Günümüzde, Alakır Çayı köprünün sadece 3 kemerinin altından akmakatadır. Yapının ilk tarifleri Avrupalı seyyahların 19. yüzyılda yazılan seyahatnamelerinde yer almaktadır. 28 adet kemer, köprüye oldukça yassı bir görünüm vermektedir. Bu yassılık oranına köprü yapımı tarihinde daha sonra yüzyıllarca ulaşılamayıp ancak Geç Ortaçağ döneminde yapılan yapılarda ulaşılabilmiştir.

Köprünün ilk ve bugüne dek yapılan tek bilimsel ölçümü Wolfgang W. Wurster ve Joachim Ganzert taraflarından gerçekleştirilmiştir.Köprü bolgede dar akarsu yatağının geniş bir ovaya açıldığı ve yağışlı mevsimde meydana gelen taşkınlarda geçişin imkânsızlaştığı yerin biraz kuzeyine kurulmuştur.

Köprü doğusunda çakıl bir alana açılırken, batı ucu muhtemelen taşkınlara karşı korunabilmek için doğrudan yükselen bir kayaya dayanmaktadır.Kırkgöz Kemeri'nin yol sathında araba izlerine rastlanmaması yaya ve yük hayvanların geçişine mahsus olduğu görüşüne varılmakla birlikte köprüde korkuluk ya da parmaklık izlerine de rastlanmamaktadır.

360 metrelik uzunluğuyla, Kırkgöz Kemeri, Likya'daki antik döneme ait günümüze kadar ayakta kalabilmiş fenni yapıların en büyüğüdür. Köprünün eşit ebatlarda 26 tane kemi vardır. Bunların her biri üst üste ikişer kavis biçiminde yerleştirilmiş, harçla tutturulmuş kerpiç kemerinden oluşmaktadır. Köprünün doğu ucunda bir zamanlar 27. kemerin bulunduğu yerde daha sonraki bir tarihte ilave edilmiş, iki adet daha küçük, yarım daire biçimli, sadece birer kerpiç kemeri bulunan onarım kemeri bulunmaktadır. Yıkılmış olan orijinal kemerin yassı yapısı hala ayakta kalmış olan sütunlardan anlaşılmaktadır.

Gerçekleştirilen arkeolojik incelemelerde köprünün kemer üzengilerine kadar nehrin getirdiği çökeltilerin altında kaldığı belirlenmiştir; herhangi bir kazı yapılmamıştır. Köprünün 28 kemerinden sadece iki tanesi, açık kemer genişliği ve sütun kalınlığı ölçülebilecek kadar açıkta kalmıştı. Ancak toprak altında kalmamış olan kemer kısımlarından hareket ederek, tüm sütunların aralıklarını hesaplama yoluyla belirlemeyi başarmışlardır.

Sütun eksenlerinin aralıklarının neden birbirlerinden farklı olduğu bilinmemektedir; Akarsu yatağı oluşumlarına uyum sağlamak amacıyla bu şekilde yerleştirilmiş olmaları açıklaması yanlıştır.

Köprünün toplam yüksekliği önemli oranda toprak altında kaldığından dolayı kesin olarak belirlenememiştir. Buna karşın kemer üzengisi - yol sathı arasının sadece 3,25 m olduğu belirlenebilmiştir.

Köprünün üst sathı neredeyse yatay bir düzlem oluşturmaktadır: Yol sathı 1. ile 20. kemer arasında deniz seviyesine oranla 20,05-20,55 m'lik bir seviyedeyken, doğu yönde geriye kalan altı kemerder hafif 19,94-19,66 m'ye kadar düşer.. Araştırmacılar bu dalgalamaları yapının uzunluğu göz önünde bulundurulduğunda çok düşük olarak nitelendirmektedir. Yapının daha sonra çökmesine ilişkin herhangi bir işaret bulunmadığında, düzenli yüksekliği nivelman işleminin ve sütun temellerinin büyük özenle yapıldığını gösterir.Buna karşın köprünün uzunlamasına ekseni, kemerden kemere kısmen belirgin bir şekilde ana yönden sapmaktadır.

Kırkgöz Kemeri'nin tarihlenmesi, Roma mimarisi içindeki özel yeri ve Roma döneminden kalma benzeri köprüler üzerinde yapılmış olan çalışmaların azlığı nedeniyle oldukça zorlaşmaktadır.