Bu olaydan birkaç gün sonra İttihatçılar'ın ve meşrutiyet aleyhtarı söylemlerin yoğun propagandası altında kalan 4. Avcı Taburu'na bağlı askerler 12-13 Nisan gecesi (31 Mart 1325) şeriat talebiyle ayaklanarak subaylarını hapsettiler. İstanbul'da bulunan 5, 6 ve 7. Nizâmiye askerleriyle Beyoğlu Topçu alayındaki askerleri de yanlarına alarak Ayasofya Meydanı'na geldiler ve Meclis-i Meb'ûsan önünde toplandılar. Ellerinde beyaz, yeşil ve kırmızı bayraklar bulunan 3-4000 civarındaki isyancılara başta Volkan gazetesi sahibi Derviş Vahdetî olmak üzere on gün kadar önce kurulduğu ilân edilen İttihâd-ı Muhammedî Cemiyeti üyeleriyle Beyazıt ve Fâtih medreselerinin bazı talebeleri de katıldı. İsyancılara direnen ya da yaptıklarının yanlış olduğunu söyleyen asker ve ilmiye mensubu bazı kişiler öldürüldü.
İstanbul'daki şiddetin yanı sıra eyaletlerde ve özellikle Balkanlar'da büyük bir kargaşaya sebep olan 31 Mart olayları on bir gün sürdü. İşgal edilen Meclis-i Meb'ûsan'da ifade edildiği üzere isyancıların başlıca talepleri hükümetin istifası, Kâmil Paşa'nın sadârete, İsmâil Kemal'in Meclis-i Meb'ûsan reisliğine getirilmesi, İttihatçı subayların değiştirilmesi ve ordudan tasfiye edilen alaylı subayların geri dönmesi, İttihat ve Terakkî'nin ilgası (Sax, II, 570), şeriat hükümlerinin tamamen uygulanması ve hadiselere katılanlar için af ilân edilmesi gibi hususlardı. Meclisin karar alacak çoğunluğu bulunmadığı halde isyancıların silâh tehdidi altında bu taleplerin kabul edildiğine dair Mebusan Beyannâmesi ilân edildi. Bir telgrafla saraya bildirilen karar padişah tarafından onaylandı.
Sadrazam aynı gün öğleden sonra istifa etti. Bu arada bilgi vermek için saraya gitmekte olan Adliye Nâzırı Nâzım Bey muhtemelen yanlışlıkla öldürüldü. İsyancılar tarafından sayıları 100'e varan öldürülenler arasında Lazkiye mebusu Emîr Arslan ve Âsâr-ı Tevfik zırhlısı kumandanı binbaşı Ali Kabûlî Bey de bulunuyordu. Yıldız Sarayı'nı bombalamak planıyla itham edilen Ali Kabûlî Bey, Yıldız Sarayı'nda II. Abdülhamid'in gözleri önünde katledildi. İsyanın ikinci gününde Hariciye Nâzırı Ahmed Tevfik Paşa sadrazam oldu. Ahrar Fırkası mensupları isyanın meşrutiyet karşıtı ve Abdülhamid yanlısı bir görünüm kazanmaması için çalıştılar. Cem'iyyet-i İlmiyye-i İslâmiyye adı altında birleşen ulemâ ise isyanı desteklemediğini ilân etti.
İttihat ve Terakkî Cemiyeti'nin ileri gelenleri saklandı veya İstanbul'dan uzaklaştı; ancak eyaletlerde ve özellikle Makedonya'da duruma hâkim vaziyetteydiler. Meşrutiyetin korunması için hemen asker toplayıp İstanbul'a yürünmesi kararlaştırıldı. İkinci ve Üçüncü Ordu'nun askerlerinden oluşan ve adına "Hareket Ordusu" denilen öncü birlikler 19 Nisan'da trenle Yeşilköy'e geldi. Hareket Ordusu kumandanı Hüseyin Hüsnü Paşa ertesi gün Hadımköy'e, 22 Nisan'da da kumandayı devralacak olan Mahmud Şevket Paşa Yeşilköy'e ulaştı. Bunun üzerine Meclis-i Meb'ûsan 22 Nisan'da Yeşilköy'e gelerek toplantı yaptı. 24 Nisan'da Hareket Ordusu şehrin hâkimiyetini tamamen ele geçirdi. Maçka Kışlası'na sığınmış olan bazı isyancıların kısa süreli karşı koyması ve yer yer vuku bulan çatışmalar dışında ciddi bir direniş olmadı. Buna rağmen birkaç yüz kişi öldürüldü. İttihatçılar tekrar İstanbul'a döndüler. Ardından oluşturulan örfî idare mahkemesi Derviş Vahdetî dahil pek çok kişiyi meydanlarda kurulan darağaçlarında idam ettirdi. Tutuklanan bazı Ahrar Fırkası mensupları İngiltere'nin müdahalesiyle serbest bırakıldı. Olaylardan padişahı da sorumlu tutan meclis 27 Nisan'da II. Abdülhamid'i tahttan indirdi ve Mehmed Reşad'ı tahta geçirdi. II. Abdülhamid hadisede dahlinin bulunup bulunmadığının araştırılması için tahkikat talebinde bulunduysa da kabul edilmedi. Bu hususla ilgili olarak Said Paşa'nın, "Temize çıkarsa halimiz nice olur" dediği kaydedilir.
