Bazı rektörlerin gözaltına alınması, bunun yanı sıra, Çağdaş Yaşamı Destekleme Derneği ve Çağdaş Eğitim Vakfı'nı da kapsayan tutuklama ve aramalar, Türkiye'yi gene ikiye böldü. CHP, "Yargı darbesinden" söz ederken, bazı gazeteler "Çağdaş yaşama darbe" başlıklarını öne çıkardılar.
Gözaltına alınan rektörlerle ilgili bilgiler, Ergenekon dosyası içinde yer alıyordu.
* Meselâ, Mustafa Balbay'ın günlüklerinden okuyalım. İlhan Selçuk ve Şener Eruygur konuşuyor. Eruygur, kendisine destek veren rektörleri anlatıyor: "Anıl Çeçen, Yıldırım Koç, Malatya, İstanbul, Samsun, 9 Eylül rektörleri. Onlar çok heyecanlı. Malatya filan görseniz, bu işi yarına bırakmayalım diyecek kadar heyecanlı."
Eruygur'un kastettiği, Malatya, İnönü Üniversitesi eski rektörü Fatih Hilmioğlu idi. Hilmioğlu, Cumhuriyet mitinglerine katılımı sağlamak için sınavları da ertelemiş, öğrenciler ve öğretim üyeleri rektörlüğün kiraladığı otobüslerle mitinge götürülmüşlerdi.
* İddianameden bir belge. Atatürkçü Düşünce Derneği Başkan Vekili, Uludağ Üniversitesi rektörü Mustafa Yurtkuran' ın ses kaydı. Yurtkuran, tümamiral İlker Güven (Ergenekon davasının tutuksuz sanığı) ile konuşuyor: "Sevgili komutanım, değerli paşam. Benim en büyük amiralim. Sevgiler saygılar. O rektör olursa serbest kalacağım, himmetinize gelip teslim olacağım." Yurtkuran, görevde olduğu dönemde, Şener Eruygur, Hurşit Tolon ve Veli Küçük'ü, Uludağ Üniversitesi'ne konuşmacı olarak davet etmişti.
* Gözaltına alınan bir diğer isim, Giresun Üniversitesi rektörü, Prof. Osman Metin Öztürk . Veli Küçük ile bir konuşması dinlemeye takılmıştı. "Kendimi unutturmayayım efendim. Size tekmil vereyim komutanım. Komutanım burası sizin emrinizde ve hizmetinizde. Benden ne emrederseniz her zaman emrinizdeyim, hizmetinizdeyim."
* 19 Mayıs Üniversitesi eski rektörü Ferit Bernay, Şener Eruygur ile konuşuyor: "Burada etkili olacak bir rektör arkadaşımız gene olsun ki, Karadeniz bölgesinde bu işlerde. Özel kalemiyle, şeyiyle, etki alanı yüksek oluyor. Böyle bir arkadaşa bunu devretmiş olurum.. Yani bölgenin şeyini diye düşünüyorum."
Elbette bütün bu konuşmalar, -öğretim üyelerinin demokrasiden pek nasiplerini almamış olduklarını göstermekle birlikte- bir suç unsuru oluşturmayabilir. Kararı mahkeme verecek. Ben, yukarıdaki bilgileri, sadece, "Atatürkçü bilim adamları tutuklanıyor" düşüncesine kapılanları uyarmak ve kaygılarını gidermek için kaleme aldım.

***
"Fısk ile olmaz cihan harap;
Eyler anı müdahanei aliman harap"
İzzet Molla