İstanbul'un Haliç'e bakan yamacında, Çarşamba ile Draman arasında bulunmaktadır. İlk yapıldığında Meryem adına kurulmuş olan Teotokostis Pammakaristos Manastırı'nın kilisesiydi. Evvelce aynı yerde bir kilise bulunduğu burada önceleri mevcut olan bir kitâbeden anlaşılıyordu. Bugün ortada olmayan bu kitâbe, burayı Ioannes Komnenos ile karısı Anna Dukaina'nın yaptırdıklarını bildiriyordu. Ancak adı geçen kişinin İmparator II. Ioannes Komnenos ile (1118-1143) aynı şahıs olması, bu hükümdarın karısının adının Eirene olmasından dolayı mümkün görülmemektedir. Bunun yerine bâninin 1067'de ölen saray mâbeyincisi Ioannes Komnenos olduğu da ileri sürülmüştür. Ancak bu kişinin karısı Dukas soyundan Anna Dalassena'dır. Bugün görülen kilise, Latin işgalinin (1204-1261) arkasından XIII. yüzyıl sonlarında Bizans sarayı ileri gelenlerinden Mikhail Glabas Tarkaniotes tarafından inşa ettirilmiştir. Bu hususu doğrulayan ve çağın şairlerinden Manuel Philes (ö. 1346) tarafından yazılan manzum kitâbe, binanın cephesini süsleyen bir silme üzerine işlenmiş olarak görülmektedir. Ancak bu kitâbe esas binaya bitişik mezar şapelinin güney cephesindedir. Buna göre büyük binanın, Latin işgali sırasında harap bir hale gelmesinin ardından Mikhail Glabas Tarkaniotes tarafından yeniden yaptırılarak ihya edildiği ve az sonra da 1315'e doğru güney tarafına Mikhail Glabas'ın eşinin bir mezar şapeli inşa ettirdiği anlaşılmaktadır. Mikhail Glabas Tarkaniotes manastır ve kiliseyi 1293'ten önce tamamlamış olmalıdır. Çünkü rahip Kosmas bu manastırın başı olarak tayin edilmiş ve 1294'te patrik olmuştur.
İstanbul'un fethinden sonra Fâtih Sultan Mehmed'in Ortodokslar'ın başına patrik olarak tayin ettiği II. Gennadios Skolarius, önce Fâtih Camii yerindeki On İki Havâri (Hagioi Apostoloi) Kilisesi'ne yerleşmişken 1455'te buradan o sıralarda kadınlar manastırı olan T. Pammakaristos Manastırı'na geçmeyi istemiş ve Fâtih Sultan Mehmed'in fermanıyla patrikhâne buraya taşınmıştır. Burada yaşayan rahibeler de hemen yakınındaki Ioannes Prodromos Manastırı'na geçmişlerdir. Pammakaristos Manastırı ve Kilisesi yaklaşık bir buçuk asır patriklik merkezi vazifesi görmüş, hatta bu arada bizzat Fâtih burayı ziyaret ederek Gennadios ile Hıristiyanlık üzerine ünlü tartışmasını yapmıştır ki bu konuşmanın metni "Gennadios itikadnâmesi" olarak tanınmıştır. Pammakaristos Manastırı'na patrikhâne olduğu yıllarda 1490'a doğru Türkler tarafından el konulmak istenmişse de bu girişim önlenmiştir. Yavuz Sultan Selim döneminde despot Tomas'ın torunu Ioannes Palaiologos buraya gömülmüştür. Bir elçilik heyetiyle İstanbul'a gelen Stephan Gerlach henüz patrikhâne olduğu sırada burayı ziyaret ederek gördüklerini 7 Mart 1578 tarihli mektubu ile Martin Crusius'a yazmıştır. Manastır ve kilisenin o yıllardaki görünümü Turcograecia adlı kitapta anlatıldığı gibi resmi de tahta oyma gravür olarak aynı yıllarda İstanbul'a gelen elçilik papazı Salomon Schweigger'in seyahatnâmesinde yayımlanmıştır. Burada etrafı bir duvarla çevrilmiş ağaçlı bir düzlükte kilise ile manastırın yapıları gösterilmiştir. Rumlar'ın çeşitli yapılardan topladıkları kutsal kalıntılar da (reliques) patrikhâne olarak kullanıldığı süre içinde buraya taşınmıştır.
