İstanbul'da doğdu. Doğum tarihi bilinmemektedir. Ağakapısı mektebinde hocalık yaptığı için Ağakapılı lakabıyla tanındı. Babasının adı Ali olduğundan yazılarına genellikle İsmâil b. Ali şeklinde imza atmıştır. Aklâm-ı sitteyi Büyük Derviş Ali'den öğrendi ve ondan icâzet aldı. Şeyh Hamdullah vadisinde mükemmel eserler veren Ağakapılı kırktan fazla mushaf-ı şerif ile çok sayıda en'âm-ı şerif ve kıta yazmıştır. Hâfız Osman'ın Sünbül Efendi Dergâhı hazîresindeki mezar kitâbesini de yazan Ağakapılı, "Hüsnühattı biz bildik, Osman Efendi'miz yazdı" sözüyle, çağdaşları arasında en çok Hâfız Osman'ı beğendiğini ifade etmiştir. Ölümünde bu kitâbe, isim ve tarih değiştirilerek, Kasımpaşa'da bugün yok olan Tersane (Zindan) arkasında Darıderesi Mezarlığı'ndaki kabir taşına hakkedilmiştir.
Yetiştirdiği talebeleri arasında en meşhuru, "İkinci" veya "İmam" lakaplarıyla Büyük Derviş Ali'den ayırt edilen Anbârîzâde Derviş Ali'dir. Kaynaklarda, Ağakapılı'nın ancak seksen yaşına vardığında ellerine titreme geldiği kaydedildiğine göre, uzun bir ömür sürmüş olmalıdır. Onun celî-sülüsle yazdığı bir başka eser de, sonraki celî anlayışına göre pek iptidai kalan Fatih'te Şeyhülislâm Feyzullah Efendi Medrese ve Kütüphanesi'nin (bugünkü Millet Kütüphanesi) kitâbeleridir. Ağakapılı'nın vefatına Müstakimzâde Sâdeddin Efendi'nin düşürdüğü tarih mısraı şöyledir: "Oldu İsmâîl Efendi hâce-i me'vâ meded" (1118).
Kaynak: Türkiye Diyanet Vakfı İslam Ansiklopedisi