Gençlerbirliği altyapısında futbola başladı ve 2007 senesinde ilk defa Türkiye Genç Milli Takımlara davet edilmesiyle beraber Gençlerbirliği ile profesyonelliğe geçiş mukavelesi imzalayarak as takıma yükseldi.
Gençlerbirliği ilk Süper Lig karşılaşmasını 22 Kasım 2008 tarihinde Gaziantepspor'a karşı oynadı. Sezonun kalan bölümünde 13 lig karşılaşmasına çıksa da daha çok oyun tecrübesi edinebilmesi için 2009-2010 sezonunda Gençlerbirliği'nin ara takımı olan Hacettepe'ye kiralandı.
2010-11 sezonun başlamasıyla beraber Gençlerbirliği'ne geri döndü ve burada düzenli oynama fırsatı buldu. 19 Haziran 2012 tarihinde 2 milyon 250 bin euro bonservis bedeliyle Trabzonspor'a transfer oldu. Trabzonspor'da ilk golünü Mersin İdman Yurdu karşılaşmasında kaydetti.
66 kez milli takımlara çağrılan Soner Aydoğdu, 11 kez Türkiye U-16, 25 kez Türkiye U-17, 2 kez Türkiye U-18, 15 kez Türkiye U-19, 2 kez Türkiye U-20 ve 7 kez de Türkiye U-21 forması olmak üzere toplam 61 kez milli formayı giymiştir ve müsabakalarda 5 gol kaydetmiştir.
29 Şubat'ta oynanan Slovakya maçı için A Milli Takıma çağırılmış 84. dakikada oyuna girerek ilk kez A Milli Takım forması giymiştir.
