Fatih ile Çapa semtleri arasındaki Yenibahçe vadisinde Vatan caddesi kenarında bulunmaktadır. Geç Roma çağına ait bir mezarlık arazisi üzerinde, İmparator VI. Leon döneminde donanma kumandanı Konstantinos Lips tarafından kurulan manastırın kilisesi olarak inşa edilmiştir. Manastır Moni tu Libos olarak adlandırılmış ve imparatorun da katıldığı açılış töreni 907 Haziranında yapılmıştır. XIX. yüzyılda İstanbul'un Bizans dönemi eski eserleri üzerinde çalışma yapanlar, bu manastırın Fâtih Camii yerinde olan On İki Havâri (Hagioi Apostoloi) Kilisesi'ne yakın olduğunu göz önünde tutarak, Fâtih Külliyesi'nin dârüşşifâsının sonraları Demirciler Mescidi olarak adlandırılan mescidinin Libos (Lips) Manastırı kiliselerinin kalıntısı olduğunu sanmışlardır. Türk araştırmacıları tarafından da benimsenen bu görüşün doğru olmadığı ve Libos Manastırı ile kilisesinin Fenârî Îsâ Camii ile aynı yapı olduğu anlaşılmıştır. Kilise Hz. Meryem'e (Theotokos) sunulmuştu. Binanın dışındaki bir silme üzerinde bulunan kitâbede bu dinî yapının "lekesiz" Meryem'e (panakrantos) ithaf edildiği okunduğundan bu defa yine yanlış teşhis yapılarak bazı Bizans kaynaklarında adı geçen Panakhrantos Kilisesi ve Manastırı'nın burası olduğu sanılmış, fakat bu kelimenin sadece sıfat olarak kullanıldığı ve gerçek Panakhrantos Kilisesi'nin Ahırkapı çevresinde bulunduğu ispatlanmıştır. Sonuç olarak Libos Manastırı Kilisesi'nin Fenârî Îsâ Camii'ne çevrildiği kesinlik kazanmıştır.
Manastırın uzun tarihî geçmişi hakkında bilgi yoktur. Bu dönemde kilise, bugün görülen binanın kuzeyinde bulunan kısmından ibaretti. IV. Haçlı Seferi'ne katılan Latinler'in İstanbul'u işgal etmelerinin arkasından şehrin VIII. Mikhail Palaiologos tarafından geri alınıp Bizans İmparatorluğu ihya edildiğinde manastırın yeniden önem kazandığı görülür. VIII. Mikhail'in ölümünden (1282) sonra eşi İmparatoriçe Theodora, önceki kilisenin güney tarafına bitişik olarak Ioannes Prodromos'un adına ikinci bir kilise yaptırarak manastırı da ihya ettirmiştir. Kilise Palaiologos sülâlesinin mezarları için tasarlanmıştı. İmparatoriçenin annesiyle 1295'te ölen kızı Evdokia'dan başka 4 Mart 1303'te bizzat Theodora, arkasından oğlu Konstantinos 5 Mayıs 1306'da buraya gömülmüşler, III. Andronikos'un 16 Ağustos 1324'te ölen eşi Irene ve İmparator II. Andronikos da 13 Şubat 1332'de Libos Manastırı Kilisesi'ne defnedilmişlerdir. 1417 yazında ise VIII. Ioannes Palaiologos'un eşi Rus asıllı Anna da buraya gömülmüştür. Kilisenin batı ve güney tarafını "L" biçiminde saran bir ek bina XIV. yüzyılda inşa edilmiş, böylece bina bir defa daha büyütülmüştür. Son Bizans döneminde şehrin önemli dinî merkezlerinden olan manastır, Hz. Meryem'in doğum günü yortusunda bütün saray erkânının toplandığı bir mâbed olmuştur. İmparatoriçe Theodora'nın manastır idaresi için bir çeşit vakfiye olarak hazırlattığı yönetmelik (typikon) eksik halde olmakla beraber günümüze kadar gelmiştir. Bu belgeden, rahibelerin yaşadıkları manastırın kadrosu hakkında etraflı bilgi edinilmektedir. Makedonya, Silivri, İzmir, İzmit ve Üsküdar dolaylarında arazileri bulunan manastırda bir de on beş yataklı küçük bir hastahane vardı. Libos Manastırı ve Kilisesi şehrin fethine kadar kullanılmıştır.
