Cumhuriyetin ilk yıllarında dünyadaki ırkçılık akımı Türkiye'ye de tesir etmiş, kafatasları incelenmişti. Büyük mimarımızın etnik kökeninin tartışılması üzerine 1 Ağustos 1935'te Mimar Sinan'ın mezarı açılarak kafatası çıkarılmıştı. 5 Ağustos 1935 tarihli Akşam gazetesinde çıkan haber şöyledir. "Büyük Mimarın Kafatası Mezarından Çıkarıldı: Büyük Türk mimarı Sinan'ın kafatası mezarından çıkarılmıştır. Kafatası antropoloji müzesinde saklanacaktır. Kafatası üzerinde yapılan tetkikatta bunun brakisefal yani yassı yuvarlak olduğu görülmüştür. Bütün Türkler brakisefal olduklarından büyük mimarın yalnız kültür itibarile değil, ırk itibarile de Türk olduğu bir kere daha ortaya çıkmıştır".
Kafatasının kurulacak Antropoloji Müzesi'nde saklanacağı planlanmıştı. Ancak böyle bir müze kurulmadı ve büyük mimarın kafatasının akıbeti günümüzde bilinmiyor. Başbakanımız Ahmet Davutoğlu kafatasının bulunması için geçtiğimiz günlerde emir verdi. Ancak Beşir Ayvazoğlu'nun dikkati çektiği Mimar Sedat Çetintaş'ın 25 Nisan 1963 tarihli Yeni İstanbul gazetesinde yayımlanan "Koca Sinan'ın Hayatı, Sanatı, Hüviyeti ve Eserleri" başlıklı yazısında kafatasının mezarda sağlam bir şekilde bulunamadığını iddiası vardır. Çetintaş'ın yazısı şöyledir: "Büyük Milletimizin şerefli evlâtları, size şuracıkta kısaca Koca Sinan'dan bahsedeceğim: Koca Sinan'ın Kayserili bir Ermeni olduğu hakkındaki iddiaların mahiyetini tespit için rahmetli Atatürk'ümüz 1936 senesi yaz mevsiminde antropoloji tetkikatı yaptırmak üzere Tarih Kurumu namına bana Sinan'ın mezarını açtırmıştı. Emri ifa ettim. Tamamiyle kesme taştan yapılmış olan lâhtin yan tarafından toprağa girerek bir tekini çürütüp açtırdım, buradan bir tek omuzumla beraber başımı sokabildim. Ceset maalesef tamamiyle çürümüş, kafa örneğinde bir toz hâlinde toprak üstüne çökmüştü. Hava ve rutubetten çürüyor galiba ki, Bursa'da Yeşiltepe'nin kav kısmında da böyle o kadar cesetten bugün hiçbir şey kalmamıştır. Burada Sinan'ın adut denilen, omuzlardan inen kol kemiklerinin 10'ar santim boyunda birer parça ile kafatasında üç dört santim çapında bir parça bulabilmiş ve bunları kurulu idare heyeti huzurunda antropolog dostum Şevket Aziz Kansu'ya vermiştim."