Hanefi Avcı'nın kitabı hâlâ tartışılıyor. İnandırıcı delil göstermeden, genel bir suçlamaya gitmesi, en çok eleştirilen konulardan biri. Avcı, bazı meslektaşlarının görevden alınmasını, "cemaate" bağlıyor ve tertip gibi sunuyor. Kitabında, "haksızlığa uğradığını" söylediği kişilerden biri de, eski İstanbul İstihbarat Şube Müdürü Ahmet İlhan Güler. Avcı'ya göre Güler, Ergenekon ile Danıştay saldırısını birbiriyle irtibatlandırmak istemedi ve daha sonra, Hrant Dink cinayeti vesile edilerek görevden alındı. Çok sayıda dinleme kaydı, bilgi ve belgeye rağmen, Hanefi Avcı, Danıştay saldırısının Ergenekon'la bir ilişkisi bulunmadığından ve Hrant Dink'i, "derin devletle" bağlantısı olmayan aşırı milliyetçi birkaç kişinin öldürdüğünden emin.
Danıştay saldırısı, 16 Mayıs 2006'da gerçekleşti. O tarihte iki tez ileri sürüldü. Bir iddiaya göre, suikastçı Alparslan Aslan, dinciydi ve şeyhi Salih Kunter ile ilişkisi vardı. (Avcı, yüzde yüz bu teze inanıyor. Hiç şüphesi yok! Oysa bilim, biraz şüpheyi icap ettirmiyor mu?) İkinci iddiaya göre, Alparslan Aslan'ı birtakım karanlık güçler kullanmıştı. Bugün Ergenekon tutuklusu olan Muzaffer Tekin'in ismi, daha o günlerde su yüzüne çıktı. Tekin, sık sık Aslan ile telefonla görüşmüştü. Adı gazetelerde yayınlanınca, bıçakla kendini öldürmeye çalıştı; Ergenekon tutuklusu Zekeriya Öztürk ile de, o sıralarda bir telefon konuşması yapmıştı. Polis bu ilişkileri tespit etti ama, ciddi bir delile ulaşamadı ve Muzaffer Tekin, kısa bir gözaltından sonra serbest bırakıldı. (Anlaşılıyor ki, tıpkı Hanefi Avcı gibi, o tarihteki İstanbul İstihbarat Şube Müdürü Ahmet İlhan Güler de, konunun Muzaffer Tekin ile ilişkisi olmadığından emindi.) Ocak 2007'de, Hrant Dink öldürüldü. Dink'i hedef alan tertiplerin daha önce hem Jandarma, hem polis tarafından bilindiği ortaya çıktı. Ogün Samast'ı azmettiren ve Yasin Hayal'i yönlendiren Erhan Tuncel'in polis muhbiri olduğu öğrenildi. Ramazan Akyürek, Trabzon Emniyet Müdürü'yken, Tuncel'i kendisine bilgi versin diye kullanmıştı. Tuncel, Yasin Hayal'in Dink'i öldüreceğini yetkililere defalarca söylemişti. Ayrıca, Yasin Hayal'in eniştesi Coşkun İğci de, benzer bilgileri, muhbirlik yaptığı Trabzon Jandarma İstihbaratı'na nakletmişti. Erhan Tuncel'in ihbarı, İstanbul İstihbarat Şube Müdürlüğü'ne ulaşmış, o sırada görevli olan Ahmet İlhan Güler, sadece adres denetimi yapmakla yetinmiş, işin derinine inmemişti. Ankara'dan gönderilen müfettişlere, bu konuda sorumluluğu olduğunu da itiraf etmişti. Dink suikastında ihmali dolayısıyla Ahmet İlhan Güler görevden alındı. Avcı ise kitabında, "Danıştay saldırısıyla Ergenekon arasında irtibat kurmadığı için bu olayı vesile yaptılar" demekte. Oysa zaman içinde Dink cinayetinde ihmali görülen birçok kişi görevden alındı. Bunların en önemlisi, Trabzon Emniyet Müdürlüğü'nden Emniyet Genel Müdürlüğü İstihbarat Daire Başkanlığı'na atanan Ramazan Akyürek'ti. Medyanın, konunun üzerine gitmesi sayesinde, "Fethullahçı" olduğu ileri sürülen Ramazan Akyürek de, İstihbarat Daire Başkanlığı'ndan uzaklaştırıldı. (Avcı'ya göre, Ahmet İlhan Güler'in ayağını Fethullahçılar kaydırmıştı. Peki ya Fethullahçı diye bilinen Ramazan Akyürek'in ayağı nasıl kaydı?)