Futbolculuk kariyeri
Kulüp takımları kariyeri
Futbola doğum yeri olan Sakarya' da başladı. Aydınspor'daki ilk sezonunda, 26 Ağustos 1990'da İstanbul'da oynanan ve Aydınspor' un Fenerbahçe' yi 6-1 yendiği lig maçında Fenerbahçe'ye karşı 3 gol attı. 1992'de Aydınspor' dan Fenerbahçe'ye transfer oldu. Carlos Alberto Parreira dönemine kadar sağ açık mevkiinde oynarken onun tarafından savunmanın sağına çekildi.
Millî takım kariyeri
11 kez Türkiye A Millî Takım'ına çağrılan İlker Yağcıoğlu, 10 kez Türkiye A Millî Takım formasını giymiştır.
Millî takım kariyerindeki en önemli başarısı 2 Nisan 1997'de Bursa'da Hollanda'ya karşı 1-0 kazanılan 1998 FIFA Dünya Kupası elemeleri maçında yaptığı asistin Hakan Şükür tarafından gol ile sonuçlanmasıydı.
Teknik direktörlük kariyeri
2003 yılında faal futbolculuk kariyerini noktalayan İlker, 2008'de kısa bir süre için Sakaryaspor'u çalıştıran Yağcıoğlu, halen yorumculuk yapmaktadır. Ağustos 2010-11 sezonunda Sarıyer'i çalıştırdı ama kulüp ile yollarını ayırarak, yerini Sadi Tekelioğlu' na bıraktı. Şu anda bir takımı çalıştırmamakta, A Spor ve Fenerbahçe tv kanallarında yorumculuk yapmaktadır.