III. Murad döneminde (1574-1595) artık çevresi Türk mahalleleriyle sarılan Pammakaristos Kilisesi, Gürcistan ve Azerbaycan'ın fethi hâtırası olarak Fethiye Camii adıyla 1590'a doğru camiye dönüştürülünce patrikhâne önce Aya Dimitri Kilisesi'ne, 1612'de de şimdiki yerindeki Aya Yorgi (Hagios Georgios) Kilisesi'ne taşınmıştır. Cami yapıldığında apsis kısmı yıkılarak buraya bir mihrabın içinde yer aldığı kubbeli bir mekân eklenmiş, esas bina ile yandaki ek binada bulunan sütunlar kaldırılarak kubbeler ve tonozlar büyük kemerlerle desteklenmiştir. Kilise cami haline getirildiğinde avlunun batı tarafında, Yemen fâtihi olarak tanınan Sadrazam Koca Sinan Paşa bir medrese inşa ettirmiştir. Sinan'ın eserlerinin adlarını veren tezkirelerde, yeri belirtilmeksizin bir Sinan Paşa medresesinden söz edilmektedir. Ancak bunun Fethiye Camii yanındaki değil Beşiktaş'ta Kaptanıderyâ Sinan Paşa Camii'nin avlusunu saran medrese olduğu anlaşılmaktadır. Avluyu "U" biçiminde saran bu medrese ile Fethiye Camii XVI. yüzyıl mimarisinde avlusu medreseli camiler tipinin bir örneği olmuştur. Cami iki tarafa kapısı olan bu avlu duvarı içine alınmış, sağ tarafına taş bir minare yapıldıktan başka batı ve güney tarafına Türk mimari üslûbunda kemerli kapılar açılmıştır. 1051'deki (1641) Balatkapısı yangınında alevler Fethiye Camii'ne de ulaşarak tahribat yapmıştır.
Fethiye Camii, güney cephesinde kapı üstündeki kitâbeden anlaşıldığına göre 1262'de (1846) bir tamir görmüş, barok üslûpta olan minare de büyük ihtimalle bu onarımda yenilenmiştir. XIX. yüzyıl sonlarında medresenin üstüne Mimar Kemâleddin Bey'in çizdiği projeye göre bir ilkokul inşa edilmiş, avlu duvarları kaldırılarak külliyenin bütünlüğü yok edilmiştir. 1936-1938 yıllarında Fethiye Camii Vakıflar İdaresi tarafından yeniden restore edilmiş, güney tarafına tonozların üstüne oturtulan ahşap meşruta ile buraya çıkışı sağlayan geniş dış merdiven kaldırılmış, fakat anlaşılmaz bir sebeple müzeler idaresine devredilerek uzun yıllar sahipsiz ve bakımsız bırakılmıştır. Hatta bu yıllarda kubbe kurşunlarını hırsızlardan korumak için caminin kubbelerinde bir kurt köpeğinin beslenmesi ilgi çekici bir olay olarak zikre değer.
Fethiye Camii çevrenin başvuruları üzerine 1960'lı yıllarda yeniden ibadete açılmıştır. Bu sırada yanındaki ek mezar şapeli, Amerikan Bizans Enstitüsü tarafından içindeki bütün mozaik ve freskolar açığa çıkarılıp restore edilmiş, ayrıca Türk döneminde yapılan kemer sökülüp eskiden var oldukları bilinen sütunların yerlerine yenileri yapılarak şapel orijinal şekline dönüştürülmüştür. Bugün esas bina cami olarak kullanılırken arada bir bölme ile ayrılan ek şapel müzeler idaresine bağlı ve ziyarete açıktır.