Hıristiyanların bu dinî tesisi ne zaman boşalttıkları kesin olarak belli değilse de II. Bayezid döneminde şehirdeki terkedilmiş Bizans kiliselerinin "şenlendirilmesi" sırasında burasının Fenârîzâdeler'den Kazasker Alâeddin Ali Efendi tarafından XV. yüzyıl sonlarında mescide çevrildiği bilinmektedir. Bu sırada manastır da zâviyeye dönüştürülmüştür. Ramazan 927 (Ağustos 1521) tarihli vakfiyesinde yıllık gelirinin 30.000 akçe olduğu gösterilir. Bu kayıtta ayrıca manastır odalarının bir kısmının harap durumda olduğu da belirtilmiştir. Evvelce, caminin bulunduğu Yenibahçe vadisindeki bu yer Halıcılar Köşkü olarak tanınıyordu ve buradan eskiden Lykos, Türk döneminde ise Bayrampaşa deresi denilen akarsu geçiyordu. İstanbul'un beşte birini yok eden 1633 yangınında mescid yanmış ve herhalde mimari bakımdan da zarar görmüş olmalı ki burası Sadrazam Bayram Paşa tarafından felâketi takip eden yıllarda önemli ölçüde tamir ettirilip minber de koydurularak camiye çevrilmiştir. Manastır hücrelerinden kalanlarla caminin bir kanadı ise XVII. yüzyıl sonlarında tekke olmuştur. Hadîkatü'l-cevâmi'den öğrenildiğine göre, mescidin imamı olan Şeyh Îsâ el-Mahvî manastır hücrelerini Halvetî Zâviyesi yapmıştı. Dolayısıyla mâbedin adı da Fenârî Îsâ şeklini almıştır. Şeyh Îsâ Efendi seksen yaşlarında hacca giderken Şam'da 1127'de (1715) vefat ettiğine göre zâviyenin Halvetî Tekkesi'ne dönüştürülmesi XVII. yüzyılın sonlarında olmuştur. 1196 Ramazanında (Ağustos 1782) Cibali'den başlayarak Marmara kıyısına kadar uzanan yangında yakınındaki Yeniçeri Kışlası (Yeni Odalar) yandığına göre Fenârî Îsâ Camii'nin de kurtulmuş olabileceğine ihtimal verilemez. Hadîkatü'l-cevâmi'in bir yazma nüshasına eklenen nottan, uzun süre harap kalan mescidin 1247'de (1831-32) Mihrişah Vâlide Sultan Vakfı mülhakatından olduğu için padişah iradesiyle tamir ve ihya edildiği öğrenilmektedir.
İyi ve bakımlı durumda I. Dünya Savaşı yıllarına kadar gelen Fenârî Îsâ Camii 1918'deki büyük Fatih yangınında bir defa daha yanmış, memleketin içinde bulunduğu sıkıntılı yıllarda tamir edilemediğinden kırk yıl harabe halinde kalmıştır. Bu yıllarda içinde çok çirkin şeyler yapılmış, bir ara atların kaçak olarak kesildiği mezbaha olmuş, sonunda teneke evlerden oluşan küçük bir mahalle caminin içine yerleşmiştir. Nihayet 1960'ta yapılan ciddi bir restorasyon sonunda Fenârî Îsâ Camii ihya edilerek tekrar ibadete açılmıştır. Fakat bu arada, 1636'da yapılan, motifleri üç renkli malakârî süslemelere sahip mihraptan kalan parçalar bütünüyle yok edilmiştir. 1942'de yıktırılan tuğla minaresi de 1970'li yıllarda yeniden yaptırılmıştır.
