15 Temmuz 2016 FETÖ darbe girişiminden itibaren çeşitli aralıklarla gündeme gelen FETÖ'nün siyasi ayağı tartışması tekrar gündemdeki yerini aldı. CHP'nin Ocak ayında TBMM'ye sunduğu önergeyle yeniden başlayan tartışma, eski Genelkurmay Başkanı İlker Başbuğ'un 2009 yılında Meclisten geçirilen torba yasadaki "asker kişilerin özel yetkili mahkemelerde yargılanması" maddesine ilişkin sözleriyle yeni bir yöne evirldi. Başbuğ söz konusu madde ile ilgili olarak "26 Haziran 2009'da bu iki konuyu içeren kanun teklifini kim hazırladı? Ben bilmiyorum. Araştırsınlar diyorum. Ben bir ipucu veriyorum. Bu kanun teklifinin FETÖ'nün emriyle, direktifiyle hazırlandığını düşünüyorum." açıklamasını yaptı.
Dönemin AK Parti ve CHP milletvekillerinin onayıyla Meclisten geçen, fakat daha sonrasında ordudan gelen eleştiriler sonucunda CHP'nin Anayasa Mahkemesine götürerek iptal ettirdiği düzenlemenin arkasında aslında 2008 Avrupa Komisyonu Katılım Ortaklığı Belgesi'nde yer alan bir madde bulunuyor. Söz konusu belgede Türkiye'nin "askeri mahkemelerin yetkisinin askeri personelin askerlikle ilgili görevlerine hasredilmesi" konusunda gerekli yasal değişiklikleri gerçekleştirmesi vurgusu yer alıyor. Dolayısıyla 2009 yılındaki değişiklik AB tam üyelik sürecinin bir parçası olarak gerçekleştirilmişti.
Her ne kadar söz konusu düzenlemenin FETÖ ile herhangi bir ilgisi olmasa da son süreçte yaşananlar FETÖ'nün siyasi ayağı tartışmasını tekrar başlattı. Siyasi ayak tartışmasının ilk boyutunu CHP'nin Kasım 2016'dan itibaren zaman zaman gündeme taşıdığı FETÖ'nün siyasi ayağının tasfiye edilmediği ve hala siyaset içerisinde yer aldığı iddiası oluşturuyor. Son 3,5 yıldır CHP tarafından konuya ilişkin belge ve delillerin açıklanacağı iddiasında bulunulsa da şu ana kadar herhangi bir somut kanıt ortaya konmuş değil. Üstelik Cumhurbaşkanı Erdoğan CHP'nin elinde herhangi bir belge varsa hemen kamuoyu ile paylaşması gerektiğini sürekli vurgulamıştır.
Yeniden başlayan tartışmaya yönelik son noktayı yine Cumhurbaşkanı Erdoğan koydu. Cumhurbaşkanı Erdoğan, CHP'yi ve Genel Başkanı Kılıçdaroğlu'nu Deniz Baykal'ın kaset komplosuyla CHP genel başkanlığından istifa ettirilmesiyle başlayan süreçte FETÖ'nün güdümünde bir politika izlemekle suçladı. Erdoğan 2014 yılından itibaren CHP ile FETÖ arasındaki ilişkilerin daha da arttığını, örgüte ait bankalara ve basın ve medya organlarına yönelik soruşturmalarda CHP'nin örgüte açıkça destek verdiğini ifade etti. Erdoğan, Kılıçdaroğlu'nun 31 Mayıs 2015'te STV'ye konuk olduğu programda kullandığı "Yurt dışına kaçmaktan başka bunun bir çaresi yoktur. Erdoğan için söylüyorum. Kaçsa da onu bu ülkeye getirip yargılayacağız. Kaçacaktır efendim, bunun kurtuluşu yok!" şeklindeki ifadelerin CHP ile FETÖ arasındaki ilişkiyi açıkça gösterdiğini vurgulayarak tartışmayı yeni bir boyuta taşıdı.
FETÖ'nün siyasi ayağı tartışmasının önümüzdeki süreçte de gündemdeki yerini koruyacağı söylenebilir. Fakat bu noktada meseleyi CHP'nin öngördüğü kısır siyasi düzlemden ziyade yapısal bir düzlemde ele almak gerekiyor. Örneğin Türkiye'de uzun yıllar boyunca devam eden vesayetçi yaklaşımın FETÖ'nün bürokrasiye ve askeriyeye sızmasının önünü nasıl açtığı ve benzeri bir sızma girişimine karşı siyasal düzlemde herhangi bir boşluk bırakılmaması gerektiği görülüyor. Zira örgütün Türkiye'de boşluklardan yararlanma eğiliminde olduğu ve askeri darbe ve siyasi çalkantıların yoğun olarak yaşandığı dönemlerde bürokrasi, yargı ve ordu içerisinde daha kolay yapılandığı anlaşılıyor. Dolayısıyla FETÖ ile ilgili tartışmaların da bu hususlar göz önünde bulundurularak sürdürülmesi gerekiyor.