Olaylar hakkında gerek bizzat görgü tanıklarının yazıları ve hâtıratları gerekse dönemin diğer kaynakları değerlendirildiğinde ayaklanmaya pek çok sebebin yol açmış olduğu ortaya çıkar. Genel olarak bunlar orduda baş gösteren aşırı siyasallaşma, subaylar arasında yaşanan alaylı-mektepli çatışması ve alaylıların tasfiye edilmesi, II. Abdülhamid döneminin kadrolarının eski imtiyaz ve itibarlarını kaybetmeleri, bürokraside geniş çaplı bir tensîkat ve tasfiyeye gidilerek İttihatçılar'ın kendi kadrolarını iş başına getirmeleri, ilmiye mensuplarının tayin ve terfilerinde imtihan usulünün gündeme getirilmesi, İttihat ve Terakkî ile Ahrar Fırkası mensuplarının iktidarı ele geçirme mücadeleleri, İttihatçılar'ın, muhaliflerine hayat hakkı tanımayan baskıcı davranışları ve suikastlar, İttihatçılar'ın kozmopolit yapıları, masonlukla suçlanmaları ve dine ve dinî geleneğe karşı tavırlarından duyulan rahatsızlıklar gibi gelişmelerdir. Ancak olayları planlayan ve isyanı başlatanların kimler olduğu sorusu henüz tam olarak açıklığa kavuşmamıştır. İngilizler'in rolünün bulunduğuna dair bazı hâtırattaki iddialara karşılık olaylar sırasında İstanbul'daki İngiliz büyükelçilik mensuplarından Londra'ya gönderilen raporlar bunu desteklememektedir.
Elmalılı Muhammed Hamdi, Şehbenderzade Ahmed Hilmi, Manastırlı İsmâil Hakkı, Tâhirülmevlevî, Mehmed Âkif gibi dönemin önde gelen "İslâmcı" ilim ve fikir adamları, yaşananların İslâm açısından kabul edilmesinin mümkün olmadığını ve meşrutiyetten vazgeçilemeyeceğini açıkça ilân ederken İttihat ve Terakkî mensupları bunun irticaî bir ayaklanma olduğunu söyleyerek sorumluluğu doğrudan II. Abdülhamid'e ve İttihâd-ı Muhammedî Cemiyeti'ne yüklediler. Padişahın ise dikkatli hareket ettiği, isyancıları desteklememekle beraber olaylara seyirci kaldığı, Hareket Ordusu'na direniş gösterilmemesini istediği ve yaşananlardan son derece rahatsız olduğu ortadadır. Genel kanaat, İttihatçılar'ın iktidara mutlak hâkim olma ve daha önce başaramadıkları II. Abdülhamid'den kurtulma arzularının tahakkuku için böyle bir siyaset benimsedikleri şeklindedir. Olaya damgasını vuran irticaî ayaklanma nitelemesi ise zamanın gerek İttihatçı gerekse İslâmcı literatüründe istibdat devrini geri getirme arzusunun bir aracı olarak görülmüştür. Böyle olmakla beraber yakın tarihimizde 31 Mart Vak'ası'nın irticaî vechesi bizzat kendisinden daha önemli olarak öne çıkartılmış ve günümüze kadar devam eden birtakım siyasal, sosyal, dinî ve kültürel politikalara tarihsel kanıt vazifesi görmüştür. Kesin olan, İttihatçılar'ın irtica ithamıyla hem muhalefetten hem de II. Abdülhamid'den kurtuldukları ve iktidarı tamamen ele geçirmiş olduklarıdır. Böylece olayların hemen ardından çıkardıkları kanunlarla devleti bilhassa mülkî, adlî ve askerî teşkilâtlanmasında yer tutan eski dönemin bütün bakiyelerinden temizlemişler ve imparatorluğun sonunu getiren vahim gelişmelerin ağır siyasî sorumluluğunu tek başlarına üstlenmişlerdir.
Kaynak: TÜRKİYE DİYANET VAKFI İSLAM ANSİKLOPEDİSİ