27 Mayıs darbesi, sözde demokrasiyi getirmek için yapılmıştı. Yepyeni de bir anayasa hazırladılar. Ama hiç utanıp sıkılmadan, o çiçeği burnundaki anayasayı bir kalemde çiğnediler. Anayasa profesörü Ali Fuat Başgil, 1961'de Samsun Senatörü seçilmişti. Adalet Partisi ve Yeni Türkiye Partisi'nin oyları ile cumhurbaşkanı olacaktı. Bunun üzerine, 24 Ekim 1961'de, Genelkurmay Başkanı, Kara, Hava, Deniz, Jandarma, 1'inci, 2'nci, 3'üncü Ordu Komutanlarının hazır bulunduğu toplantıda Çankaya'da, parti genel başkanları, İnönü, Gümüşpala, Bölükbaşı ve Alican, bir protokol imzalayarak, a) Cumhurbaşkanlığına kimseyi aday göstermeyeceklerini, b) Yassıada mahkûmlarının affı konusunda teklifte bulunmayacaklarını, c) 27 Mayıs'ın orduya sağladığı haklarda bir değişiklik yapmayacaklarını hükme bağladılar. Bu protokol, Çankaya'da imzalanırken, Milli Birlik Komitesi'nin iki üyesi, Fahri Özdilek ve Sıtkı Ulay, Ali Fuat Başgil'i Başbakanlık binasına çağırdı. Senatörlükten ayrılmasının hayatı için elzem olduğunu söyleyerek istifaya zorladılar. Başgil çekildi ve darbenin lideri Cemal Gürsel tek aday olarak parlamento tarafından seçildi.
Milli Birlik Komitesi haricinde, Türk Silâhlı Kuvvetleri bünyesinde bir başka cunta oluşmuş ve 15 Ekim 1961'de yapılan seçimlerin sonuçlarının tanınmaması, TBMM toplanmadan evvel, fiilen duruma müdahale edilmesi kararlaştırılmıştı (21 Ekim Protokolü). Çankaya Protokolü, bu cunta faaliyetinin önünü kesebilmek için bulunmuş bir ara formüldü.