç çoğunluğuyla seçimlerin yenilenmesine karar verebilir. Bu halde Türkiye Büyük Millet Meclisi genel seçimi ile Cumhurbaşkanlığı seçimi birlikte yapılır.
Cumhurbaşkanının seçimlerin yenilenmesine karar vermesi halinde, Türkiye Büyük Millet Meclisi genel seçimi ile Cumhurbaşkanlığı seçimi birlikte yapılır. Cumhurbaşkanının ikinci döneminde Meclis tarafından seçimlerin yenilenmesine karar verilmesi halinde, Cumhurbaşkanı bir defa daha aday olabilir. Seçimlerinin birlikte yenilenmesine karar verilen Meclisin ve Cumhurbaşkanının yetki ve görevleri, yeni Meclisin ve Cumhurbaşkanının göreve başlamasına kadar devam eder..."
Görüldüğü üzere teklifle Cumhurbaşkanı ve Meclise seçimleri yenileme yetkisi, karşılıklı olarak kullanılacak ve ikisini birden seçime götürecek bir yöntem olarak yer verilmiştir. Cumhurbaşkanının seçimleri yenilemesi tek taraflı bir yetki olmayıp, Cumhurbaşkanının da eş zamanlı olarak seçime gitmesine sebep olacak bir kurumdur. Cumhurbaşkanı ancak yasama ve yürütme arasında aşılamayan bir kriz çıkması halinde bu yöntemi kullanacaktır. Çünkü seçim kararının Cumhurbaşkanı için iki tür maliyeti olacaktır. Birincisi Meclis seçimlerini yenileme kararı kendi seçimini de yenilemesini gerektireceğinden, Cumhurbaşkanının seçmenin yarıdan fazlasının oyunu gerektiren zor bir seçimin tekrarını göze alması gerekecektir. İkincisi ise, Cumhurbaşkanı birinci beş yıllık görev süresi bitmeden seçime gitmiş olacaktır. Örneğin ikinci yılındaki bir Cumhurbaşkanı seçim kararı alırsa üç yıllık Cumhurbaşkanlığından mahrum kalacaktır.
Ayrıca fesih yetkisi olarak isimlendirilse dahi, yeni seçim kararının Cumhurbaşkanının kendi partisi ve milletvekilleri tarafından nasıl karşılanacağı, yaşanan krizin ve seçim kararının seçmen tarafından kime fatura edileceği gibi birçok siyasal değişken sebebiyle bu yetkinin keyfi bir şekilde ve kolayca kullanılabileceğini söylemek mümkün değildir.
Son olarak Cumhurbaşkanı ve Meclise tanınan bu karşılıklı yetki, Cumhurbaşkanlığı hükümet sisteminin Türkiye'ye özgü niteliğinden kaynaklanmaktadır. ABD'de uygulanan başkanlık sisteminde Başkanın ve Kongrenin karşılıklı olarak birbirlerinin varlığına son verme veya seçimlerini yenileme yetkisi yoktur. Çünkü orada iki kurum arasında çıkabilecek krizlerin göze alınmasını mümkün kılan bir federal sistem vardır. Bu sistemde iki kurum çatışsa ve federal devlet çalışamaz hale gelse bile, federe devletler yerel düzeyde kamu hizmetlerini sunmaya devam edeceği için vatandaşların günlük yaşamı olumsuz etkilenmeyecektir. Ayrıca ABD'deki disiplinli olmayan parti modeli krizlerin farklı parti mensubu milletvekillerinin anlaşması ile çözülmesine imkan tanımaktadır. Ancak Türkiye gibi üniter bir devlette iki temel devlet organının çatışması ve çalışamaz hale gelmeleri göze alınabilir bir ihtimal değildir. Bu durumda anayasal çözüm yolları öngörülmek zorundadır ve bu yollardan ilk akla geleni seçimdir. Böyle bir siyasal sistem ve kültür değişimi Türkiye'de şimdilik ve kısa vadede mümkün görünmemektedir. Bu sebeple etkin ve istikrarlı bir devlet yönetimini amaçlayan Cumhurbaşkanlığı sisteminde muhtemel krizlere karşı, karşılıklı seçimlerin yenilenmesi gibi bir çözüm yolu öngörülmüştür.