Kulüp kariyeri
İlk yılları
Futbola Almanya'da başladı. Babası altı-yedi yaşlarında bir altyapı takımına gönderdi. Sürekli idmanlara, maçlara götürdü. Futbolcu olmasında büyük katkısı vardı. 17 yaşında profesyonel oldu.
18 yaşında Hamburg şehrinin bir takımı olan St. Pauli'ye transfer oldu. 1998-99 sezonunda teknik direktör Hikmet Karaman'ın isteğiyle Erzurumspor'a transfer oldu. Burada iki sezon görev aldıktan sonra takımdan ayrıldı. 2001-02 sezonunda Diyarbakırspor'a transfer oldu ve iki sezon forma giydikten sonra Galatasaray'a transfer oldu.
Galatasaray
2002-03 sezonunda Fatih Terim tarafından büyük umutlarla Galatasaray'a transfer edildi. Fatih Terim'in Galatasaray'a kaptanı Bülent Korkmaz ve Barcelona'dan yeni transfer Frank de Boer'i tercih etmesi nedeniyle daha çok yedek kaldı. İlk yarıda birkaç maçta sonradan oyuna girdi. İkinci yarıda Galatasaray takımında gençleştirme operasyonu olunca bazı futbolcular kadro dışı kaldı ve Ömer düzenli olarak forma şansı buldu. Fakat Galatasaray'da Terim'in istifası ile göreve gelen teknik direktörlüğe Hagi, eski futbolcular affetti ve Ömer tekrar yedeğe düştü. Sezon sonunda da takımdan ayrıldı.[3]
Malatyaspor
Galatasaray'dan Malatyaspor'a transfer oldu ve iki sezon forma giydi. Malatyaspor'da son maçlarda dört gol atarak dikkat çekti ve birçok kulübün dikkatini çekti.
Bursaspor
2006-07 sezonu öncesinde Bursaspor'a transfer oldu. Oyunuyla herkesin takdirini kazanan başarılı oyuncu, Bursaspor'da kaptanlığa kadar yükseldi, A millî takıma seçildi. 13.05.2013 tarihinde Bursa'da oynanan Bursaspor-Eskişehirspor maçı ile aktif futbol yaşantısına son vererek futbolu Bursaspor'da bıraktı.
Millî takım kariyeri
İlk kez 30 Nisan 2003 tarihinde Türkiye A2 ile Almanya'ya karşı giydiği maçta millî oldu.[4]
Türkiye A takıma ilk kez 27 Ağustos 2010 tarihinde aday kadroya çağrıldı.[5]
Antrenörlük kariyeri
Ömer Erdoğan futbolculuğu bırakmasının ardından 2013 yılında antrenör oldu ve Ertuğrul Sağlam'ın Eskişehirspor'un başına geçmesiyele bu takımda yardımcı antrenörlük görevini üstlendi.