Fethiye Camii olan eski Bizans kilisesi, altındaki daha eski bir döneme işaret eden, bazıları pâye haline getirilmiş on altı sütunlu sarnıç istisna edilecek olursa üst yapısı bakımından dört döneme işaret eder. Esas kilise olarak XIII. yüzyıl sonlarında inşa edilen ana yapı, örnekleri ancak son dönem Bizans mimarisinde ortaya çıkan, orta mekânını üç tarafından "U" biçiminde koridorların sardığı "dehlizli tipte" olan kiliselerdendir. Ortadaki kubbeli mekânı bu dehlizlerden ayıran çifte sütunlar Türk döneminde kaldırılarak aynı tipte olan Fenârî Îsâ Camii güney binasında olduğu gibi üst yapı eksen paralelinde iki kemere bindirilmiştir. Bu sütunların varlığını gösteren kaideler bina harap halde iken görülüyordu. Binanın doğusundaki ana ve yan apsisler Türk döneminde yıkılarak yerlerine şevli biçimde üstü kubbeli bir mekân yapılmış olup bunun yan duvarında mihrap bulunmaktadır. Ana binanın orta mekânı pencereli kare bir kitle halinde yükselir. Bunun üstünde Bizans mimarisinin tipik kubbesi bulunur. Dalgalı saçağı, kademeli kemerler içindeki pencereleriyle kubbe XIII-XIV. yüzyılların mimari özelliğine sahiptir.
Mikhail Glabas'ın karısı Maria'nın XIV. asrın ilk yıllarında ana binanın güney cephesine bitişik olarak yaptırdığı mezar şapeli dört sütunlu haç planına göre inşa edilmiştir. Bunun üzerinde döneminin üslûbuna uygun görünüşte kubbeler vardır. Bir Bizans kilisesinin bütün mimari elemanlarına sahip olan bu ek şapelin en ilgi çekici tarafı, dış yüzeylerini süsleyen taş ve tuğlalardan oluşan bezemelerdir. Ayrıca bu binanın güney cephesindeki mermer silme üzerinde M. Philes'in manzum yazısı işlenmiş olduktan başka aynı cephede tuğlalardan yapılmış bir yazı frizi daha vardır. Bu mezar kilisesinin kubbesinin içini bir Pantokrator (kâinatın hâkimi) Îsâ ile etrafında Tevrat peygamberleri mozaikleri süsler. Burası cami olduğunda da mozaikler kapatılmamış olarak açıkta görülebiliyordu. Apsis bölümünde, mahşer günü insanlığa yardımcı olması için Meryem ve Ioannes'i Îsâ'nın iki yanında tasvir eden bir mozaik bulunmuş, ayrıca kemer ve tonozlarda bir kısım azizlerin resimleri meydana çıkarılmıştır. Bazı ücra yerlerde ise pahalı bir teknik olan mozaik yerine daha kolay ve ucuz olan fresko resimlerin yapıldığı dikkati çeker. Üçüncü devrede, birbirine bitişik bu iki yapıyı dıştan ve üç taraftan saran bir dış dehliz inşa edilmiştir. Taş ve tuğladan oluşan karma teknikte yapılan bu ek mimari bakımdan dikkate değer bir özellik göstermez. Dördüncü ek ise Türk döneminde yapılan kubbeli mihrap mekânıdır. Kilise camiye dönüştürüldüğünde içine mermerden işlenmiş şebekeli bir minber konulmuştur.
Caminin etrafında evvelce iki tarafa kapısı olan taştan bir avlu duvarı bulunuyordu. Bu kapılardan bugün yalnız biri durmaktadır. Duvar ise hemen hemen yok olmuş, cami avlusu da önündeki medresenin yerine yapılan ilkokulun oyun alanı olmuştur. Dış kapı üstünde bulunan ve Nevşehirli Damad İbrâhim Paşa'nın damadı Kethüdâ Mehmed Bey'in vakfı olan mektepten de bugün bir iz yoktur.
Kaynak: Türkiye Diyanet Vakfı İslam Ansiklopedisi