Fenârî Îsâ Camii, ayrı dönemlere ait birbirine bitişik üç bölümden oluşur. En kuzeydeki en eski yapı, bir holü (narteks) takip eden esas mekânı dört sütunlu "kapalı Yunan haçı" biçimindedir. 1633 yangınından sonra yapılan tamirde bu sütunlar herhalde çatladığından kaldırılıp binanın üst yapısını destekleyen kesme taştan ana eksene paralel iki büyük kemer inşa edilmiştir. 1918 yangınının ardından bu sütunların kaideleri meydana çıkmıştır. Dışarı taşkın esas apsisin iki yanında, yonca yaprağı biçiminde küçük mekânlar halinde bir çift "pastoforion" hücresi bulunur. Evvelce holün güney tarafında olan ahşap bir merdivenden kubbenin dışına çıkılıyordu. Burada hiçbir Bizans kilisesinde rastlanmayan bir özellik olarak kubbenin dört tarafında dört küçük şapel vardır. 1929'da yapılan arkeolojik incelemede bunlardan birinde kilise terkedilirken bırakılmış Aya Evdokia ikonası bulunmuş ve Arkeoloji Müzesi'nde muhafaza altına alınmıştır. Gerek kuzey gerekse güney kiliselerinin kubbeleri eski ölçüleri üzerine, kasnaklarındaki pencerelerin biçimlerinden anlaşıldığına göre 1831-1832'deki onarımda yapılmıştır. Yapının kuzeye bakan duvarı da 1960'ta bütünüyle yenilenmiştir. Kuzey kilisesinin apsis çıkıntılarının üstünde dolaşan mermer silmede kilisenin Hz. Meryem'e sunulduğunu bildiren Grekçe kitâbe yer almaktadır. Bu bölümde mermer üzerine taş işçiliği bakımından itinalı surette yapılmış mimari organlar (başlık, silme, kubbe eteği silmesi) vardır. Yangınlarda büyük kısmı parçalanan bu bezemede çift başlı kartal kabartmaları dikkati çeker.
XVIII. yüzyıl sonlarında öncekine bitişik olarak inşa edilen güney kilisesinde yine bir dış holü takip eden ana mekân, örneklerine ancak son Bizans döneminde rastlanan "dehlizli tip" denilen sisteme göre yapılmıştır. Kare bir kitle halinde yükselen orta mekânın üstünü, kuzey kilisesindeki gibi 1831-1832'deki kasnak biçimi değiştirilmiş kubbe örter. Burada da orta mekânı "U" biçiminde saran dehlizlerden ayıran sütunlar kaldırılarak iki büyük tuğla kemerle üst yapı desteklenmiştir. Güney kilisesinin dış doğu cephesi, XIII-XV. yüzyıllar Bizans sanatında çok sevilen tuğla bezemelerle süslenmiştir. Bu bölümün bir duvarında pek az mozaik kalıntısı da bulunmuştur.
Her iki binayı batı ve güneyden "L" biçiminde saran ve XIV. yüzyıl içinde eklenen koridorlar (parekklesion) mimari bakımdan fazla bir özelliğe sahip değildir. İki binanın döşemeleri altına yerleştirilen lahitler gibi bunun da bir kısmında mezarlar vardı. Toplam sayıları yirmi iki olan bu mermer lahitler binanın sahipsiz kaldığı 1930-1960 yılları arasında parçalanmıştır. Bir söylentiye göre binanın altında bir de mahzen bulunmaktadır.
Eski fotoğraflardan anlaşıldığına göre caminin etrafında bir avlu duvarı olmadığı gibi bir şadırvanı da yoktu. Etrafında eskiden bir hazîre bulunduğunu belli edecek bir ize de rastlanmamıştır. Halkın Molla Fenârî veya Kilise Camii olarak adlandırdığı Fenârî Îsâ Camii'nin, Türk dönemine ait minberini, yazılarını ve gerçekten çok değerli olan malakârî mihrabını kaybetmiş olmakla beraber yeniden ibadete açılmış olması sevindirici bir durumdur.
Kaynak: Türkiye Diyanet Vakfı İslam Ansiklopedisi