1968'de Robert Koleji'nde lise eğitimini tamamlayan Mahçupyan, 1972'de Boğaziçi Üniversitesi Kimya Mühendisliği'nden mezun oldu ve aynı üniversitedeki işletme alanında yüksek lisansını 1974'te bitirdi. Ardından Ankara Üniversitesi Siyasal Bilgiler Fakültesi'nın iktisat bölümünde, uluslararası iktisat alanındaki yüksek lisansını 1977'de tamamlayıp bu bölümde 1977-1980 yılları arasında akademisyen olarak çalıştı. 1980-96 yılları arasında üstdüzey şirketlerde yöneticilik ve kendi kurduğu şirketlerde işadamlığı yapan Mahçupyan, 1996 yılından itibaren entelektüel işlerle uğraşmak üzere ticari işlerini tasfiye etti.
1995–96 yıllarında Yeni Demokrasi Hareketi içerisinde yer alan yazar, 1997'de Radikal Gazetesi'nde köşe yazarı olarak çalışmaya başladı. 2000'de Radikal gazetesinden ayrılıp bir süre Yeni Binyıl gazetesinde yazmıştır. Ardından Mayıs 2001'de Zaman Gazetesi'nde köşe yazarlığına geçti.2007'de Hrant Dink'in öldürülmesinin ardından bu gazetedeki sürekli yazılarını sonlandırdı ve Agos gazetesinin genel yayın yönetmenliğini üstlendi. Bu görevini 2010 Kasım'da bırakmıştı. Mayıs 2014'te Zaman gazetesinden ayrılmıştı. Ekim 2014'te Başbakan Ahmet Davutoğlu'nun başdanışmanı oldu
İLK 'GAYRİMÜSLİM' DANIŞMAN OLDU
Başbakan Ahmet Davutoğlu, A takımına Mahçupyan'ı da dahil etti. Mahçupyan, "sivilleşme", "demokratikleşme", "devlet ve toplum ilişkileri" ve "azınlıklar" üzerine yaptığı çalışmalarla dikkat çekiyor. Mahçupyan'ın Cumhurbaşkanı ve Başbakan danışmanları içinde ilk, "gayrimüslim danışman"lar arasında olduğu da ileri sürülüyor.
TANIŞIKLIKLARI ESKİLERE DAYANIYOR
Davutoğlu ile Mahçupyan'ın tanışıklıklarının akademisyenlikleri dönemine dayanıyor. "Demokrasi" ve "özgürlükler" konulu birçok toplantıda bir araya geldi. İkili arasında bir "entelektüel hukuk" olduğu da vurgulanırken Davutoğlu'nun başdanışmanlığı ve Dışişleri Bakanlığı döneminde de Mahçupyan ile görüşmelerini aksatmadan sürdürdüğü biliniyor. Davutoğlu'nun Mahçupyan'a "Aydın kimliği" nedeniyle danışmanlık teklifi götürdüğü belirtiliyor
