11 yıl Beşiktaş'ın formasını giydi, kaptanlık yaptı. 334 lig maçında 7 gol atan Samet Aybaba, 1988 Temmuz ayında jübile ile futbolu bıraktı. Beşiktaş'ta 2 Lig, 1 Cumhurbaşkanlığı, 1 Başbakanlık, 2 TSYD Kupası Şampiyonluğu yaşadı. A Milli Takım'da oynama şansını bir türlü yakalayamayan Aybaba, 8 kez Ümit, 17 kez de genç olmak üzere toplam 25 defa milli formayı giymiştir.

Futbolu bıraktıktan sonra teknik direktörlük mesleğini seçti. İlk önce Beşiktaş'ta Gordon Milne'in yardımcılığı için düşünülse de bu gerçekleşmedi. 1990-91 sezonu için Ankaragücü'nün başına geçerek ilk teknik direktörlük deneyimini yaşadı.

Aybaba teknik direktörlük kariyeri boyunca şu takımları çalıştırdı:
Ankaragücü (1990-1992, 1997-199), Kayserispor (1993-1994, 1996-1997), Adana Demirspor (1994-1995), Vanspor (1999-2000), Gençlerbirliği (2000-2001, 2008-2009)), Gaziantepspor (2001-2002, 2006-2007), Trabzonspor (2002-2004), Ankaraspor (2004-2005), Çaykur Rizespor (2007), Bursaspor (2007-2008), Bucaspor (2010-2011), Beşiktaş (2012 - 2013)

Samet Aybaba 2012-2013 sezonunun başında Beşiktaş ile 2 yılı opsiyonlu olmak üzere 4 yıllık sözleşmeye imza attı. Spor Toto Süper Lig'i 3. sırada tamamlayan Aybaba ile Beşiktaş'ın yolları sezon sonunda ayrıldı.

Aybaba teknik direktörlük kariyerinde 3 önemli kupa bulunuyor. Tecrübeli teknik adam 2001 yılında Gençlerbirliği, 2003 yılında ise Trabzonspor'un başındayken Türkiye Kupasını kazandı. 1991 yılında Ankaragücü'nü çalıştırırken ise Başbakanlık Kupası'na sahip oldu.